這是個很有意思的問題，實際上我也思考了蠻久，覺著有一些東西可以拿出來分享一下。
前麵包括
@袁曉輝等知友提供了不少數據，非常感謝知友們的分享。然而我覺著，還不夠，這仍然沒有回答題主的問題，也就是：為什麽上海的互聯網公司這麽少？
@袁曉輝的答案已經提到，相比於杭州來說，上海的互聯網公司其實並沒有很少。實際上不管從哪一個角度來看，杭州在互聯網行業比較優勢真的不是特別突出。所以下面我重點分析北京和上海的區別，為什麽北京的互聯網公司這麽多，而上海的互聯網公司這麽少？
解釋企業數量的多少，其實就是在解釋為什麽在上海，互聯網的創業更少，而北京更多？
我想這需要先從互聯網本身的特點說起。相比於傳統行業，互聯網的一大特點是，這個行業並非資本密集型，而是技術密集型，或者甚至是idea密集型的行業。多數互聯網企業創業的前期並不需要大量的資本投入，真正需要投入的資本無非是幾台電腦用於寫程式碼，外加伺服器。比如Google剛開始創業的時候，就是使用幾台破舊的電腦組成的伺服器。而這些需要的資本並不是很多，相比於傳統制造行業，是九牛一毛了。
然而這個行業卻特別需要人才。這裏的人才分為兩類，一類是那些有想法（idea）、有管理能力的人，也就是我們所說的「企業家」、「創業者」。而另一類就是那些具備互聯網專業素質的程式設計師、前端、產品經理們。而這兩類人，都有一個基本的要求，就是至少接受過高等教育。這一點決定了創業的供給。
那麽上海和北京在人才供給方面有什麽差別麽？
首先，上海和北京都是教育重鎮，都有很多優秀的大學。然而仔細比較一下，上海的好大學數量跟北京的好大學數量並不是一個數量級的。比如，如果按照「211」這個標準來區分「好大學」的話，北京有26所211大學，而上海只有9所。特別是，如果排除文科類學校（財經類、師範類），上海勉強只剩下復旦大學、上海交通大學、同濟大學、上海大學、華東理工大學這麽幾所，而北京呢？北京大學、清華大學、北京理工、北京科技、北京郵電、華北電力等等一大批理工科大學，可以說在人才的供給上是遠遠多於上海的。
這麽多大學紮堆在一起，一個很直接的結果就是：北京大學生的薪資比上海更低。下圖是09年北京和上海大學本科及以上在企業工作的雇員的薪資水平的經驗分布函式圖：
可以看到，除去非常低端的一部份，上海的大學畢業生薪資水平在幾乎每個quantile上都大於北京的水平，我們說上海的薪資水平相對於北京已經一階隨機占優（first-order stochastic dominance）了。然而比較一下教育水平為本科以下（不包含本科）的薪資水平：
我們發現，雖然平均水平仍然是上海高於北京，然而在很多的quantile上，並沒有顯著差異，更不存在一階隨機占優的情況。
所以根據以上兩張圖的情況，我們發現北京的大學生薪資顯著低於上海大學生的薪資水平。
所以，對於一個接受過大學本科教育的人才來說， 在上海創業的機會成本要遠遠高於在北京的機會成本。 想象一下，一個上海的大學生畢業之後，可以相對容易的在上海找到一份比較滿意的工作，為什麽要去冒風險創業呢？或者說上海的那些已經處於互聯網行業的從業人員，只是工作就可以提供不錯的薪水，出來單獨創業的激勵就更小。而對於一個從北京高校畢業的學生來說，需要面臨的競爭則大的多，而且還要面臨更高的房價，因而在一個互聯網公司工作幾年之後，他創業的機會成本比起上海就小很多。既然這樣，對於一部份人來說，創業是一條不錯的可能改變自己命運的道路。
創業的機會成本為潛在的創業者提供了激勵，而北京的客觀條件又為創業提供了可能。下圖是北京和上海2009年房租的累計分布圖（只截取年房租支出大於1000的租戶）：
可以看到，上海再次一階隨機占優。雖然上海的房價沒有北京高（
解開中國房價之謎（上）），但是上海的房租卻比北京高。（ 這裏存疑，因為這樣的房租比較並非建立在同樣的位置等情況下，而是有抽樣的偏差以及租戶的選擇偏差的 ）
下圖是北京上海食品支出的比較：
可見，上海再一次dominate了北京。
還有交通成本：
上海再一次dominate北京。
綜合以上，相對於上海來說， 北京又有相對更低的創業成本 。
更高的激勵+更低的成本=更多的創業者
除了以上的原因之外，個人認為集聚和路徑依賴等可以部份解釋，但是並不能完全解釋這個現象。
集聚意味著當一個行業在某個地方已經存在這很多企業，那麽在這個地方這個行業的生產率更高。比如當北京已經有很多互聯網公司的時候，部份在這些公司的優秀員工已經積累了足夠的技能，可能會選擇自己出來創業。然而與北京相比，上海的互聯網公司雖然少，但是仍然是全國第二位，所以上海仍然是最具有集聚潛力的城市，為什麽沒有像北京一樣？所以關鍵的問題還是回到了，為什麽北京的出來創業了，而上海的並不這麽選擇。 現在看到的集聚更多的是一個結果，在多大程度上成為一個原因仍然是存疑的。
另外路徑依賴也很難解釋。杭州坐擁阿裏這個商業帝國，然而其互聯網公司的數量仍然少於上海。實際上，無論從高素質人才的供給到產業集聚這些方面來看，杭州似乎都沒有什麽優勢。也許阿裏的崛起僅僅是一個偶然，馬雲如果不在杭電工作而是在上財工作，說不定阿裏就是上海的了。當然，比較一下上財教師跟杭電教師的待遇，馬雲如果在上財工作，可能壓根不會創業。
