（多圖預警~）
謝 @莫耳加納 同學邀請~
勉強回答一下：
最初設定野生寶可夢會對家養寶可夢表現出惡意，野生寶可夢對於家養寶可夢的惡意甚至超過對人類的「惡意」（可能會被視為類似「寶可夢奸」的存在），野生寶可夢與家養寶可夢思想上也會有些「隔閡」，只是這些內容到了後期，都在不斷被淡化，後期野生寶可夢和家養寶可夢，已經親密無間，完全打成一片，沒有任何區別。
在無印篇早期，其實是有一個「設定」——野生的寶可夢會對人類飼養的寶可夢產生敵意，這種敵意甚至可能超過對人類本身 。這是無印篇初期，寶可夢圖鑒的語音，大致是說野生的寶可夢對家養寶可夢的態度是負面的，而實際上，動畫中也是這樣發生的……
無印篇開篇就是小智和皮卡丘「合力」擊敗烈雀，當時的情況是小智和皮卡丘關系不好，想要一個人收服野生寶可夢，結果在陰錯陽差之中， 小智扔出去的石頭砸到了烈雀。結果，烈雀直接選擇攻擊小智的皮卡丘，而選擇性忽視了小智 ，情況就是這樣，扔石頭的小智，但是烈雀更憎惡為小智（訓練師）「賣力」的皮卡丘。
這個其實不是動畫「一拍腦袋」制作出來的結果，在編劇首藤剛誌的原案小說【Pokemon: The Animation】中也提到了這一點：
比起扔石頭的小智，野生的烈雀反而是更想要攻擊「助紂為虐」（至少野生寶可夢部份持有這種觀點）的皮卡丘。由於首藤剛誌的原案具體細節已經不可靠，但是一部份觀眾認為這是曾經「幻之結局」（寶可夢大起義）的一個「伏筆」，詳情可見以下回答，這裏不再贅述：
實際上，烈雀的問題絕不是「個案」，早期無印篇動畫涉及到人類與寶可夢沖突的時候，都體現出野生寶可夢對人類飼養寶可夢中的「矛盾」，尤其是涉及到直接對抗的時候：
在遊町碼頭，就涉及到人類發展旅遊業，結果擠占寶可夢生存空間的問題，於是矛盾無法調和，形成了大型的沖突，最後毒刺水母率領瑪瑙水母「大軍」破壞了人類的城市，情急之下，人類由現代武器與寶可夢組成「防禦力量」，與野生寶可夢作戰，這個時候，毒刺水母對這些站在訓練師一邊的寶可夢，可是一點好話都沒有……
打起來之後，也是一點都不手軟，同為寶可夢，只要在站在人類一邊，那就沒啥可商量的。不知道，在寶可夢群體中，是否也有「寶可夢奸」（只站在人類一方與寶可夢作戰）的說法，但是野生寶可夢，對於這些站在人類一邊的寶可夢真的視為敵人……
與此相關回答：
實際上，盡管後期動畫不斷「淡化」這一設定，不過部份故事中， 也會有一些對人類有「陰影」的寶可夢，它們與「家養寶可夢 」很多時候也「聊不到一起」：
比如在尼貝爾高原中，聚集了不少寶可夢，這裏相當比例的寶可夢，都是被人類欺騙或者人類拋棄的存在，他們聚集在一起「相依為命」，他們中很多一開始也並不接受和訓練師的寶可夢在一起，當然後來很快就和這些「善良」的寶可夢打成一片。
不過即使如此，他們對於人類飼養的寶可夢幻一些想法，也並不認同。比如小智的皮卡丘，就是一個典型的訓練師飼養寶可夢，盡管一開始與小智並不對付，而且對人類訓練師有抵觸情緒，但是後來和小智成為「真愛」和默契的搭檔。
皮卡丘的話，就不是很受這些寶可夢的認同 ，這裏的寶可夢都曾經被人類的謊言傷害過，比如溶食獸就是被一個曾經擁抱過它的訓練師拋棄，對皮卡丘的話自然無法完全認同。 當然，這裏的寶可夢屬於樣本存在一些偏差，並不能完全代表所有野生寶可夢的態度。
然而，這一設定，正在不斷被「淡化」，現在已經基本不提這個（首藤剛誌原案結局也已經作廢）， 後期很多動畫，野生寶可夢和人類飼養的寶可夢已經「不作區分」：
無論是主系列的TV動畫，還是皮卡丘的小短篇，無論是隸屬於訓練師的寶可夢，還是野生的寶可夢，基本都是無障礙地在一起愉快地玩耍，氣氛十分和諧，不分彼此。也不會再提，人類和寶可夢之間的矛盾相關內容，野生和家養寶可夢之間的「糾結」關系，也都隨之一起淡化了……
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