「程序正义比实质正义更重要」是一个非常有误导性的观点，尽管这种观点在很多时候是正确的，但是绝大多数使用这句话的人只是人云亦云，重复一些空话和套话罢了。坦白说绝大多数法学院老师和学生的法理学知识都是零，根本没有仔细考察过法律的运作和正义之间的复杂关系。
地图炮开完正经回答题主。将程序/实质，正义/非正义两两组合并且进行总结和比较最早马克斯·韦伯提出的。韦伯将程序非正义而实质正义的法律称为卡迪法，而将程序正义而实质非正义视为资本主义法律的特征。韦伯认为这种程序正义而实质非正义的法律和资本主义强调「可预见性」和理性计算的精神是高度吻合的，但是韦伯从来没有说过程序正义比实质正义更重要。韦伯的原话是这样的：
总之，法的形式性质的发展，由此而显示出独特的各种对立的特征。在营业的交易安定性有所要求于法的情况下，法律是严格的形式主义、且依附于可以感知的要件上的；当法律取决于对当事人的意图做合逻辑的意义诠释时，为了营业交易上的诚实，法律是非形式的。——韦伯【法律社会学】
这个问题之前有个问题已经涉及了，回答的质量要比这幢楼的高，虽然我并不赞同其中的某几个答案，但是高票答案都值得一读
为了结果正义，是否可以放弃程序正义？ - 法律------------------------------
最后补一句，主张「程序正义比实质正义更重要」反对的主要是以下两种很常见的观点：
1. 主张在一切司法审判中体现实质正义，并认为如果法律程序不能够实现实质正义，那么法律程序应该让步或者做修改。
2. 把大众舆论视为实质正义，并认为司法审判必须满足大众舆论的呼声。
所以法律从业者使用「程序正义比实质正义更重要」一般表达的含义是，司法程序有其独立且重大的价值。司法审判应当遵守实体法和程序法的各项规定，不能因为大众舆论的呼声肆意扭曲司法审判的结果。在司法审判的结果和大众舆论不一致的情况下，应当尊重司法审判的结果。这个结论总的来说是非常正确的，但是主张「程序正义比实质正义更重要「的人很可能提出以下几种观点：
1. 法律不保护实质正义；
2. 司法审判无法保护实质正义；
3. 实质正义本身就是不存在或者无法探求的东西。
4. 通过追求程序正义，可以保护实质正义。
这几种观点如果进行仔细的精炼和推敲，的确包含了一些有价值和值得思考的部分，但是绝大多数的人在使用上述一种或多种观点的时候，并没有仔细反思这几条观点的含义（我看到不少人既主张程序正义优先于实质正义，同时主张恶法非法，而完全没有意识到这两种观念背后的紧张关系）。相反，随着「程序正义比实质正义更重要」的观点深入人心，上面这几种观点似乎也变成不言自明了起来，这也是为什么我在文首说「程序正义比实质正义更重要」是极为误导性的。
最后正面说明一下，大多数人对实质正义的理解仅仅停留在实现「个案正义」，或者更直白的说让个案的审判结果和自己原有的未经精炼和反思的（很有可能也是破绽百出和自相矛盾的）的直觉相符。当然这种诉求的确包含了某种对实质正义的追求，但对于实质正义的追求远远不止于此。
就我个人的观点， 保护每一个公民的基本权利与自由，使社会中的每个公民都有机会追求和实现美好的生活 才能称得上是一项实质正义的追求，同时也是现代司法制度以及其他各种社会制度的目标（当然我对于实质正义的概括显然是粗略的、可供讨论和商榷的，但是实质正义无论如何都应该在这个高度被讨论和反思）。尽管这一目标并不是在每一个具体情境中都可以得到实现；尽管在很多时候我们并不清楚哪种手段可以更好的实现这一目标；尽管在一些场合，我们会发现公民的基本权利与自由会发生无法调和的冲突，但是这些困难都不应该成为我们放弃尝试追求和实现实质正义的理由。相反，在这个过程中，用一句内容含混不清的「程序正义优先于实质正义」或者「实质正义优先于程序正义」逃避这些困难是愚蠢和道德上的不负责任。
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另外，虽然我对科斯定理的理解不算深，但是之前
@姜伟Ernst运用科斯定理来解释这个问题应该是错误的。因为：
1. 产权配置的效益不是法律保护的唯一价值，相反法律高度关心权利的初始配置问题。顺便对科斯定理的实证研究也证明权利很可能会「粘在」初始分配的位置，而不如理论预测的那样可以自由交易。
2. 法律争端解决机制不是权利的交易市场，相反在法律争端解决机制中，权利很可能是不允许交易的，比如故意杀人或者强奸罪的犯罪人不能用花钱的方法解决诉讼。
