泻药～
首先，上结论，这是艾滋病感染，因为患者不仅有典型的艾滋病临床表现，而且艾滋病核酸检测是阳性的。HIV抗体检测阴性的感染也是可以见到的，这两点在论文中有明确的提到，题主有兴趣的话可以去看一下原文，所以根本不是什么病毒变异，也不是什么病毒变强了，无需恐慌。
现在，简单介绍一下艾滋病检测的方法：初筛是使用试纸，也就是胶体金法，这个办法快速便捷，敏感度高但是特异性差，也就是容易误诊。初筛之后，需要做western blot（文中提到的免疫蛋白印记实验）因为WB准确率高，而且便宜方便，所以被用作了确证试验，但从原理上来说，western的特点是特异性高，但是敏感度相对较差。这也就造成了极少数晚期患者可以出现WB阴性。WB其实是在检测HIV的抗体，也就是说，只有HIV抗体达到了阈浓度就（才）能够被检测出来。与之相比，更好的检测方法就是HIV核酸检测，这也是这例患者确诊的证据。
那么抗体是怎么产生的呢，简单来说，外源性抗原（病毒之类的）进入身体之后，需要被称作抗原递呈细胞（APC）处理后，将抗原决定簇的信息递呈给MHC-II类分子，如图
然后再递呈给辅助性T细胞（Th细胞），通过一系列复杂的机制进而激活B细胞介导的体液免疫（见下图）产生抗体。
那么抗体的产生也是有一定规律的，如下图，其实在机体接触抗原的初期，我们也是很难检测到抗体的，这也就造成了我们熟知的艾滋病的「窗口期」。所以说，抗体检测阴性的艾滋病感染并不是什么新鲜事。
通过上面简单的介绍，就可以看出来，HIV作为一类攻击人类免疫系统的病毒，其主要进攻T细胞，所以人体会逐渐丧失细胞免疫，体液免疫也受到毁灭性打击，因为没有T细胞的帮助，B细胞只能够通过TI依赖性抗原产生相关抗体，所以抗体的水平也会大幅度下降以至于无法检测出。
所以当初次接触病毒的一段时间内，以及当人体免疫力基本完全丧失的时候，是可以出现无抗体产生的情况的，表现为WB 阴性但实际是有HIV感染的。这并不代表没有患病，更不代表病毒变异。
除此之外，还有其他机制介导的免疫逃避的可能。
题主无需对此感到恐慌，首先，这并不代表着HIV出现了重大变异，也不代表起已无法被检测，毕竟这是一个个案，而且属于晚期。第二，艾滋病通过母婴、血液、性传播，所以只要洁身自好，完全可以避免感染。三，即使不幸中招，只要早期治疗，规范治疗，HIV患者的预期寿命也可和正常人无异。
另外，刚刚我查到了这片文献的全文，现贴上摘要：
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