这是个很有意思的问题，实际上我也思考了蛮久，觉着有一些东西可以拿出来分享一下。
前面包括
@袁晓辉等知友提供了不少数据，非常感谢知友们的分享。然而我觉着，还不够，这仍然没有回答题主的问题，也就是：为什么上海的互联网公司这么少？
@袁晓辉的答案已经提到，相比于杭州来说，上海的互联网公司其实并没有很少。实际上不管从哪一个角度来看，杭州在互联网行业比较优势真的不是特别突出。所以下面我重点分析北京和上海的区别，为什么北京的互联网公司这么多，而上海的互联网公司这么少？
解释企业数量的多少，其实就是在解释为什么在上海，互联网的创业更少，而北京更多？
我想这需要先从互联网本身的特点说起。相比于传统行业，互联网的一大特点是，这个行业并非资本密集型，而是技术密集型，或者甚至是idea密集型的行业。多数互联网企业创业的前期并不需要大量的资本投入，真正需要投入的资本无非是几台电脑用于写代码，外加服务器。比如Google刚开始创业的时候，就是使用几台破旧的电脑组成的服务器。而这些需要的资本并不是很多，相比于传统制造行业，是九牛一毛了。
然而这个行业却特别需要人才。这里的人才分为两类，一类是那些有想法（idea）、有管理能力的人，也就是我们所说的「企业家」、「创业者」。而另一类就是那些具备互联网专业素质的程序员、前端、产品经理们。而这两类人，都有一个基本的要求，就是至少接受过高等教育。这一点决定了创业的供给。
那么上海和北京在人才供给方面有什么差别么？
首先，上海和北京都是教育重镇，都有很多优秀的大学。然而仔细比较一下，上海的好大学数量跟北京的好大学数量并不是一个数量级的。比如，如果按照「211」这个标准来区分「好大学」的话，北京有26所211大学，而上海只有9所。特别是，如果排除文科类学校（财经类、师范类），上海勉强只剩下复旦大学、上海交通大学、同济大学、上海大学、华东理工大学这么几所，而北京呢？北京大学、清华大学、北京理工、北京科技、北京邮电、华北电力等等一大批理工科大学，可以说在人才的供给上是远远多于上海的。
这么多大学扎堆在一起，一个很直接的结果就是：北京大学生的工资比上海更低。下图是09年北京和上海大学本科及以上在企业工作的雇员的工资水平的经验分布函数图：
可以看到，除去非常低端的一部分，上海的大学毕业生工资水平在几乎每个quantile上都大于北京的水平，我们说上海的工资水平相对于北京已经一阶随机占优（first-order stochastic dominance）了。然而比较一下教育水平为本科以下（不包含本科）的工资水平：
我们发现，虽然平均水平仍然是上海高于北京，然而在很多的quantile上，并没有显著差异，更不存在一阶随机占优的情况。
所以根据以上两张图的情况，我们发现北京的大学生工资显著低于上海大学生的工资水平。
所以，对于一个接受过大学本科教育的人才来说， 在上海创业的机会成本要远远高于在北京的机会成本。 想象一下，一个上海的大学生毕业之后，可以相对容易的在上海找到一份比较满意的工作，为什么要去冒风险创业呢？或者说上海的那些已经处于互联网行业的从业人员，只是工作就可以提供不错的薪水，出来单独创业的激励就更小。而对于一个从北京高校毕业的学生来说，需要面临的竞争则大的多，而且还要面临更高的房价，因而在一个互联网公司工作几年之后，他创业的机会成本比起上海就小很多。既然这样，对于一部分人来说，创业是一条不错的可能改变自己命运的道路。
创业的机会成本为潜在的创业者提供了激励，而北京的客观条件又为创业提供了可能。下图是北京和上海2009年房租的累计分布图（只截取年房租支出大于1000的租户）：
可以看到，上海再次一阶随机占优。虽然上海的房价没有北京高（
解开中国房价之谜（上）），但是上海的房租却比北京高。（ 这里存疑，因为这样的房租比较并非建立在同样的位置等情况下，而是有抽样的偏差以及租户的选择偏差的 ）
下图是北京上海食品支出的比较：
可见，上海再一次dominate了北京。
还有交通成本：
上海再一次dominate北京。
综合以上，相对于上海来说， 北京又有相对更低的创业成本 。
更高的激励+更低的成本=更多的创业者
除了以上的原因之外，个人认为集聚和路径依赖等可以部分解释，但是并不能完全解释这个现象。
集聚意味着当一个行业在某个地方已经存在这很多企业，那么在这个地方这个行业的生产率更高。比如当北京已经有很多互联网公司的时候，部分在这些公司的优秀员工已经积累了足够的技能，可能会选择自己出来创业。然而与北京相比，上海的互联网公司虽然少，但是仍然是全国第二位，所以上海仍然是最具有集聚潜力的城市，为什么没有像北京一样？所以关键的问题还是回到了，为什么北京的出来创业了，而上海的并不这么选择。 现在看到的集聚更多的是一个结果，在多大程度上成为一个原因仍然是存疑的。
另外路径依赖也很难解释。杭州坐拥阿里这个商业帝国，然而其互联网公司的数量仍然少于上海。实际上，无论从高素质人才的供给到产业集聚这些方面来看，杭州似乎都没有什么优势。也许阿里的崛起仅仅是一个偶然，马云如果不在杭电工作而是在上财工作，说不定阿里就是上海的了。当然，比较一下上财教师跟杭电教师的待遇，马云如果在上财工作，可能压根不会创业。
