粗略的讲，就是通过比对基因差异（比如题述的Y染色体或者线粒体单倍群）推测出样本之间的亲缘关系，有了亲缘关系就可以配合样本来源的其他信息进一步推理出其他结论了（比如配合亚洲样本vs欧洲人样本这样的地理信息就可以推理出迁徙路线）。
新冠溯源基本也就是这么一回事 [1] ，通过比对不同病人身上病毒的基因序列可以构建出病毒的亲缘关系（比如下图中树状图本身的分支结构），然后再配合样本来源的地理信息（比如下图中树状图的颜色）就可以推知病毒的传播过程了（比如美国的病毒源头主要是自意大利而不是德国这样）：
这里头最关键的步骤是样本之间亲缘关系的构建，想要了解具体细节还是找本系统发生学的教材研究一下会更靠谱。但往最简单里说，核心道理其实就是遗传规律：亲缘关系越近就越是相似，那么从相似性就应该可以反推出亲缘关系。
比如小明黄皮肤黑眼睛，小红黄皮肤黑眼睛，小彼得白皮肤蓝眼睛，那显然就应该是小明小红亲缘关系更近，小彼得相对远；再加上黑猩猩，那同样毛发稀疏直立行走大脑袋的小明小红小彼得亲缘关系更近，黑猩猩相对更远；再加上猴子，那同样没有尾巴的人和猩猩亲缘关系更近，猴子相对更远；等等。
换到基因序列（不管是新冠病毒的基因还是人类Y染色体/线粒体基因）也是一样的，只不过比较的不再是皮肤瞳色之类的形态特征而是碱基序列特征（比如某个基因位点是AATTGGC还是AATTCCG这样）。
参考
- ^ MICHAEL WOROBEY, JONATHAN PEKAR, BRENDAN B. LARSEN, MARTHA I. NELSON, VERITY HILL, JEFFREY B. JOY, ANDREW RAMBAUT, MARC A. SUCHARD, JOEL O. WERTHEIM, PHILIPPE LEMEY. The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America. SCIENCE30 OCT 2020 : 564-570
