这个太多了，先说10个，回头再慢慢往上加。
我自己不会画，所以图片均来自网络。若有侵权请通知我删除。
1. 山都
长得像人，赤身裸体，但是很怕生，见到人就会傻笑或者逃走。脚跟是反的，有四五丈高，喜欢待在阴暗的地方。是类似于山魈的一种妖怪。
现在被认为是一种 狒狒 。
就是长这个样子的狒狒，大家觉得和【搜神记】里面的山都像吗？
2. 貘 [mò]
不是日本那个食梦貘，而是中国本土的貘，能吃掉铜铁。（图为日本的食梦貘）
现在被认为是 熊猫 。
【尔雅注】里说除了吃铜铁还吃竹骨，既然都吃竹骨了估计是熊猫没差，不过吃铜铁就有点……（感谢米战指教，熊猫被称为食铁兽是因为食物缺少铁质它们会下山找铁，一般是抱住山民的铁锅舔铁锈吃，被吓跑的山民误以为食铁）
3. 伯奇
西周的尹吉甫娶了一个漂亮的后妻，后妻不喜欢前妻的儿子伯奇，就设计陷害他，又吹枕头风，尹吉甫就把伯奇赶走，伯奇又悲又气自杀了（也有说是被尹吉甫杀了）。后来尹吉甫后悔了，伯奇就变成鸟飞回尹吉甫身边。尹吉甫就带着这只鸟回了家，一箭把后妻射死了。
然而因为这个，伯奇也被人讨厌，认为伯奇在谁家鸣叫，谁家就会死人。
此外，古代有并称为「十二神」的妖怪，他们会为人类清除掉一些作恶的害虫、厄运等等。虽然看似不错，不过成员都是穷奇、强梁之类的恶妖。伯奇作为吞噬噩梦的妖怪也名列「十二神」中。不过与伯奇鸟应该不是同一个。
现在被认为是 伯劳鸟 。
伯劳会把没吃完的小鸟啊小青蛙啊串在树枝上，十分恐怖，因此也被称为「屠夫鸟」。
4. 人鱼
不是中国的鲛人，而是西洋的那种上半身美女，下半身是鱼，趴在礁石上唱歌，引诱水手的那种。在中国应该与名叫「赤鱬[rú]」的妖怪比较类似。
我知道你们想看人鱼，但我就是要放赤鱬的图~不服咬我啊~
现在被认为是 儒艮 。
儒艮也叫海牛，也亏那些西方水手能把这玩意和美人鱼搞混了……（好多人说儒艮和海牛不是一回事，儒艮属于海牛目儒艮科，而海牛是海牛目海牛科，说儒艮也叫海牛感觉没错但似乎不太合适）
5. 蜾蠃 [guǒ luǒ]
只有雄性没有雌性，会把螟蛉的幼子带回巢穴，养着养着就变成了自己的后代。所以义子也被称为「螟蛉之子」。
现在被认为是土蜂的一种，带螟蛉回去只是为了给自己的后代当养分。（谢谢安离指正，应该属于泥蜂科）
人称细腰蜂，楚平王应该会喜欢这种蜂类。（谢谢王格非提醒，应该是楚灵王）
6. 鸮 [xiāo]
白天连泰山在面前都看不见，晚上却视力惊人的怪鸟。古人认为它会把自己母亲吃掉，所以是不孝之鸟。叫声凶恶，会带来不祥，被人们厌恶。
现在被认为是 猫头鹰 。
没错海德薇就是一只雪鸮。
7. 猪婆龙
居住在长江里，能掀起大波浪，把船掀翻的妖怪。据说明初时有猪婆龙兴风作浪，大臣因为皇帝姓朱，和「猪」同音，不敢如实报告，就说是「大鼋」在作怪，正好与「大元」同音，朱元璋才下令去收拾妖怪。
不过无锡鼋头渚那里的猪婆龙可是好妖怪，据说人们在挖河道的时候，一边硬如钢铁，无法开凿；另一边白天挖了晚上长好，搞得人们无计可施。最后是猪婆龙张渤顶着触犯天条的危险帮人们拱开了「犊山门」。
没记错的话这位就是张渤以及他的本体猪婆龙。
现在被认为是 扬子鳄 。
别说，从这个角度看脑袋还真有点像猪。
8. 驺虞 [zōu yú]
日行千里，白毛黑纹，尾长于身的妖怪。长着狮子的脑袋，老虎的身子。因为它只吃自然死亡的动物尸体的肉，因此是有名的仁兽。
现在被认为是 雪豹 。
9. 蟛蚏 [péng yuè]
汉初功臣彭越被杀害后做成肉酱，送到英布那里。英布吃到一半才知道这是彭越的肉，就立刻吐到江里。这些肉里满是彭越的怨气，化成了名为蟛蚏的螃蟹。
这位就是梁王彭越。
现在被认为是 蟛蜞 [qí]。
据说这小螃蟹还挺好吃。
10. 犰狳 [qiú yú]
长得像老虎但却是一张鸟嘴，一双鹰眼，还有蛇尾巴。见到人就装死。看到它就会有蝗害。
虽然找到了图但是人家禁止转载，我就不贴了，有兴趣自己点链接看吧。
山海经—犰狳|涂鸦/潮流
现在被认为……呃……还叫 犰狳 。不过是很普通的动物了。
这是现实中的犰狳，小时候我一直以为犰狳就是穿山甲……
就先写10个吧，这类被科学拽回生物界的妖怪一抓一大把。有人想看的话我回头再加吧。
2015.6.29更新
答个这种没什么争议的问题都能招来一堆反对，看来我这玻璃心迟早退出知乎。
在那之前，先给想继续看的人更新5个。
11. 太岁
有时会用来作为凶神恶煞的代称，比如西游记里的「赛太岁」就是此意。但实际上，太岁在中国古代是一种拥有上千只眼的肉块类妖怪。太岁藏在地下，如果不小心把它挖出来的话就会遭到不幸。有说法是「太岁头上动土」就来源于此。但是挖到它时迅速鞭打它上百下似乎可以转运。当然也未必绝对，主要还是看自己的运势旺不旺。
这是日本的妖怪家水木茂先生笔下的太岁。
现在被认为是肉灵芝。
我说的是这种真正的肉灵芝，可不是以前报道过的那玩意。（话说这种老梗还有人记得吗？）
12. 余腹
吴王（一说越王）在江上吃鱼，吃到一半饱了，就把剩下的鱼肉扔进江里。神奇的是这些鱼肉又活过来了，不过有的只剩一半身体，有的身上还有鱼丝。这些死而复活的怪鱼被称为「余腹」、「王余」
现在认为是比目鱼
可能是因为比目鱼看起来像被从中间剖开，吃了一半的样子吧。
13. 狌狌 [xingxing]
长得像猴子，一双白耳朵，喜欢喝酒，能知道过去未来之事，吃了它的肉就能让人善于跑步。（一说吃了肉会有什么功效大家应该就能猜到出自哪里了）
现在被认为是猿猴的一种。
白耳朵简直戳中萌点啊有没有！！！比上面那个妖怪萌多了！！！（空灵飒补充，这个是滇金丝猴）
14. 簸箕龟
比浴盆还大的红色乌龟，无头无尾无足，像簸箕一样扁。身上有数百张小嘴，会把猎物的血吸干。
现在被认为是孔鳐
传说中记载的那只可能是比较大的孔鳐。话说好歹叫人家簸箕鱼啊，关乌龟什么事！！！
15. 魔鬼鱼
大家应该知道这个，以前西方水手在夜里会看到巨大的，长着翅膀的，蝙蝠一般的鱼从自己头上掠过，有时还会落在船上把船砸沉。惊恐的水手认为那是地狱来的恶魔，称其为魔鬼鱼。
现在被认为是蝠鲼[fèn]
蝠鲼其实是蛮温和的鱼类，它把船砸沉不是故意的，只是玩脱了而已……
2015.6.30更新
睡前再更一批，然后完结了完结了~
16. 鹿蜀
白脑袋，红尾巴，脑袋像马，身上长着像老虎的条纹。把它的皮毛佩戴在身上可以家族兴旺，子孙如云。这东西在重视家族传承的古代简直是宝贝啊。
跟狌狌一个画风，丑得要命。
现在被认为是㺢㹢狓。
要说像是真的挺像，描述也基本符合，但是……这动物只有非洲才有啊……【山海经】的谜团实在太多了。那个神秘的作者究竟是怎么写成【山海经】的？下一只也是非洲那边的动物。
17. 当康
长得像猪但是有长长的牙齿，看到它就会大丰收。是好妖怪呢~
就用这种游戏风格的图凑合看吧。
现在被认为是疣猪。
是的，没错，你没有想错，就是【狮子王】里的彭彭。
18. 四不像
【封神演义】里姜子牙的坐骑，麟头豸尾体如龙。因为普通战马会害怕四天王坐下的狴犴、狻猊、金钱豹、狰狞四只凶兽，所以姜子牙特意换了坐骑。
现在被认为是麋鹿。
也有人认为麋鹿和【封神演义】里记载的姜子牙的坐骑差别太大，姜子牙的坐骑应该是一种类似于麒麟的名叫「四不相」怪兽。但是四不像就是麋鹿的说法太深入人心，因此后来的姜子牙形象都是骑着麋鹿。
19. 鹦鹉
好了，我知道你想说「我艹鹦鹉都算神话生物？！」，不过还真就算。【山海经】里记载的鹦鹉长得像鸮，青羽毛红喙，能学人说话。
后来人们就发现原来还真有鹦鹉这种动物啊。
现实里的鹦鹉跟神话里的基本没差别。（写完才发现跟黄zhey的答案撞了，是他先写的，我后写的。不过我们找了同一张图，也算心有灵犀）
20. 果然兽
长着一张狗脸的猴子，浑身白色，尾巴比身子还长。朝天鼻，皮毛白底黑纹路，柔细华泽。
现在被认为是川金丝猴。（评论区指出也有可能是黔金丝猴，不过果然兽是川金丝猴的别名……我再放一张黔金丝猴的图，大家见仁见智吧）
↑川金丝猴
↓黔金丝猴
金丝猴大部分都是朝天鼻子。虽然现在是保护动物。但是当时……
肩边班文集十余皮，可得一蓐，繁文丽好，细厚温暖。你们感受下……
21. 耳鼠
长得像老鼠，有兔子头和麋鹿的身体。可以用尾巴飞起来。
飞！起！来！
顺便一提，吃了它可以百毒不侵。
现在被认为是鼯鼠。
话说原文是「菟首麋身」，但是这个「菟」有两个意思，一个是兔子，一个是老虎……所以如果它是老虎脑袋呢……
不过一个字既有兔子的意思又有老虎的意思就已经很让人纠结了吧？中文好难！
22. 兕 [sì]
青黑色，长得像牛，只有一只角。太上老君的坐骑就是一只兕。
现在被认为是犀牛。
亚洲大部分的犀牛都只有一只角，非洲那边的犀牛有两只角。还有的犀牛没有角……哎搞不清了，文科生生物苦手。要是能用妖怪学代替生物学的话，嗯……我能当课代表~
就这样啦，谢谢阅读本答案~
再加一句，我既然写在答案上，就基本都有出处。在评论区非说是主观臆断牵强附会的看得我都累了。你要是真像王格非或者安离那样有理有据指出我的错误，我会发自真心谢谢指教。莫名其妙跑来说我这是臆断，都太牵强之类又说不出个所以然的我只能说不爱看别看。如果有异议，请先去自己查一查它们之间的对应关系（话说妖怪和现实动物本来就不可能完全一样吧），如果还有疑问或者对其中的一些妖怪感兴趣欢迎私信或者在评论区和我讨论。再有莫名其妙为了反对而反对的我是真没精力回复解释了。
