（多图预警~）
谢 @摩尔加纳 同学邀请~
勉强回答一下：
最初设定野生宝可梦会对家养宝可梦表现出恶意，野生宝可梦对于家养宝可梦的恶意甚至超过对人类的「恶意」（可能会被视为类似「宝可梦奸」的存在），野生宝可梦与家养宝可梦思想上也会有些「隔阂」，只是这些内容到了后期，都在不断被淡化，后期野生宝可梦和家养宝可梦，已经亲密无间，完全打成一片，没有任何区别。
在无印篇早期，其实是有一个「设定」——野生的宝可梦会对人类饲养的宝可梦产生敌意，这种敌意甚至可能超过对人类本身 。这是无印篇初期，宝可梦图鉴的语音，大致是说野生的宝可梦对家养宝可梦的态度是负面的，而实际上，动画中也是这样发生的……
无印篇开篇就是小智和皮卡丘「合力」击败烈雀，当时的情况是小智和皮卡丘关系不好，想要一个人收服野生宝可梦，结果在阴错阳差之中， 小智扔出去的石头砸到了烈雀。结果，烈雀直接选择攻击小智的皮卡丘，而选择性忽视了小智 ，情况就是这样，扔石头的小智，但是烈雀更憎恶为小智（训练师）「卖力」的皮卡丘。
这个其实不是动画「一拍脑袋」制作出来的结果，在编剧首藤刚志的原案小说【Pokemon: The Animation】中也提到了这一点：
比起扔石头的小智，野生的烈雀反而是更想要攻击「助纣为虐」（至少野生宝可梦部分持有这种观点）的皮卡丘。由于首藤刚志的原案具体细节已经不可靠，但是一部分观众认为这是曾经「幻之结局」（宝可梦大起义）的一个「伏笔」，详情可见以下回答，这里不再赘述：
实际上，烈雀的问题绝不是「个案」，早期无印篇动画涉及到人类与宝可梦冲突的时候，都体现出野生宝可梦对人类饲养宝可梦中的「矛盾」，尤其是涉及到直接对抗的时候：
在游町码头，就涉及到人类发展旅游业，结果挤占宝可梦生存空间的问题，于是矛盾无法调和，形成了大型的冲突，最后毒刺水母率领玛瑙水母「大军」破坏了人类的城市，情急之下，人类由现代武器与宝可梦组成「防御力量」，与野生宝可梦作战，这个时候，毒刺水母对这些站在训练师一边的宝可梦，可是一点好话都没有……
打起来之后，也是一点都不手软，同为宝可梦，只要在站在人类一边，那就没啥可商量的。不知道，在宝可梦群体中，是否也有「宝可梦奸」（只站在人类一方与宝可梦作战）的说法，但是野生宝可梦，对于这些站在人类一边的宝可梦真的视为敌人……
与此相关回答：
实际上，尽管后期动画不断「淡化」这一设定，不过部分故事中， 也会有一些对人类有「阴影」的宝可梦，它们与「家养宝可梦 」很多时候也「聊不到一起」：
比如在尼贝尔高原中，聚集了不少宝可梦，这里相当比例的宝可梦，都是被人类欺骗或者人类抛弃的存在，他们聚集在一起「相依为命」，他们中很多一开始也并不接受和训练师的宝可梦在一起，当然后来很快就和这些「善良」的宝可梦打成一片。
不过即使如此，他们对于人类饲养的宝可梦一些想法，也并不认同。比如小智的皮卡丘，就是一个典型的训练师饲养宝可梦，尽管一开始与小智并不对付，而且对人类训练师有抵触情绪，但是后来和小智成为「真爱」和默契的搭档。
皮卡丘的话，就不是很受这些宝可梦的认同 ，这里的宝可梦都曾经被人类的谎言伤害过，比如溶食兽就是被一个曾经拥抱过它的训练师抛弃，对皮卡丘的话自然无法完全认同。 当然，这里的宝可梦属于样本存在一些偏差，并不能完全代表所有野生宝可梦的态度。
然而，这一设定，正在不断被「淡化」，现在已经基本不提这个（首藤刚志原案结局也已经作废）， 后期很多动画，野生宝可梦和人类饲养的宝可梦已经「不作区分」：
无论是主系列的TV动画，还是皮卡丘的小短篇，无论是隶属于训练师的宝可梦，还是野生的宝可梦，基本都是无障碍地在一起愉快地玩耍，气氛十分和谐，不分彼此。也不会再提，人类和宝可梦之间的矛盾相关内容，野生和家养宝可梦之间的「纠结」关系，也都随之一起淡化了……
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