細菌的話 ，人體菌群裏面有很多對人有益的菌，最主要的：腸道菌群作用與腸道，和人類的代謝有著千絲萬縷的聯系，腸道菌群紊亂會導致代謝疾病等多種疾病，這是今年特別火的一個研究領域。
人的皮膚表面也有菌群，和人類的免疫系統密切相關。青春期長痘就是因為皮膚分泌物變化導致的皮膚表面菌群紊亂造成的感染。
病毒的話 ，人的基因組有超過一千個逆轉錄病毒的基因，即內源性的逆轉錄病毒。這是曾經感染人類或人類祖先的逆轉錄病毒寄生於人體中形成的，其中有一些還可能在特定的情況下控制細胞制造和釋放病毒。而有一些則已經完全作用於人的生理功能了。
比較典型的有「合胞素蛋白」，形成這種蛋白的基因有幾種，分別在不同的時代透過病毒感染並整合進人類基因組。這種蛋白和胎盤的形成有關，如果哺乳動物不表達這種基因，則胎兒無法存活到正常生產。
很可能最初的胎生哺乳動物就是由於被病毒感染而獲得了這種基因，才能進行胎生。而早期的哺乳動物在向人類前進演化的過程中，又被其他的帶有合胞素蛋白基因的病毒感染，新的合胞素基因代替了舊的基因。因此，人類能懷孕、生孩子，就和病毒有關。
病毒侵染法是基因工程中用來轉入外源基因的一種手段，所以人類也是天然的「轉基因物種」。
寄生蟲的話 ，對人體有益的寄生蟲還沒有明確的研究，但一些寄生蟲在影響寄主健康的同時對寄主有一定的好處的是有的。例如鯊魚腸道中寄生的一種絳蟲就被發現會大量富集重金屬鎘，這種寄生蟲雖然靠在鯊魚腸道中汲取食物營養來生存，但會替鯊魚吸收掉食物中大部份的鎘。
之前還有報道認為寄生蟲會鞏固人體的免疫能力，減少人體的免疫應激反應。有研究表明，在腸道寄生蟲多發的國家，哮喘病的發病率會顯著下降（哮喘病是免疫應激疾病，腸道寄生蟲往往存在於較欠發達的國家，而這些國家哮喘病患者顯著的少於對腸道寄生蟲有充分免疫措施的已開發國家），這二者之間可能存在一些聯系。
之所以二者有關聯，可能是因為腸道寄生蟲和花粉等造成哮喘的過敏原會導致人體產生相同的抗體(lgE，主要在呼吸道和消化道黏膜固有層的漿細胞產生），可能較輕微的寄生蟲長期刺激人體免疫系統從而習慣了花粉等產生的刺激。可反過來，較嚴重的腸道寄生蟲則也會造成哮喘等疾病。
