這個問題大而無當，問題之下也是群魔亂舞，先說幾個常見的點：
「明朝歲入只有幾百幾十甚至幾萬兩」，這是你只看明朝戶部的太倉銀，可戶部太倉銀一般只占明朝白銀稅收的十分之一到五分之一，而且明朝每年還要收2000-5000萬石的糧食；
「元朝的包稅制」，元朝實際上沒怎麽搞過包稅制，而宋朝的買撲制中的「買撲商稅」是實打實的包稅制；
「宋朝的工商業稅高所以稅負輕」，不要拿工業革命後的近現代去套古代，古代小農經濟就是以農業為主，你在管控戶口、丈量田地和抑制兼並等方面不下功夫，收不動農業稅，收再多的工商業稅也是轉嫁到農民頭上；
「明朝搞海禁所以對外貿易不如宋朝」，說的和宋朝沒搞過海禁一樣，而且明朝主要是打擊民間的私人貿易，企圖透過朝貢貿易來壟斷對外貿易，對外貿易的規模是超過宋朝很多的；
「宋朝沒有爆發全國性的大規模農民起義所以宋朝稅負低」，沒有爆發全國性的大規模農民起義和稅負低沒有因果關系，宋朝的中小規模農民起義是很頻繁的，沒有爆發全國性的大規模農民起義的主要原因是宋金戰爭、宋蒙戰爭用非常殘酷的方式緩和了兩宋的人地矛盾。
1 兩宋和明朝的財稅制度不是一脈相承的，不能直接比較：
你可以拿北宋初的財稅制度與晚唐五代比，拿明初的財稅制度與遼金元比，拿晚明的財稅制度與清初的比 ➡ 因為宋初繼承了晚唐五代的財稅制度，明初繼承了遼金元的財稅制度，清初繼承了晚明的財稅制度。
但元朝沒有繼承南宋的財稅制度，明朝繼承了元朝的財稅制度，所以不能拿明初的財稅制度與南宋的比。
以戶籍為例，古代征稅以戶為單位，戶籍制度是財稅制度的基礎。宋朝的戶籍制度的根本是主客戶，主戶是納稅的有產戶，按財產的多少分為五等，客戶則是少納稅的無產戶。而明朝繼承了元朝的「諸色戶計」，按職業劃分戶口，主要分為民、軍、匠三類。
你可以拿宋朝與晚唐五代比，例如後晉有對主客戶一並征稅的，在這方面宋朝的稅負更輕；也可以拿明朝與遼金元比，例如明朝開設衛學供軍戶子弟讀書，明朝進士有近三分之一出身於軍戶，在這方面明朝的福利更好。
但你沒法拿宋朝與明朝直接比，只能間接比較。例如宋朝對戶籍的管控不如明朝嚴密，宋朝只統計納稅的成年男性（而明朝是你家裏有多少人，是男是女是老是少都要統計），也不限制人口的流動；但正是因為宋朝的管控不嚴，客戶中的地客被主戶像牲口一樣買賣、客戶中的浮客居無定所四處流浪。
2 兩宋和明朝的財稅制度設計差別很大：
例如在軍事方面，北宋和遼國打了25年的國戰，又與西夏打了37年的國戰；南宋和金國打了44年的國戰，又與蒙元打了23年的國戰。期間不打仗的時候也要維持龐大的邊防軍，要積攢錢糧準備戰爭，還得交歲幣。
明朝的邊防壓力比宋朝小的多，蒙古諸部、東南倭寇、西南土司對明朝造成的威脅遠不如遼夏金元對兩宋造成的威脅，所以軍費開支相對要少，沒有冗兵和冗費的問題。
而且明初朱元璋的衛所制，學的是唐初府兵制，分給軍戶土地讓他們自給自足；而宋朝則繼承了晚唐五代的募兵制，需要征收錢糧來僱用士兵。
如果宋朝不收重稅用於軍事，那遼夏金元就會侵攻宋土，既威脅了宋人的生命和家業、也威脅了趙家的統治；但明朝收重稅用於軍事，又可能像征安南那樣，因好大喜功而陷入窮兵黷武的境地。
3 實際的稅負不完全取決於財稅制度，還有吏治、氣候、對外貿易等因素：
以晚明的通貨緊縮和通貨膨脹為例，明朝在隆萬改革後確立了財稅的「銀本位」，財稅收入和財稅支出以白銀為主。
但是中國缺少金銀銅礦，明朝的白銀供給非常依賴對外貿易。與晚明同時期的歐洲三十年戰爭和日本閉關鎖國等因素嚴重影響了明朝的白銀供給，導致嚴重的通貨緊縮。
這樣一來，一個農民可能原本交一兩白銀的稅只需要賣一石米，現在可能要賣三四石米才行。
另一方面，日常流通的貨幣還是以銅錢為主，白銀的增值導致了銅錢的貶值，又造成了嚴重的通貨膨脹。
這樣一來，一個市民可能原本花一千文銅錢就能買一石米，現在要花三四千文銅錢才行。
這個問題太大了，足以寫一本書了
