水面战舰进出威廉港的同时，邓尼茨也从他在圣瓦登的 「作战部门」里向U艇部队发出战斗的指令。
战争爆发时，分别停靠在威廉港和基尔港的 U艇总共只有57艘，但这支部队很快就赢得了显著的成功。开战后没有多久，从威廉港出航的 U-29就在爱尔兰外海击沉了英国航母「勇敢」号，时间是1939年9月17日。由巡洋舰改装而成的「勇敢」号是英国海军在二战中沉没的第一艘军舰，这场灾难造成576人死亡。
9月28日，华沙宣告投降的日子，希特勒再次造访威廉港。这次元首的车队直驱U艇码头，他要向U-29艇长奥托·舒哈特上尉颁发一级铁十字勋章。
在驶过一排 U艇的途中，随行人员特别向希特勒介绍了其中的U-33。在艇长德雷斯基上尉的指挥下，该艇刚完成41天巡航归来，此行共击沉了3艘英国商船。不过，该艇后来于1940年2月12日被击沉，德雷斯基和24名艇员身亡。
当艇长舒哈特挂上了新勋章后， U-29的全体艇员也都获得了二级铁十字勋章，这是第一次向U艇部队官兵颁发这种勋章。在和兴高采烈的艇员们的一小时会见中,希特勒断言:「U艇在广大海域中所散布的真实的和心理上的影响，将在世界大战中取得巨大的和深远的成果。」U-29确实是幸运的，它直到1945年5月4日才以训练艇的身份被凿沉，至于舒哈特本人，则一直活到1990年。
结束了和战士们的交谈，希特勒转而召开一场由高级主官们参加的会议，到会者包括雷德尔、邓尼茨、凯特尔等人。事实证明，这次会议所讨论的话题具有深远的影响。
邓尼茨在会上直截了当地提出要大力加快 U艇的建造速度。基于「能给英国最薄弱之点以致命打击的有效武器仍然是潜艇」这一判断，他提出德国海军「至少需要300艘潜艇」。虽然邓尼茨坚称如果有这份实力，「潜艇部队定能取得决定性的战果」，但却没有得到什么肯定性的回应。
结果是德国的潜艇建造计划没有显著的改进，交付部队的效率也没有有效提高，最终证明了邓尼茨的判断 :「今天所耽误的，即使今后再增产也是无法弥补的……"
颇为得意的U-S0潜艇艇长马克斯-赫尔曼·鲍尔(左)
从某种意义上来看，
9月28日的威廉港既见证了U艇初战的成果，又预示了其力不从心的终局。就像英国史学家战后所评论的:「德国发展潜艇的速度如此之慢，乃英国之大幸也。"
这一论断，在 1939年还完全看不出端倪。而在10月17日，威廉港再次迎接一位英雄艇长的归来，他就是普里恩上尉。由他指挥的、外壳上绘有吐着粗气的公牛图案的 U-47，于三天前潜入英国海军基地斯卡帕湾，并一举击沉「皇家橡树」号战列舰。这堪称U艇在二战期间所取得的最显赫和最令人吃惊的战果。
水下作战不断给英国海军造成困扰，但接下来的一段时间里，德国人反而受到自己鱼雷的困扰 --突然有大量攻击因鱼雷失灵而徒劳无功。当大批舰只驶出威廉港入侵挪威的时候，留在港区和圣瓦登的人员则把主要的精力投入了所谓「鱼雷危机」。在雷德尔的命令下，鱼雷监察长也赶到威廉港参与会商，却无法得出明确的结论。结果是，高级军官和技术主官在磁性鱼雷与触发鱼雷的优劣之间、以及不同引信方式和不同定深之问争论不休，造成U艇在形势对自己最为有利的初战时光里白白错失了许多战机。
在逐步确立了倾向使用触发鱼雷的指导思想后， U艇重新显示了它的能力，威廉港的U艇码头也再次迎接胜利者的凯旋。
1940年3月2日，经过在英国周围水域28天的巡航，U-50顺利返港，取得了击沉16089登记吨船舶的战绩。这是艇长马克斯-赫尔曼·鲍尔上尉的第5次出航，也是最成功的一次。和舒哈特一样，他赢得一级铁十字勋章，而他的手下也都获得了二级铁十字勋章。
同年 5月8日是热闹的一天，尽管在战时状态，U艇码头还是照常推出「基地开放日」，供当地居民进港参观。接受围观的几艘U艇中，最值得一提的无疑是 U-30。在艇长兰普上尉的指挥下，这艘U艇在1939年9月3日击沉了英国邮轮「雅典娜」号，这被认为是战时最耸动的海上犯罪行为之一。后来，该艇又在1941年5月9日放弃营救U-110的努力，致使后者的恩尼格玛密码机落入英国人之手。
一星期之后， U-37奉命离港驶向大西洋。该艇装备的是经过改进的触发引信鱼雷，这一武装被证明是合适的。在其第5次巡航中，U-37在西班牙和葡萄牙外海收获颇丰，共击沉了10艘商船。
邓尼茨在港口迎接U-37潜艇艇长维克托·奥赫恩(右)
6月9日，该艇返回威廉港。它在海上26天共击沉敌舰船43000总吨位。和每次U艇返回威廉港时一样，邓尼茨从圣瓦登赶到港区迎接艇长。这次他和艇长维克托·奥赫恩的交谈格外细致，U-37的经历充分证明了U艇的威力，也表明困扰心头的鱼雷问题不再那么突出，邓尼茨是有理由显得格外高兴的。
U-37的返回，差不多也就是威廉港潜艇战的终点。随着「大西洋之战」第一阶段的开始，第一艘U艇 U-30于7月7日驶入洛里昂港补充鱼雷和燃料。之后，更多C艇开始陆续调往比斯开湾。邓尼茨本人带着他的「作战部门」于8月29日正式迁出圣瓦登，先暂时入驻巴黎，然后赴洛里昂指挥他的U艇部队，
那一派 U艇进出的繁忙景象，在威廉港不再上演。
1 943-1945年:保住性命
虽然 U艇作战基地的定位被削弱，但威廉港造船厂制造U艇的步伐并不曾停歇。1940年1月，这里就开始建造U-751-29艘VIIC级U艇的第一艘，之后不断加快建造速度。这自然成为盟军空中打击的重要目标，于是，更多更大的轰炸机即将临空。
1943年1月27日，威廉港成为一个具有历史意义的地点。美国陆航第8航空队的91架B-17和B-24从英国的基地出发，展开美军在二战中对德国本土的首次空袭。在这次历史性行动中，有58架轰炸机飞抵威廉港上空并投下137.5吨炸弹。第8航空队对德国工业目标的白昼大空袭就此拉开序幕，而威廉港也成为在二战中同时首遭英国和美国飞机空袭的德国城市目标。
美国人的首秀似乎比英国人成功得多，这次空袭摧毁了在建的 U-769和U-770，使其无法成军。而在此前英国飞机针对U艇建造的空袭中，除了在1941年1月8日至9日夜里炸伤了 U-757之外，其余行动一无所获。
但对盟军来说，继之而来的便是失望。
英美轰炸机联手在 2月对威廉港展开了最大规模的空袭。英国飞机连续4次大规模出动，分别是11日至12日夜的177架，18日至19日夜的195架，19日至20日夜的338架，24日至25日夜的115架。美国飞机则在2月26日白天出动。然而,尽管这5次空袭投下了5584吨炸弹，但是破坏效果却令人吃惊得小。
值得一提的是，在美机的空袭中，美国陆航的战地摄影师坦南鲍姆中尉在 「杰西·邦斯」号 B-17上，用16毫米彩色胶片拍摄了一部战地宣传记录片，取名为【孟斐斯美女号:飞行堡垒的故事】。这部长达45分钟的宣传片于1944年上映，以令人难忘的影像和在好莱坞制作的后期音效有力地鼓舞了美国国民的士气。当时之所以换机拍摄，是因为这天「美女」号正在修理中。而这架B-17后于当年5月成为美国陆航第一架在欧洲上空完成25次任务的重型轰炸机，因而得到回国的机会。
更多的空袭行动相继展开，同样都未能取得期盼中的重大战果。
252架B-17在6月11日空袭U艇码头，在遭受8架被击落、83人阵亡的打击后，只是证明了一点:在没有护航战斗机随行、而有大量敌方战斗机到场的情况下，要向港口精确投弹是非常困难的。
「杰西.邦斯」号B-17F轰炸机机组人员合影
1944年2月3日，美机展开最大规模的空袭，553架B-17投下1415吨炸弹，但仍未能对U艇制造起到什么太大的影响。这时，威廉港已完成了VIIC级的建造，转而为不莱梅和汉堡的船厂提供配件，为在那里制造的强有力的XXI级U艇提供配套服务。
一个明显的战果直到 1945年3月才告取得。经过英美飞机的多轮轰炸，轻巡洋舰「科隆」号宣告沉没。不过实际上只是舰体浸入码头附近的浅水湾中，上面的150毫米主炮塔仍可使用。于是港内守军便把这当成固定炮台，以备打击陆上来犯之敌。
在所有这些空袭进行时期，威廉港的设备损失其微，造船厂更是一直保持着运作。当地的一份战时报告骄傲地宣称 :「(生产)停顿最多从未超过1小时。"离奇的是，这并不是吹牛，也不是地方官员邀功，而是事实。
盟军在针对此地的 82次空袭中总共出动5668架次，投弹19048吨，付出146架轰炸机被击落、856名机组人员阵亡的代价，却从未获取相应的战果。不仅 U艇制造一切正常，甚至连德国海军在当地的建筑物都安然无恙。圣瓦登的海军指挥部披有恰当的伪装，加上当地散布的农场建筑，以致得以成功骗过盟军情报部门的侦察，在战时从未遭到过轰炸。同样「幸运」的还有当地高炮部队的指挥部，它设在威廉港西北郊的一座古老建筑里，那里也从未掉落过一颗炸弹。
对威廉港来说更重要的是，尽管城区的建筑到 1945年4月已被炸毁了近七成，但此地的平民死亡率却非常之低，总共只有452人身亡，1125人受伤。从统计学的角度看，投向威廉港的炸弹占投向德国炸弹总量的1.2%，以此比例推算，则死亡人数本应该翻上十倍有余。可以再参考另一组统计数字，根据死于空袭人数和投弹总量的换算,在德累斯顿平均每杀死一个人耗费0.2吨炸弹，在考文垂是0.9吨，在伦敦是2.6吨，在威廉港则是42吨!
威廉港的相对安全有多方面原因。首先，其城区主体建设时间较短 ,建筑物多为不易燃烧的砖石结构,这和汉堡等地建筑多为木结构的情况截然不同。其次，这里的消防取水较为方便，而有许多炸弹也都直接扔进了海水里。
抑制空袭死亡率的另一个重要原因是当地防空掩体群的建设。 1940年10月13日，戈林亲自圈定78座城市为新型防空塔的建设优先城市，其中就包括威廉港。从次月开始，这里就开工建造顶部厚1.4米、墙体厚1.2米的防空塔。到1941年夏，建设标准提升为顶部厚2.5米、墙体厚2米，每座塔内可容纳700余人。
"科隆"号轻巡洋舰的舰体虽然被盟军炸沉入水,但舰面以上部分仍然浮在水面上,舰上的炮塔也都可以继续使用
到美军展开空袭的
1943年，威廉港已建成了304座大型防空塔，由于此地的常住人口已经从1940年的133000人减至73000人，因此差不多每个人都可以在防空塔里找到自己的一席之地，值得称道的是，所有的防空塔都经受住了炸弹的考验，在战时无一损毁。这些救命的建筑物的总造价相当于四分之一艘「提尔皮茨」号战列舰的成本，和用于制造武器的开支相比，这样的花销才是真正值得的。
1945年5月:投降
威廉港在二战中后期的日与夜，就是在美英轰炸机的交替来袭中度过的。所幸的是，敌人的来犯也就仅此而已，没有海上的敌人，也没有陆上的，直到 1945年战争的最后时刻，情况才开始发生质的变化。
战争进行到这时，盟军已可以看到胜利的前景。为了能够在第一时间控制住德国的港口，盟军远征军海军司令哈罗德 ·布罗上将下令组建了一批海军突击队，每个都指向一个德国港口，任务是夺取主要港口设施、接受当地海军部队投降、清理水雷开辟水道等。
成立于 1945年2月的第1735海军突击队的目标就是威廉港。这支突击队由爱德华·康德尔上校指挥，编有130人。4月10日，这支部队在汉普郡海岸接受了校阅，5天后出发。
与此同时，另有一支地面部队也正朝威廉港疾进，他们不是英国人，也不是美国人，而是波兰人和加拿大人。
加军搭乘「谢尔曼」坦克进军
1945年4月，蒙哥马利的第21集团军群在荷兰北部和德国西北部迅猛推进，其中位于加拿大第1集团军战区的右翼、由盖伊·西蒙兹中将指挥的加第2军，准备在夺取不莱梅后即转向北面，进而夺取埃姆登和威廉港。
4月20日，该军麾下的波兰第1装甲师和加第4装甲师成功封闭了埃姆登-威廉港半岛的南部。21日，康德尔的突击队部分人员加入加第4装甲师的队列，向威廉港攻击前进。26日，不莱梅宣告投降。5月4日，加第4装甲师和康德尔突击队进至威廉港东南面35千米处，波兰第1装甲师则进至威廉港南面22千米处。
然而，这场盟军之间的进军竞赛已经不再有意义， 5月4日6时30分，驻荷兰、德国西北部和丹麦的德军宣布无条件投降。
负责保卫埃姆登 -威廉港地区的德军埃里希·斯特劳伯将军是乐见此举的，他的部队号称是一整个伞兵集团军，但却只包括没有经验的新编伞兵部队、空军的剩余人员、杂七杂八的海军地面作战部队。在威廉港，他根本没有野战炮可用，凑手的只有一批高炮，还有沉掉的「科隆」号的主炮。
德军宣布停火后，西蒙兹立即在 5日与斯特劳伯就投降细节进行了会晤，并在之后下令波兰第1装甲师前往威廉港外围的耶佛，由加第4装甲师占领威廉港。不过他在当天晚上11时改变了主意，决定把占领威廉港的荣誉交给波兰人。
波兰师长斯坦尼斯拉 ·马切克少将认为这道命令对于自1939年战斗至今的波兰人是一种褒奖，他当即让第10装甲旅旅长格鲁津斯基上校带领一个战斗群赶往这个港口。6日清晨6时，格鲁津斯基拔营出发。
马切克少将准备全面接收威廉港，但有一个人却不这么认为，他就是康德尔上校。改变的命令在 6日凌晨1时送达加第4装甲师，这让康德尔觉得非常不满，接着他觉得自己既然是负有布罗上将的命令，那就可以无视西蒙兹中将的决定。
他立即带领 4辆吉普，从营地全速赶往威廉港。这些英国人一路与波兰坦克擦肩而过，接着比波兰人早一点，于中午之前赶到了威廉港的城区。康德尔一行马不停蹄，接着前往此行的主要目标--德国海军指挥部所在地圣瓦登。
不久后，格鲁津斯基也赶到了城区，而一个德国投降代表团也在此时出现。天空中飘起了细雨，一场德国人向波兰人投降的简短仪式开始了。
在这个历史性的时刻，投降的是威廉港要塞司令官瓦尔特 ·穆尔绍上校、威廉港警察总长费迪南·赫斯克、纳粹区长官伯恩德·霍斯特曼、市政长官格奥尔格·谢夫；受降的则是格鲁津斯基上校、波兰第2装甲团团长米夏尔·古托夫斯基少校、侦察营军官杰兹·瓦西列夫斯基上尉。德国人带来了一名讲英语的翻译，不过此举纯属多余，因为格鲁津斯基讲得一口流利的德语。
威廉港德国军政要员向波军投降
波兰坦克开始向城区和港口开去，这些
「谢尔曼」式坦克几乎无处不至，唯独没有开上威廉皇帝桥因为担心坦克太重，波兰人是骑着自行车上去的。德国人没有想到这些头戴贝雷帽、身穿英式制服的人是波兰人，起初产生了不小的恐慌，但事实上波兰军人始终表现得训练有素，有礼有节。
另一方面，康德尔和他的人到达了圣瓦登。在德国海军北海最高司令部的大门口，还站立着姿势笔挺的哨兵，康德尔径直上前要求与此地的最高长官对话。福尔斯特上将并不在场，这时的最高长官是库特 ·韦耶海军少将。接到报告的少将正和军官们共进午餐，他冷静地用完了餐点，才出来会见英国人。接着，便是另一次简短的投降仪式……
1945-1948年:肢解
当德国上一次战败时，英国就曾计划全面摧毁威廉港的战争潜力，但最终因为种种原因而不了了之。这一次，英国人决心不再覆辙重蹈。
还在 1944年的时候，英国人就申明了要使战后的德国海军不再具备开战能力的「立场，并且对这一点表达了极为强硬的态度。全面裁军、消除潜在威胁、避免【凡尔赛条约】那样的错误是皇家海军所一再声明的。
具体的步骤包括 :收纳所有投降的水面舰只和潜艇，将其集中到指定区域，由战胜国决定如何瓜分或销毁。不能给德国留下任何可以滋养一支新海军的资源，这就意味着要摧毁德国的海军基地和海军造船厂，其中尤其要加以「彻底摧毁」的便是威廉港和基尔港。
当德国宣布投降后，大小不等的德国水面舰只向威廉港陆续集中，等待命运的裁定，此时保留在港中的还有 14艘U艇。当地的兵营则成了投降的海军官兵暂时的拘押地。住在自己熟悉的地方，令人感到放心，只是当邓尼茨遭到逮捕的消息在5月25日传来时，才在这些放下武器的人当中引起了一阵不安。
U艇官兵离船上岸，前往临时拘押所
两艘大型军舰在
28日抵达威廉港，它们是此前已经在哥本哈根被英军解除武装的「欧根亲王」号和「纽伦堡」号。由于没有携带炮弹，并且只载有最少量的燃油，这两艘巡洋舰在驶入IV号入口时显得有些奇怪:舰身明显高出水面很多。
IV号入口也称「雷德尔之锁」，雷德尔元帅曾在1942年11月7日主持这里的启用仪式。建成时，它是世界上最大的港口水道之一，现在则成为德国海军再次衰败的见证者。
德国水兵在等待，战胜国则在争执不休，在 1945年7月的波茨坦会议上，英国人再摆强硬态度，提出要凿沉全部德国舰艇，但苏联人表示不同意。经过反复蹉商，最终达成的一致意见是凿沉大部分U艇，只保留30艘用作技术研究，水面舰只则由英、美、苏三个战胜国瓜分。
12月14日，「欧根亲王」号最后一次离开威廉港，驶往目的地美国。18日，苏联红军到港，开始接收属于他们的军舰，其中最大的「纽伦堡」号于1946年1月2日离港。当年夏天，英国接收的舰艇最后离开威廉港。
舰艇的处理告一段落，英国人则还有一项大工程要进行，那就是 「彻底摧毁」威廉港的军事潜力。为了把此地变成一个纯粹的商贸港口，英国人拟制了多套复杂方案，最终选定的是其中最为廉价的一种:建造3个水坝截断多处入口，炸毁大部分制造设备。
结果，包括 「希佩港」等在内的多处港区被水坝阻断，形成了不大不小的人工盐水湖。至于岸上的设施，到1945年底时已经摧毁了一半，盟军计划要在18个月内摧毁所有的潜艇和军舰掩体。
海军造船厂存在并运作了很短的一段时间，因为要在这里对即将被拖走的舰只实施修补和维护。当这些工作都完成后，造船厂的设备被拆装到 38艘大型货轮上，启程运往苏联。
最后，英国工兵开始爆破造船厂的厂房以及威廉港的入口。在这里的四个入口中，只有 1号入口得以保留。III号入口即「提尔皮茨之锁」甚至被完全填埋掉了。「舍尔港」北岸的U艇码头于1948年完全拆除。
这一切全部完成后，借助着纳粹德国的对外扩张而再度兴盛的威廉港又回到了一战结束时的原点。无论是港口的情形，还是岸上的景物，都无法再让人联想起昔日的德国海军了。
威廉港岸上设施经盟军破坏后已面目全非
这时，导致这一切破败后果的那个人早已经在柏林自杀，而距离这位德国独裁者最后一次向威廉港民众发表演说也已经过去了多年的时光。当年那次演讲中笼罩港城的嘶哑声音早已消散，曾经激起民族情绪的演讲内容也已被人淡忘，不过，历史却仍然记得这样意味深长的话
:「任何想要评估德国盛衰的人，都请放眼来看看威廉港的发展吧!」（全文完）
