细菌的话 ，人体菌群里面有很多对人有益的菌，最主要的：肠道菌群作用与肠道，和人类的代谢有着千丝万缕的联系，肠道菌群紊乱会导致代谢疾病等多种疾病，这是今年特别火的一个研究领域。
人的皮肤表面也有菌群，和人类的免疫系统密切相关。青春期长痘就是因为皮肤分泌物变化导致的皮肤表面菌群紊乱造成的感染。
病毒的话 ，人的基因组有超过一千个逆转录病毒的基因，即内源性的逆转录病毒。这是曾经感染人类或人类祖先的逆转录病毒寄生于人体中形成的，其中有一些还可能在特定的情况下控制细胞制造和释放病毒。而有一些则已经完全作用于人的生理功能了。
比较典型的有「合胞素蛋白」，形成这种蛋白的基因有几种，分别在不同的时代通过病毒感染并整合进人类基因组。这种蛋白和胎盘的形成有关，如果哺乳动物不表达这种基因，则胎儿无法存活到正常生产。
很可能最初的胎生哺乳动物就是由于被病毒感染而获得了这种基因，才能进行胎生。而早期的哺乳动物在向人类进化的过程中，又被其他的带有合胞素蛋白基因的病毒感染，新的合胞素基因代替了旧的基因。因此，人类能怀孕、生孩子，就和病毒有关。
病毒侵染法是基因工程中用来转入外源基因的一种手段，所以人类也是天然的「转基因物种」。
寄生虫的话 ，对人体有益的寄生虫还没有明确的研究，但一些寄生虫在影响寄主健康的同时对寄主有一定的好处的是有的。例如鲨鱼肠道中寄生的一种绦虫就被发现会大量富集重金属镉，这种寄生虫虽然靠在鲨鱼肠道中汲取食物营养来生存，但会替鲨鱼吸收掉食物中大部分的镉。
之前还有报道认为寄生虫会巩固人体的免疫能力，减少人体的免疫应激反应。有研究表明，在肠道寄生虫多发的国家，哮喘病的发病率会显著下降（哮喘病是免疫应激疾病，肠道寄生虫往往存在于较欠发达的国家，而这些国家哮喘病患者显著的少于对肠道寄生虫有充分免疫措施的发达国家），这二者之间可能存在一些联系。
之所以二者有关联，可能是因为肠道寄生虫和花粉等造成哮喘的过敏原会导致人体产生相同的抗体(lgE，主要在呼吸道和消化道黏膜固有层的浆细胞产生），可能较轻微的寄生虫长期刺激人体免疫系统从而习惯了花粉等产生的刺激。可反过来，较严重的肠道寄生虫则也会造成哮喘等疾病。
