题主你这个看番的方法不对。你老是想要补别人口中的神作这太功利了。比如你事先知道clannad史一部赚眼泪的番，然后你带着这样的目的去里面找感动点，这怎么能找到呢？我当时看clannad的时间网络还没那么发达，我是买的盗版光盘看的，我根本对这个系列，制作背景一点了解都没有，我在看之前是一张白纸。当时盗版译名叫做团子大家族，直接用的ED的译名。当时我就觉得这个OPED都挺好听，人物也不错，幻想世界也勾起了我的好奇心就看下去。我觉得这样才是看动画最好的状态。
我不大清楚你这个补的意思，因为日本动画体系繁杂，如果你想系统地了解欣赏整个日本动画体系，那我还是给你系统地列一个表。这个表不是通过横向对比来出最好的几部，而是考虑了作品制作的时代背景以及给后世带来的影响进行筛选出在当时条件下比较独到和有代表性的作品。你可以选择自己喜欢的系列去看。
先表明一点，我不推荐去补一些很商业化的作品。举个例子，柯南的剧场版。商业向作品目的就是尽可能地吸引人看，换句话说商业作品通常会饱含大家都喜欢的要素和套路。比如柯南的剧场版里，有动作，有悬疑，有推理，有情感，有明确的剧情结构和脉络走向。基本上不会有人说看了非常讨厌。但是商业作品的缺点也是相对明显的就是由于饱含了过多的要素和套路，这个作品难有新的，观众不能很快接受的东西，立意主旨也会模糊不清。很多东西浮于表面难以沉淀下来啊。想向吉卜力这样做叫座叫好而且本身也非常优秀的动画对整个制作组要求过高，而且时间周期也过长。
大量图片
----------------------------------------------
昭和台柱系列
【鲁邦三世】
火了快五十年的漫画了，出了无数部剧场版和OVA堪称经典。叙事上属于小故事拼接的，基本一集或者两集一个故事。也为日本动画培养了大批人才，比如宫崎骏。第二季就有他的参与，而起可以看出老宫挺喜欢不二子的。如果你看过宫崎骏早期的剧场版，【卡里奥斯特罗城】就是鲁邦三世的一个剧场版。今年出了一部新系列，值得一看。
【宇宙战舰大和号】；【高达】
这两部作品开启了日本动画的新时代，未来科幻以及宏大叙事的剧本手法。剧情结构简单易懂，而且前年还出了【宇宙战舰大和号2199】你可以当作原版的高清重制版来看，作为日本动画史上一大里程碑值得一看。大和号的各续作和高达一起撑起了80年代的日本动画。换句话说如果没有这两部作品，现在日本动画大概会完全不一样。
对于高达的话，正统UC系非常值得一看。时间顺序大概如下【机动战士Gundam 0079】开始，【Z Gundam】，【ZZ Gundam】，【0093夏亚的逆袭】这四部算是主线中的主线，可以大概称作夏亚阿姆罗时代，除了ZZ，每一部都有剧场版，Z高达的剧场版是新老结合别有风味，但是结局和原作有出入，加上删了夏亚演讲那一段我有一点怨念。除此之外，【0083】，【0080口袋中的战争】，【08MS小队】，【一年战争默示录】，【一年战争默示录】，【重力战线】等支线作品也非常值得一看，而且非常精彩。
（嗯，其实比起高达我更喜欢战舰）
早期冒险题材
【城市猎人】，【猫眼三姐妹】
两部都是北条司的漫画作品都改编成了动画。作为Jump上的先驱大师们的作品，值得一看。风格属于支线故事主线故事穿插交替，和鲁邦三世有点像，但是有了相对更为明显的主线故事，对后来作品影响深刻。
【秀逗魔导士】
不多说就放一张图
【罗德岛战记】
传统冒险类轻小说改编动画，经典RPG的先驱者和奠基者之一。这部动画是日式传统RPG一个缩影，象征了一个时代。
早期喜剧类
【逮捕令】【乌龙警察局】
王道漫画改编
【幽魂白书】
富坚老贼的成名作。典型的王道向漫画。作为三大民工漫的前辈值得一看。
【死亡笔记】
当年无比火热的智斗大戏，少年Jump里不多见的邪道漫画。至于第二季为什么这么垃圾这个锅原作者不背。关于一些背景，有兴趣可以看一看【暴漫王】，里面就演绎了这段过程，算是作者的自传性质的漫画。
【钢之炼金术师FA版】
荒川弘老师（我以前以为是个大叔结果是个大美女）所作，剧情结构精彩，人物刻画优秀。【银之匙】
也是荒川弘的作品，这部算我的个人推荐。作品本身非常不错，算是现实励志向的了。但是对整个动画届影响不算大，不补也是可以的。
架空题材
【银河英雄传说】
田中芳树的难得填完了的坑。不可磨灭的经典之作，人物推动时代，时代雕琢人物。
【阿斯兰战记】
这坑田中没填完，但是动画重置了，好看。
【星际牛仔】，【最终流放】
上面这两部动画可以对比着看。星际牛仔是以男主斯皮克视角描写世界，后者是纵览世界描写里面人物的关系，性感和成长。最终流放的世界观设定非常别致，里面的飞行器，战舰等的设计也非常用心。整个故事的叙述以及艺术处理非常不错，相信看了OP就有看下去的冲动。
【奇诺之旅】
讲述一个小姑娘骑着她的摩托旅行一路上发生的故事。探讨了大量人性和社会。每个不同的国家映射着各种不同的社会现状。
【十二国记】
这个绝对是经典中的经典，算是架空奇幻类的了，所以非常建议看一看。叙述了一个平庸女高中生落入异世界游历诸国的故事。题材是个大家喜闻乐见的穿越题材，但是内容区别却很大。女主中岛阳子在不停的冒险途中，不停地反省自己来让自己成长，同时也能引起读者的自我反省。（背景设定很中国风啊）
未来科幻+反乌托邦
【EVA】
EVA是日本动画的一大里程碑，不仅是他的叙事手法和故事内容。EVA所创造的明日香傲娇，绫波丽三无的这些刻板印象引领的全新的一个潮流，为接下来的日本动画打好了坚实的基础。它的历史地位不可动摇，但是同样不应该过度吹捧他的剧情有多「神」。这是个非常邯郸学步的事情
【夏娃的时间】
这个本来是网络放送的动画，后来改成了剧场版播了，基本就是个高清重置。世界观非常有趣，探讨未来智能机器人和人类共处下的社会关系。这题材很早就被电影用过，但是动画在我印象中是第一部。讲了一个非常好的故事，最后做了大量留白而起并没有套用人物刻板印象捏人物。应该算得上日本动画的一次创新突破的实验，可惜由于剧本难度大，效仿的不多，继续啃老本。
【我家也有外星人】
这部动画制作于01年。结构谈不上优秀，剧情谈不上独到的动画。但是整部动画看下来却给人一种非常特别的感受。和夏娃的时间有异曲同工只秒，但是剧情更诙谐，脑洞也更大。（歌很好听啊）
【香格里拉】
和未来水世界一样生不逢时，叫好不叫座。
【自新世界】
挺压抑的一部动画
治愈系
【水星领航员】
我映像中靠几个妹子卖萌就出了一季又一季番里的第一部。
ps如果一个人给你推荐aira和轻音，那么他是个治愈向动画爱好者。如果一个人给你推荐轻音却不提aira，那他一定是一个京吹。
人与自然（妖魔鬼怪）类
【虫师】
看一集就会喜欢上，停不下来的动画。银的大叔气也是迷倒不少姑娘。世界观设定也非常新颖，加上日式水墨的渲染画面也好看得不行动画里的BGM也非常出彩。两季动画op都难得得用了英文歌。
【夏目友人帐】
治愈系。很多人推荐此篇的时候，开头就是夏目好温柔，娘口三三好萌。我真是日了狗了。这片子的精华描写应该是人类和妖怪相遇离别所产生的各种茅盾和感人的故事。夏目只是一个主要叙事人和参与者，单纯为了这个人物去看这动画属于本末倒置，暴殄天物
【狼与香辛料】
萌狼这个题材和前面的【奇诺之旅】有相似的地方，但是花了大力气在罗伦斯和赫萝之间的爱情故事。在后宫漫横行的今天，作者支仓冻砂用了十七卷不离不弃就写了这一个女主，多么难得。
PS自从看了萌狼，我的电脑桌面，各种头像就再也没换过，一直用了八年。后来我还为此特地研究了好久花魁语。
意识流
【四叠半神话】，【绝望老师】
后者人气很高，但是前者更回味，有时间可以两部都补，作为一类体系至少看一部。
钉宫
【零之使魔】
钉宫作为一个时代的象征，钉宫三萌还是要补一部的。这部比较短，结构也比较简单，没时间就看这部，有时间就看【旋风管家】。【夏娜】第三季剧情稀烂，让人摸不着头脑，所以个人不推荐补。
棋牌（表人）类
【逆境无赖开司（也叫赌博默示录）】【斗牌传说】
福本申行发在麻将杂志上的连载漫画，画风咋看诡异但是习惯了意外带感。对人物心理刻画出神入化。
【棋魂】
发光的围棋，我就问你厉害不厉害。正经点说，作为Jump上的王道题材漫画，采用了双主角的形式展现了不同人在不同环境下各自不同的成长。剧情紧凑精彩，人物关系描写也比较细腻。而且在运用围棋为题材背景的条件下，本作还是非常值得补一补的。
光：我不喜欢下围棋
光：下围棋（裱人）真特么开心
【天才麻将少女】
同样作为麻将题材但是和斗牌传说完全不是一个风格。即使你完全不懂日麻甚至麻将，也能愉快地看这部作品。剧情设定想对俗套，但是看着还是很带感，主角自带各自各样挂的设定也很有趣。（然而厉害不厉害还是得看小林立的心情啦）
咲： 我不喜欢打麻将
咲： 打麻将（裱人）真特么开心
兄弟们，看到没，这都是套路啊兄弟们。这都是无数路人配角用血换来的教训啊。
三大同人
【海猫鸣泣之时】，【寒蝉鸣泣之时】
寒蝉有完整动画，可以一看到底。海猫如果你只看动画，那简直是个天坑。海猫寒蝉两部都是同人游戏改编动画，出自龙骑士07之手。两部的角色交相呼应，世界观也值得玩味和讨论。主体剧情都是悬（猎）疑（奇）类。如果想直接玩原作的话，玩海猫会比较好一点，毕竟有高清重置，原版画风简直惨不忍睹。
【FATE】系列简直就是近几年日本动画的缩影，固步自封，卖人物不卖剧情，把一个套路全部榨干，此种行径令人作恶。
百合系列
【轻声蜜语】，【圣母在上】，【青之花】
作为动画里一大类还是有必要看个一部两部的。而起少女间青涩，禁断的爱情也是棒棒哒。个人观感上青之花更好看一点。
动画的力量三部曲
【空之音】【闪光的夜袭】【世纪末超自然学院】
首推第三弹【世纪末超自然学院】剧情非常有意思。
江户及幕末题材
【刀语】
西尾维新轻小说改编的动画。比较特别的年番，一个月一集，一集四十分钟。画风莫名带感。
【浪客剑心】
无数人的回忆。
【江户盗贼团五叶】
萌豚系列
【天翔少女】
这部应该是小裤裤打飞机的前身，剧情像得不行，唯一失败点是穿着似乎不如下面那部那么勾起萌豚心中的涌动。
【强袭魔女】
嗯，小裤裤打飞机真开心
暴力类
【黑礁】
这部一定一定要补，日漫里为数不多的能用「暴力美」来形容的作品，而且依然没有丢掉日漫刻画人物关系和人物情感细腻的有点。非常值得看。（罗特贝尔极大加深了我的女仆情节）
【Hellsing】
（我怎么会告诉你们当时我去看这部动画是因为我听说出了个阿卡多女体化的OVA）
京都系
作为一个纯正京黑（曾经的京蜜）我还是把京都单独分了出来。京都动画自成一派，出了很多名作神作。比如题主提到的Clannad就是Key的游戏剧本，京都改的动画。
【热带雨林的爆笑生活】
恶搞中带着讽刺的名作。应该算得上吐槽+耍宝在动画里大量运用的先驱了。
【Clannad】
这个就不赘述了，很多细节非常厉害，值得回味很多遍。主要是歌和BGM都好听。
【日常】，【幸运星】
看了不后悔，一看停不下。
【凉宫春日系列】
红极一时的轻改
看完轻音第一季我还非常期待第二季，知道他出了第二季，然后又出了玉子市场。然后我就随着那张平泽脸成了一个京黑。
奇幻系
奇幻系有别于架空系，并不是创造一个全新的世界，而是在原有世界和社会上补充一些设定。并且以细腻的笔锋来描绘这个世界，以及这个世界中人物之间的关系。其中Clamp应该是非常有代表性的了。（有同志我说批评Clamp，我真没有呀）
【四月一日君寻】（【XXXholic】）【翼年代记】
这两部应该是完美展现Clamp世界，同时也塑造了一批非常有人气的角色。
青春系
说到青春群像，第一个闪过我脑子的就是冈妈。集合了爱情成长煽情青春烦恼的大杂汇。说白了就是动画届的偶像剧。比如被捧成神作的【未闻花名】。如果喜欢的话可以补一补，不喜欢的话也可以略过。（冈妈笔下的男主真是苦不堪言）
推荐补一部同样冈妈出品的漫画改编【放浪息子】
名作之壁系列
名作之壁因为一些作品人气销量极高，然而本身没有特别出彩的地方而被戏称名作之壁。其特点是大套路加小套路，通篇都是套路，并且大量地用刻板印象捏人物，剧情上卖巧抖机灵。可以看上几部感受感受套路。
【IS】【刀剑神域】【魔法少女小圆】
动画电影
动画电影绝大部份都值得一看。不论是画面水平，BGM还是剧本结构都不是TV动画能比的。希望能搜到的都看一看。下面列举几部。
漫画之神手冢治虫的反乌托邦题材名作【大都会】
今敏的【千年女优】
吉卜力全系列
押井守的【空中杀手】【攻壳机动队】
【苹果核战记】（原作和攻壳一个人）
细田守的【夏日大作战】
片山一郎的【古城荆棘王】
其他
【吊带袜天使】
美漫画风，日漫剧情，很独到。
【探索吧!部活】
新技术制作，未来发展方向。
【现视研】
这部作品最主要的目的就是告诉观众，你们也配姓「二次元」？
【欢迎加入NHK】
人在做，天在看。退二次，保平安！
特别推荐
【死后文】
【海月姬】
【女仆咖啡厅】
【今天的五年级二班】
【神剃】
【南家三姐妹】
【死亡代理】
【速影者】
【草莓棉花糖】
个人癖好
【少女爱上姐姐】
【青春草莓蛋糕】
【女生爱女生】
【公主公主】（作者藏王大志还画了一部外传叫【革命之日】建议你们看看）
【女装骑士】
上面这些纯属个人癖好强行推荐。至于题材是什么你们搜来看看就知道了。
最后，动画只是整个日本ACGN的一部分，反映的其实非常片面。很多优秀的AVG游戏难以动画化给大家看。很多优秀的R18游戏也有非常好的剧本和设定，比如【兰斯】系列，【战女神】系列。水平比这些个垃圾轻小说高出不知多少个【刀剑神域】。
