答案随时更新，请大家尽量看到最后。
写在前面：评论区欢迎评论，但是请不要无根据的就回复「我不认可」，既然本人举例说明日本的更胜一筹，那么请评论区不同意的也举例说明一下。而且，本人的答案是客观数据列举，主观的比如「我去旅游几天感觉并没有那么方便」这种评论请尽量避免。
就不以地铁规模来看，我还是觉得日本的电车系统更胜一筹。
我们先把世界级怪物东京先放在一边，来看一下大阪圈的路线。
现在的北京和上海地铁不仅是规模上只能给人提鞋，更是在很多方面落后于它。
1.列车编组短小，导致高峰期拥挤程度在视觉上和感受上更胜一筹
下面我们举几条地铁（电车）路线来说明。
北京地铁4号线（2009.9.28开通）6节B车
北京地铁5号线（2007.10.7开通）6节B车
上海地铁8号线（2007.12.29开通）6/7节C车
大阪地铁御堂筋线（1933.5.20开通）约为10节B车
大阪地铁堺筋线（1969.12.6开通）约为8节B车
看出什么问题了吗？这些线路均是穿越市中心繁华地段，但是北上的列车编组明显比少了一个数量级，按照国标定员，一辆B车定员240人，2辆就差了480人，现在中国大陆间隔最短的应该是北京地铁4号线，大约是一小时34班车左右，上下行就是68班车，68*480=32640人，这还只是8B和6B的区别。
由于可能会说找的线路可能偏向我自己的观点，那么我把数据全部放出来让大家看一下。
在东京地铁里，最高编组是10B+（一节车20m长2.8m宽），我们将8A约等于10B，可以看到北京只有一条16号线，上海只有1/2号线（未来的14号线）三条线路，而东京地铁13条线里，10B+的线路有半藏门线，千代田线，东西线，副都心线，有乐町线，都营新宿线6条，所以总体讲起来，北京和上海地铁在编组上仍然需要追赶东京。
如果我们把眼光放长远点，就能看到这种情况
注意这些线路可不能随便排除在「地铁」之外，横滨到东京只有28.8km还没花桥到曹杨路远，然而后者就可以心安理得地叫地铁就因为它名字是地铁？
言归正传，国标和惯例坑了不少有地铁的一二线城市。
关于这一段历史，可以看一下 @林和 的回答。
2.基建狂魔光挖不考虑未来，大量不应该入地的入地了，导致未来魔改困难
简单来说，就是地铁盲目地下化，而且不预留。
城区里面也就算了，可以理解没地方造高架铁路，一些荒郊野岭，除了农田就是荒地的地方也搞这一套？醒醒，有这点钱还不如地铁预留一下。
从上一条看来，中国地铁普遍编组过小（北京仅6/7/16为8A/8B，上海仅1/2号线为8A），我们还可以说还有机会改造，那么北上到底留了多少改造空间呢？答案是基本没有。在大阪只有御堂筋线还是手挖的年代，他们异想天开的准备预留12节，后来因为预算问题砍到8节，这在经济危机后的日本已经是了不得的举动，而我们的北上，地铁基本是在奥运世博前后开通的，在全国经济发展超出预期的21世纪初，居然还会出现地下束手束脚的局面，我是无法理解。
3.轨道交通种类单一，未分离各种乘客需求
首先是运行公司单一。在日本，有JR，有私铁，有地铁，这些都是运行「地铁」的公司，这些公司为了利益，会在各种感觉有利可图的地段铺设铁路，比如大阪-神户就有阪急JR阪神三家公司，品川-横滨就有JR和京急（东急是涩谷始发的）。这些线路在同一路段竞争会带来几个好处，比如票价降低，原来的JR品川-横滨是410日元，为了和京急竞争，特地实行了290日元的特例。小田急和京王多摩中心-新宿则在票价和运行速度上较劲。
其次就是列车运行单一。中国基本依靠的是全线站站停，导致路程远的乘客不得不浪费时间在无用停站上，路程近的乘客也因为没有速度分别而和路程远的乘客挤在一起。
我们来看看日本怎么做
越右边的旅速越快，远郊的坐快车可以节省时间，近郊的坐慢车可以不用和远郊的人挤，一举两得。
最后是座位单一，现在的商务客越来越多，他们不在乎票价，只在乎舒适程度，这样我们可以加入更加舒适的服务，收取更高的价格。这个时候可以有两种做法，一种是增挂商务座，比如JR东的Green车，深圳11号线的商务座。另外一个是开行付费特急，比如京成skyliner。
在不影响运力的情况下开通指定席列车或者加挂车厢，同时也可以给运营公司增加外快。
一次更新：
4.支付标准并没有统一，各地分割情况还是很严重
有一说一，中国的扫码乘坐地铁的确很方便，这是日本追不上的地方。但是以现在我所看到的情况来看，非现金乘坐地铁上，各地使用的app五花八门，下面举几个例子。
北京：易通行app
上海：大都会app
深圳：深圳地铁e出行/腾讯乘车码
广州：广州地铁app
北上广深各自拥有自己的扫码app，虽然可以直接绑定支付宝等乘车，但是仍有不便。而且因为app使用情况不一致，在知乎上我看到了不少失败经历。地铁不像超市，超市里面你碰上支付问题只是稍微耽误后面的速度，并无大碍，但是地铁，要求的是效率，耽误几秒就可能导致闸机后面大排长龙。
交通联合这个概念在国内也炒了很久，但是我还是看到了某些不便，比如申城通，上海地铁不可用，要想在北京用交通联合还要注意自己的卡是哪个城市的。使用效果还要看所在城市闸机，我见到好几个刷交通卡蛋疼的。
更何况铁总推出自己的中铁银通卡，使用效果堪比ETC（我以前文章里有介绍），完全跟市内交通割裂。
反观日本，2013年将大部分常用路线所用的交通卡实行互联互通，现在除了发行地区不同，基本就是没有障碍，从北海道到九州，只要有ic标志，你手里的suica pasmo或者icoca等就可以通用无阻。
以上是在运营方面的一些差距，下面是细节上的差距。
二次更新：
5.车站内的各种小细节
为了更直观表现一些细节，我来到了埼玉县所泽市的所泽站（也就是我家附近的车站了～）
迎面而来的就是标示牌上的四语，日本很多铁路公司现在都在推进四语标牌，方便游客使用。
接下来是售票机
很清楚的显示了票价数据
这里还有转乘票的价格，这样换乘不同公司的也可以只买一张票（虽然不是全部的转乘票价）。
（我也是纳闷为什么那么多人都在吐槽买票难，还有一个居然说售票机上没有路线图？转乘票价图都给了买一张票就行了，再搞不懂的一张suica走天下）
下来看进站口
双向闸机，效率大大提高，不用一堆人挤在一个闸机等着出站。上面挂着数个屏幕清晰地显示了最近的两班车，下一辆车的停靠站点，如果是慢车还显示接续站可以换乘什么种别的车。
所泽站有个好的地方就是地上用图画显示了每个方向的标志物有哪些。比如1号站台本川越方向画了个钟楼，那就是時の鐘，是这个被叫做小江户的小城最著名的标志性建筑物，2/3号站台画的高楼代表是去东京方向，4/5号站台西武秩父方向是爬山的好去处，这些都很简洁明了。
接下来具体介绍一下卫生间，这里的点字板照顾盲人乘客选择合适的卫生间，左下角的无障碍卫生间是照顾腿脚不便的残疾人如厕无障碍。
这是男厕内很普通的一个单间，可以看到垃圾桶，厕纸，马桶圈消毒液，紧急按钮，还有温水马桶圈一应俱全，这个配备甚至超过了某些路上的卫生间。
这个儿童专用的卫生间同时配备了更衣辅助板（应该是可以把脚搭在上面的一块板）还有婴儿换尿不湿的垫子，内部等我能拍摄了再进行介绍。
总之北上不要自大，要虚心学习，做得更加好。
