雜質如果被除盡，材料為了熱力學上的穩定，會自發形成缺陷。一方面是熵，一方面是原子的自發移動。現實中的固體材料，絕大部份是多晶體，不是按照單一晶格排列的單晶，而是圍繞多個晶核形成的多晶。我們從結晶的角度來看待缺陷/雜質的問題。
物質的形成，為什麽總是喜歡帶一點其他物質的雜質呢？我們用一種極限的思維來看，物質中即使沒有其他物質的雜質，體系內在材料生長的時候，也傾向於自發形成結構性的雜質，並在這個所謂的「雜質」上繼續生長。雜質的存在，減少了成核所需的表面能，在動力學上是物質生長所喜歡的，所以會從能量角度出發，物質傾向於帶一些雜質，如果這個雜質是一些特定的物質，例如聚乙烯之於酒石酸，就是一個叫做輔生結晶的機理，在工業生產中，有專門的產品叫做成核劑（它本質是一種雜質），用於誘導特定的晶形。
沒有「雜質（缺陷）」，晶體難以生長，物質難以形成。
就好比一個電路，我們把燈泡兩側連線一個電線，電子確實可以從燈泡中流過，但它更傾向於從短路的電線走過。同樣的，晶體在生長的時候，理論上可以從無缺陷的位置生長，但實際上只會在有缺陷的位置形成。
我們以高分子薄膜的球晶生長為例，晶體的出現在特定的位置，即使我們將它們熔融，仍然可能在同樣的位置首先結晶。這種所謂的成核位置，可能是一個雜質，也可能是結晶物質本身，但具有一定的鏈段取向，就好比，我們拉拉鏈的時候，會先把拉鏈排排好，就跟容易把拉鏈拉上去。即使是純凈物本身，也可能從構象的角度形成一個「雜質」。
所以，不是說物質裏的雜質不能去除，而是因為有雜質，才形成了這個物質。那麽，如果我們用重結晶方法提純物質的時候，雖然可能去除大部份的雜質，但少部份的雜質維持著重結晶的進行，不能用這種方式去除。更為直白的，我們可以透過在高分子薄膜上剮蹭，故意制造缺陷的方式來促進結晶。
使用超高溫，消除分子的所有構象，能否消除缺陷
也不能，高溫的時候，這種所謂的缺陷還多一些，而且常見物體也不能一直保持高溫。
有溫度，原子就不會乖乖不動，而是會透過振動，嘗試跳躍到臨近的位置。原子本身有一個熱震動頻率，加熱會增加這個頻率
\nu = \nu_0 e^{-\epsilon /kT}
原子的運動，可能導致空出一些位置，熱力學平衡狀態下，這種缺陷的數量是溫度的狀態函式。
高溫時，N個原子中的缺陷數量為n（適當數量缺陷的出現，使得混合熵增加）：
n= Ne^{- \omega //kT}
溫度越高，缺陷越多，那麽只要這個物質降溫，熱力學所要求的缺陷數量減少。材料因為淬冷，可能會將這些缺陷在內部保留下來，而形成一種高能狀態，為了降低能量，物質就會自己想辦法了。為了填補這些電洞，消除應力，材料可能發生一些畸變，就像是錯位一樣，我們一般稱之為位錯（dislocation）
晶體沿著突出的那個暴露的表面生長，一圈一圈的長上去（screw dislocation），類似於旋轉的金字塔。 [1] 而如果沒有這種位錯（或者認為這是個雜質吧），晶體的生長會變得非常慢，甚至會因為晶核漲落自發消失。
這個回答，一方面是，用重結晶的方法，為什麽不能除去某些雜質。另一方面，從熱力學角度解釋，少量缺陷的存在在熱力學上是有好處的。
參考
- ^https://www.science.org/doi/10.1126/science.abc4284
