這個太多了，先說10個，回頭再慢慢往上加。
我自己不會畫，所以圖片均來自網路。若有侵權請通知我刪除。
1. 山都
長得像人，赤身裸體，但是很怕生，見到人就會傻笑或者逃走。腳跟是反的，有四五丈高，喜歡待在陰暗的地方。是類似於山魈的一種妖怪。
現在被認為是一種 狒狒 。
就是長這個樣子的狒狒，大家覺得和【搜神記】裏面的山都像嗎？
2. 貘 [mò]
不是日本那個食夢貘，而是中國本土的貘，能吃掉銅鐵。（圖為日本的食夢貘）
現在被認為是 熊貓 。
【爾雅註】裏說除了吃銅鐵還吃竹骨，既然都吃竹骨了估計是熊貓沒差，不過吃銅鐵就有點……（感謝米戰指教，熊貓被稱為食鐵獸是因為食物缺少鐵質它們會下山找鐵，一般是抱住山民的鐵鍋舔鐵銹吃，被嚇跑的山民誤以為食鐵）
3. 伯奇
西周的尹吉甫娶了一個漂亮的後妻，後妻不喜歡前妻的兒子伯奇，就設計陷害他，又吹枕頭風，尹吉甫就把伯奇趕走，伯奇又悲又氣自殺了（也有說是被尹吉甫殺了）。後來尹吉甫後悔了，伯奇就變成鳥飛回尹吉甫身邊。尹吉甫就帶著這只鳥回了家，一箭把後妻射死了。
然而因為這個，伯奇也被人討厭，認為伯奇在誰家鳴叫，誰家就會死人。
此外，古代有並稱為「十二神」的妖怪，他們會為人類清除掉一些作惡的害蟲、厄運等等。雖然看似不錯，不過成員都是窮奇、強梁之類的惡妖。伯奇作為吞噬噩夢的妖怪也名列「十二神」中。不過與伯奇鳥應該不是同一個。
現在被認為是 伯勞鳥 。
伯勞會把沒吃完的小鳥啊小青蛙啊串在樹枝上，十分恐怖，因此也被稱為「屠夫鳥」。
4. 人魚
不是中國的鮫人，而是西洋的那種上半身美女，下半身是魚，趴在礁石上唱歌，引誘海員的那種。在中國應該與名叫「赤鱬[rú]」的妖怪比較類似。
我知道你們想看人魚，但我就是要放赤鱬的圖~不服咬我啊~
現在被認為是 儒艮 。
儒艮也叫海牛，也虧那些西方海員能把這玩意和美人魚搞混了……（好多人說儒艮和海牛不是一回事，儒艮屬於海牛目儒艮科，而海牛是海牛目海牛科，說儒艮也叫海牛感覺沒錯但似乎不太合適）
5. 蜾蠃 [guǒ luǒ]
只有雄性沒有雌性，會把螟蛉的幼子帶回巢穴，養著養著就變成了自己的後代。所以義子也被稱為「螟蛉之子」。
現在被認為是土蜂的一種，帶螟蛉回去只是為了給自己的後代當養分。（謝謝安離指正，應該屬於泥蜂科）
人稱細腰蜂，楚平王應該會喜歡這種蜂類。（謝謝王格非提醒，應該是楚靈王）
6. 鸮 [xiāo]
白天連泰山在面前都看不見，晚上卻視力驚人的怪鳥。古人認為它會把自己母親吃掉，所以是不孝之鳥。叫聲兇惡，會帶來不祥，被人們厭惡。
現在被認為是 貓頭鷹 。
沒錯海德薇就是一只雪鸮。
7. 豬婆龍
居住在長江裏，能掀起大波浪，把船掀翻的妖怪。據說明初時有豬婆龍興風作浪，大臣因為皇帝姓朱，和「豬」同音，不敢如實報告，就說是「大黿」在作怪，正好與「大元」同音，朱元璋才下令去收拾妖怪。
不過無錫黿頭渚那裏的豬婆龍可是好妖怪，據說人們在挖河道的時候，一邊硬如鋼鐵，無法開鑿；另一邊白天挖了晚上長好，搞得人們無計可施。最後是豬婆龍張渤頂著觸犯天條的危險幫人們拱開了「犢山門」。
沒記錯的話這位就是張渤以及他的本體豬婆龍。
現在被認為是 揚子鱷 。
別說，從這個角度看腦袋還真有點像豬。
8. 騶虞 [zōu yú]
日行千裏，白毛黑紋，尾長於身的妖怪。長著獅子的腦袋，老虎的身子。因為它只吃自然死亡的動物屍體的肉，因此是有名的仁獸。
現在被認為是 雪豹 。
9. 蟛蚏 [péng yuè]
漢初功臣彭越被殺害後做成肉醬，送到英布那裏。英布吃到一半才知道這是彭越的肉，就立刻吐到江裏。這些肉裏滿是彭越的怨氣，化成了名為蟛蚏的螃蟹。
這位就是梁王彭越。
現在被認為是 蟛蜞 [qí]。
據說這小螃蟹還挺好吃。
10. 犰狳 [qiú yú]
長得像老虎但卻是一張鳥嘴，一雙鷹眼，還有蛇尾巴。見到人就裝死。看到它就會有蝗害。
雖然找到了圖但是人家禁止轉載，我就不貼了，有興趣自己點連結看吧。
山海經—犰狳|塗鴉/潮流
現在被認為……呃……還叫 犰狳 。不過是很普通的動物了。
這是現實中的犰狳，小時候我一直以為犰狳就是穿山甲……
就先寫10個吧，這類被科學拽回生物界的妖怪一抓一大把。有人想看的話我回頭再加吧。
2015.6.29更新
答個這種沒什麽爭議的問題都能招來一堆反對，看來我這玻璃心遲早結束知乎。
在那之前，先給想繼續看的人更新5個。
11. 太歲
有時會用來作為兇神惡煞的代稱，比如西遊記裏的「賽太歲」就是此意。但實際上，太歲在中國古代是一種擁有上千只眼的肉塊類妖怪。太歲藏在地下，如果不小心把它挖出來的話就會遭到不幸。有說法是「太歲頭上動土」就來源於此。但是挖到它時迅速鞭打它上百下似乎可以轉運。當然也未必絕對，主要還是看自己的運勢旺不旺。
這是日本的妖怪家水木茂先生筆下的太歲。
現在被認為是肉靈芝。
我說的是這種真正的肉靈芝，可不是以前報道過的那玩意。（話說這種老梗還有人記得嗎？）
12. 余腹
吳王（一說越王）在江上吃魚，吃到一半飽了，就把剩下的魚肉扔進江裏。神奇的是這些魚肉又活過來了，不過有的只剩一半身體，有的身上還有魚絲。這些死而復活的怪魚被稱為「余腹」、「王余」
現在認為是比目魚
可能是因為比目魚看起來像被從中間剖開，吃了一半的樣子吧。
13. 狌狌 [xingxing]
長得像猴子，一雙白耳朵，喜歡喝酒，能知道過去未來之事，吃了它的肉就能讓人善於跑步。（一說吃了肉會有什麽功效大家應該就能猜到出自哪裏了）
現在被認為是猿猴的一種。
白耳朵簡直戳中萌點啊有沒有！！！比上面那個妖怪萌多了！！！（空靈颯補充，這個是滇金絲猴）
14. 簸箕龜
比浴盆還大的紅色烏龜，無頭無尾無足，像簸箕一樣扁。身上有數百張小嘴，會把獵物的血吸幹。
現在被認為是孔鰩
傳說中記載的那只可能是比較大的孔鰩。話說好歹叫人家簸箕魚啊，關烏龜什麽事！！！
15. 魔鬼魚
大家應該知道這個，以前西方海員在夜裏會看到巨大的，長著翅膀的，蝙蝠一般的魚從自己頭上掠過，有時還會落在船上把船砸沈。驚恐的海員認為那是地獄來的惡魔，稱其為魔鬼魚。
現在被認為是蝠鱝[fèn]
蝠鱝其實是蠻溫和的魚類，它把船砸沈不是故意的，只是玩脫了而已……
2015.6.30更新
睡前再更一批，然後完結了完結了~
16. 鹿蜀
白腦袋，紅尾巴，腦袋像馬，身上長著像老虎的條紋。把它的皮毛佩戴在身上可以家族興旺，子孫如雲。這東西在重視家族傳承的古代簡直是寶貝啊。
跟狌狌一個畫風，醜得要命。
現在被認為是㺢㹢狓。
要說像是真的挺像，描述也基本符合，但是……這動物只有非洲才有啊……【山海經】的謎團實在太多了。那個神秘的作者究竟是怎麽寫成【山海經】的？下一只也是非洲那邊的動物。
17. 當康
長得像豬但是有長長的牙齒，看到它就會大豐收。是好妖怪呢~
就用這種遊戲風格的圖湊合看吧。
現在被認為是疣豬。
是的，沒錯，你沒有想錯，就是【獅子王】裏的彭彭。
18. 四不像
【封神演義】裏姜子牙的坐騎，麟頭豸尾體如龍。因為普通戰馬會害怕四天王坐下的狴犴、狻猊、金錢豹、猙獰四只兇獸，所以姜子牙特意換了坐騎。
現在被認為是麋鹿。
也有人認為麋鹿和【封神演義】裏記載的姜子牙的坐騎差別太大，姜子牙的坐騎應該是一種類似於麒麟的名叫「四不相」怪獸。但是四不像就是麋鹿的說法太深入人心，因此後來的姜子牙形象都是騎著麋鹿。
19. 如麗
好了，我知道你想說「我艹如麗都算神話生物？！」，不過還真就算。【山海經】裏記載的如麗長得像鸮，青羽毛紅喙，能學人說話。
後來人們就發現原來還真有如麗這種動物啊。
現實裏的如麗跟神話裏的基本沒差別。（寫完才發現跟黃zhey的答案撞了，是他先寫的，我後寫的。不過我們找了同一張圖，也算心有靈犀）
20. 果然獸
長著一張狗臉的猴子，渾身白色，尾巴比身子還長。朝天鼻，皮毛白底黑紋路，柔細華澤。
現在被認為是川金絲猴。（評論區指出也有可能是黔金絲猴，不過果然獸是川金絲猴的別名……我再放一張黔金絲猴的圖，大家見仁見智吧）
↑川金絲猴
↓黔金絲猴
金絲猴大部份都是朝天鼻子。雖然現在是保護動物。但是當時……
肩邊班文集十余皮，可得一蓐，繁文麗好，細厚溫暖。你們感受下……
21. 耳鼠
長得像老鼠，有兔子頭和麋鹿的身體。可以用尾巴飛起來。
飛！起！來！
順便一提，吃了它可以百毒不侵。
現在被認為是鼯鼠。
話說原文是「菟首麋身」，但是這個「菟」有兩個意思，一個是兔子，一個是老虎……所以如果它是老虎腦袋呢……
不過一個字既有兔子的意思又有老虎的意思就已經很讓人糾結了吧？中文好難！
22. 兕 [sì]
青黑色，長得像牛，只有一只角。太上老君的坐騎就是一只兕。
現在被認為是犀牛。
亞洲大部份的犀牛都只有一只角，非洲那邊的犀牛有兩只角。還有的犀牛沒有角……哎搞不清了，文科生生物苦手。要是能用妖怪學代替生物學的話，嗯……我能當課代表~
就這樣啦，謝謝閱讀本答案~
再加一句，我既然寫在答案上，就基本都有出處。在評論區非說是主觀臆斷牽強附會的看得我都累了。你要是真像王格非或者安離那樣有理有據指出我的錯誤，我會發自真心謝謝指教。莫名其妙跑來說我這是臆斷，都太牽強之類又說不出個所以然的我只能說不愛看別看。如果有異議，請先去自己查一查它們之間的對應關系（話說妖怪和現實動物本來就不可能完全一樣吧），如果還有疑問或者對其中的一些妖怪感興趣歡迎私信或者在評論區和我討論。再有莫名其妙為了反對而反對的我是真沒精力回復解釋了。
