開個坑，雖然多半沒人看。
1.千手一族成功獲得村子支配權，然而死得只剩綱手一個，被打壓的宇智波一族反而人丁興旺，掛逼倍出。敢情還是躲在角落裏生孩子好啊。也有人說千手一族死於忍界大戰死於九尾來襲等等，但岸本沒說只能視作腦補。個人理解是，岸本創作初期壓根沒想那麽多（他說過自己一開始只考慮了前八話的劇情），最初他確實是把三代設定為最強火影（被自己神打臉），初代和二代的故事壓根沒想碰，連綱手的名字最初也是綱手姬（三忍原型出處【兒雷也豪傑物語】裏的名字），千手家族是後來強行增加的設定，出現bug也就在所難免。
貼一張曾經的千手家族的圖（二代好帥）。
2.既然是新增設定，那bug也不止這一個，例如千手家族的仙人體就讓我很費解，因為千手家族只有初代一人具有仙人體，這個仙人體家族也太名不副實了吧（二代要有仙人體就不會是以水遁宗師和禁術專家的名號著稱了，綱手親口承認過自己沒有仙人體），反觀隔壁的漩渦家族，個頂個的小強。如果光是名不副實也就算了，但這樣的家族是如何做到在戰國時代和宇智波家族分庭抗禮的…
3.六道倆兒子的設定是哥哥因陀羅才能優秀處處壓弟弟阿修羅一頭，阿修羅借助眾人的力量變得強大，他們的轉世也是一樣。不一樣啊岸本桑！！！從初次見面到終結谷全是初代壓斑爺一頭，初代是依靠自身能力強大的，借助他人力量強大的反而是斑爺。
4.綜上，因陀羅和阿修羅真正的設定是弟弟是個笨蛋加深櫃GAY，哥哥是外表高冷實則極度仰慕弟弟的倒貼GAY。好了，bug解除。
5.斑爺復活時是個年輕人…
6.缺一只眼用不出須佐的帶土和缺兩只眼還用得66的斑爺…有評論質疑說須佐是查克拉的具現化，所以開過的須佐的都能再用，但佐助在武士橋對卡卡西動手時有一段因為視力下降導致須佐消失的劇情，在漫畫484話/動畫435話。
7.同樣被更改了設定的還有再不斬，初期登場時被卡卡西說成死於自己野心的陰謀家。結果後來的設定是再不斬的造反物件是血霧之裏的首領，而六代水影長十郎視其為偶像，活脫脫一個霧隱英雄的形象。岸本又打自己臉。
8.再不斬逃離霧隱村時白還是個小孩，而之前的劇情卻說白在霧隱當過追忍，如果用天資聰穎勉強還能解釋，但為毛衣服居然還能合身…
9.第二部出現尾獸和人柱力的概念並把我愛羅強行拖入這個系統成為人柱力後，用第一部的劇情來看，不能自由借助尾獸力量，還要分出力量防止尾獸暴走的我愛羅堪稱最慘人柱力，難怪被抽走尾獸後我愛羅反而變強了，心疼…
10.鳴人這個預言之子名不副實，他就幹了兩件事，和尾獸和解以及安定忍界。和尾獸和解的事，奇拉比我愛羅一先一後也能辦得到，至於安定忍界…與其說是鳴太子功勞蓋世還不如說是長門那套知曉痛楚的哲學實作了…壯哉我真·預言之子長門！
11. 自來也教四代的時間問題，劇情裏自來也在妙木山一直修行到收到預言，收到後又馬上旅行到二戰爆發，二戰中又收養了彌彥等…所以，你到底是啥時候教的比彌彥年長的四代的啊…
12.豬鹿蝶三家的後人都是世代組隊，也就是說，三家的孩子都要同一年從忍者學校畢業。神奇的是，鹿久這一代居然做到了！鹿丸這一代也做到了！鹿代這一代還是做到了！逗我呢，你們是有保證能懷上的秘藥麽？我看你們還能再玩幾代。
13.三代火影最強火影這個設定被吐槽了無數次，我來幫岸本說兩句，如果去掉所有的仙術，禁術，秘術，血繼限界，血繼淘汰，血繼網羅的話，三代還真成最強火影了。不信？你讓初代不用木遁和仙術跟全盛時期的三代打一架試試。然而這並沒有什麽卵用。
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14.晚飯後又想到幾條，劇情裏說鳴人在忍者學校的畢業考試失敗了三次，然而他最後卻和同齡的佐助鹿丸等人參加了同一場畢業考試。難道九小強全部考了三次？或者鳴人天賦異稟，提前考了兩次？
15.此條在評論中被指正，不算了。
16.香磷的回憶中二柱在死亡森林的考試裏使用了獅子連彈輕松自如地擊倒了一只熊。然而第二場考試剛開始沒一會大蛇丸就襲擊第七班並且給二柱留下了咒印導致二柱不能正常使用查克拉，二柱在第三場選拔考試裏使用獅子連彈之後給身體造成極大負擔，讓二柱意識到這招不能常用。這算前後矛盾吧…有評論質疑說這段是動畫組原創劇情，實際上原作裏是有這段的在漫畫482話。
其實我挺心疼香磷這個角色的。
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11月10日更新
17.大蛇丸被佐助幹掉的訊息傳到曉組織時鬼鮫說大蛇丸脫離曉有十年了，其他人沒有表示反對。但鼬加入曉才八年，蛇叔還在曉組織裏襲擊過鼬。
18.四代作為完美好男人，最大的缺點不是偶爾犯傻以及給招式取一些又長又中二的名字，而是寫得一手爛字….
19.開掛最狠的絕對不是佐鳴兩個表主角，而是帶土這個暗線主角。12歲開萬花筒秒殺一群霧隱中忍上忍，同齡的鳴人二柱還在被小李狂虐。14歲無師自通幻術水平達到忍界巔峰，足以控制九尾襲擊木葉，還同時控制三尾及其人柱力，而16歲的二柱只能反彈虛弱狀態下蛇叔的幻術，對奇拉比使用幻術時還被八尾解除失敗了，即使是最後獲得六道之力的佐鳴二人，單挑也未必是成為十尾人柱力的帶土的對手。更可怕的是帶土開掛的不止是能力，連思想性格也一樣開掛了，處於中二期的年齡卻能冒充斑把年長自己五六歲已經成年而且閱歷豐富的長門騙得玩弄於股掌之中。所以，說卡卡西和他比是弱雞的別再苛責卡卡西了，不是卡卡西無能，而是實在鬥不過作者親兒子啊。
20.血繼限界在第二部引入查克拉內容的概念後被重新定義為兩種查克拉內容的混合，這樣可以解釋白的晶遁（風＋水），卻解釋不了宇智波的寫輪眼，輝夜一族的屍骨脈和左右近的連體，於是岸本加了條設定為一些身體變異也算血繼限界，典型的岸本式強行更改設定。這樣強行改設定的後果就是，本來等級高於血繼限界的血繼淘汰優勢卻並不明顯，甚至還有萬花筒寫輪眼這種比血繼淘汰還厲害得多的血繼限界，岸本你的鍋。
21.接下來幾條都是關於日向這個bug家族的。最初在中忍考試時岸本挖了寫輪眼出自白眼以及日向天忍的坑，結果在第二部的主題變成柱間和斑爺的宿命再變成六道倆兒子的輪回之後，日向家族這個對主題沒有鳥用的坑就被棄了，因為寫輪眼祖先直接就成了六道仙人，不是出自白眼。大概是心裏過意不去，岸本在最後又填上了這個坑，說輝夜有白眼，並且由次子羽村繼承。結果填坑填歪了，又說輪回眼和寫輪眼是輝夜吃神樹果實長出來的，也就是說，白眼和寫輪眼除了曾經長在同一個人身上，並沒有其他聯系...而日向天忍這個坑則是直接和寧次這個天忍轉世一起被拋棄了。
22.在挖出寫輪眼出自白眼這個歪坑後，岸本又多次讓劇中角色強調日向家族是木葉最古老的一族。但第二部的設定是，木葉村是由千手一族聯合宇智波一族的人建立的，而最先加入木葉的也是猿飛一族。即使從家族歷史來看，羽衣的兩支後人分別成了千手和宇智波，羽村的兩支後人是日向和依然保留大筒木姓氏的月球一族，日向應該和千手以及宇智波歷史相當，岸本設想的日向家族歷史長於宇智波家族的最初設定又被自己第二部加入的六道仙人一族推翻了。
23.岸本填坑填歪了之後又把日向一族從坑裏拖出來在劇場版【The Last】裏鞭了屍。劇中舍人將月球一族和日向一族的能力融合之後居然搞出了祖宗羽村和老祖宗輝夜都沒有的超級外掛——轉生眼...日向家族真是不按常理出牌的一族，難怪現在還誕生了博人和向日葵這兩個新生代掛逼。不過日向家族挺可憐的，寧次有句介紹是日向家族有史以來唯一的天才，結果還被岸本寫死了…
24.三代的回憶裏他在年少時就被初代和二代任命為了火影，而團藏死前的回憶卻是二代犧牲前選中了一心為了同伴的三代。這些如果是bug還好，要是三代的回憶屬實的話，那二代和三代真是倆影帝加心機婊。
25.岸本說自己一開始是打算把鼬寫成壞人的，但後來喜歡鼬的人太多，於是決定把他寫成好人，這樣一來bug又出現了...最典型的就是鼬在保護下佐助的同時又讓他去尋求力量，直接導致了佐助投奔大蛇丸，鼬對大蛇丸的目的不可能不清楚。大家都知道，如果不是幾位小強外加砂忍三姐弟拼死拖住音隱五人眾，二柱當時就被蛇叔奪走身體了。作為正常的哥哥最起碼也要在暗地裏出手拖一把時間，而鼬這個把弟弟看得比村子還重要的弟癌居然什麽都沒做，表示不能理解鼬的動機，不用說鼬早已料到小強們剛好能把時間拖到大蛇丸憋不住換身體為止，鼬不是上帝。
26.寧次講述宗家和分家的故事時，提到雲隱村來和木葉簽訂同盟的首領在擄走雛田時被日向日足擊殺，造成兩國間的外交緊張的事。雲隱村的首領理論上就應該是雷影了，然而當時岸本畫的角色無論是外貌還是事跡都無法和二三四代雷影對得上。也有地方說此人只是一個外交使者，為此我專門找來了原版日文漫畫，這裏的「忍頭」二字指代的應該是首領而非外交使者，又一個前後矛盾。
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11月12日更新
27.兵之書裏提到木葉村建立於當時劇情的六十年前，也就是綱手出生前十年，四戰爆發前六十四年。而木葉是忍界第一個忍者村，之後被紛紛模仿，然而設定書裏提到大野木和無作為巖隱村使者被斑爺暴打一頓是在四戰爆發的六十六年前，當時連木葉都沒有，更不用說巖隱，但斑爺和大野木清清楚楚地戴著木葉和巖隱的護額。按年齡大野木當時是13歲，但我不想吐槽這張臉...
28.木葉的名稱是斑爺取的，而火影則是柱間取的，這個稱號也同樣被其他四大國用了去。然而我們可以在大野木更年幼，也是在六十六年更之前的劇情裏看到巖隱村已經誕生並且使用了土影的稱號。
29.劇情裏斑爺在和柱間提出絕交之後便離開了木葉，但大野木二人被斑爺暴打時斑爺自稱代表木葉，並且戴著木葉的護額，而從語氣上看已經同柱間決裂，略矛盾。
30.忍者學校在第一部的設定書裏寫著是二代創立的，但在第二部裏卻說是初代的理念。如果按照第一部裏二代創立的劇情再結合第二部裏提到的二代是在初代死後繼位的設定，那麽初代在忍者學校創立之前就已經去世，而按照兵之書裏忍者學校創立於五十多年前的說法，綱手當時還沒有出生，但第二部裏柱間不但在生前就看到了綱手出生，甚至還知道綱手繼承了自己的好賭。
31.兵之書裏的前期設定和後期不相符的也不止這一處，例如經常得到別國委托的雨隱村。而我們知道，後來的設定是，從半藏時期開始，雨隱村就一直是個與世隔絕的地方。
32.獲得初代細胞的人都擁有著極為恐怖的查克拉量，例如各種大招隨便放打架幾百場不喊累的帶土，一手寫輪眼用來浪費的團藏（長門和卡卡西使用不是自身的瞳術時對查克拉和自己身體的損耗極大，唯獨團藏沒有這樣的副作用），還有復活後狂用須佐收服九大尾獸不帶喘氣的斑爺，只有大和是個例外，在陪鳴人修行和重建木葉時兩次出現查克拉枯竭的情況，完美遵從了正面角色不如反面角色時髦的熱血漫定律。
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11月15日更新
33.影分身之術的設定是將查克拉平均分給每個分身，因而寧次說過即使用白眼也無法看出哪個是本體，也導致這招對施術者風險太大而被定為禁術。如果以上描述為真，那麽影分身絕對是一個風險超高的的禁術。然而劇情裏經常是鳴人隨隨便便就分出幾十個影分身來，按照劇情裏常態鳴人查克拉量是卡卡西四倍的設定，如果分出四十個，那麽每個分身的查克拉量只是卡卡西的十分之一，理論上幾乎不足以用出任何厲害的招式，還會極大地削弱本體，按照鳴人那種一通亂揍的打法必然浪費大量查克拉，然而劇情裏這似乎對鳴人毫無影響...更可怕的是，波之國的劇情裏，卡卡西在和再不斬大戰之後居然還弄出了幾十上百個影分身，所以，告訴我這個術的風險在哪...
34.鳴人創造螺旋手裏劍之後被綱手列為S級禁術，並說越厲害的術風險也越大。而鳴人後來分別將仙術查克拉和尾獸查克拉融入螺旋手裏劍時，招式的威力大增，風險卻反而消失了。
35.關於蛋疼的結印問題...岸本前期說得好好的每個忍術都有對應的結印步驟，例如卡卡西和二柱每次用千鳥時都有結印，但這個設定後期經常莫名其妙地消失。有人說是岸本沒畫或者動作太快，然而武士橋之戰時，二柱用右手捏住左手手臂，左手掌心直接就出現了雷光，OMG這真是因為動作太快？大蛇兜在和佐鼬兄弟對決時，一瞬間用出了水遁大瀑布之術，而這個術上一次是在卡卡西和再不斬的對決裏出現的，那次可是結了幾十個印...
36.這也是由上一個bug引發的連鎖效應，武士首領三船號稱忍術對其無效，因為他的出招速度極快，可以在對方結印完成之前進行打斷。然而對於這麽一幫結印完全不需要時間，甚至不結印的外星忍者，你確定能打斷？
37.六道多次被提及時都被描述為創造了所有忍術的人，但是火影裏又有各種「XXX的獨創忍術」的台詞，例如卡卡西的雷切，二代的穢土轉生等等。當然也有一個可能是六代確實創造了所有的忍術，但後人沒有繼承完全，於是又有人獨立發明了這些招式，例如寧次自創的和日向家的宗家絕學一模一樣的回天和八卦六十四掌。然而即使是這樣也依然槽點滿滿啊，我實在無法想象使用色誘之術的六道老爺子...
38.每個人只能和一種型別的動物簽訂契約進行通靈（畜生道可以不訂契約來召喚，屬於特殊個體），這是劇情裏提過的，佐助在萬蛇死後和鷹簽訂了契約，並在和團藏對決時用過。在這場連續對戰裏佐助的眼睛瞎掉了，之後接受了移植鼬的眼睛，移植完成後立刻卷入了四戰。但是再之後的新三足鼎立的劇情裏，佐助的通靈獸赫然變回了青蛇。
39.六道仙人的兩支後人分別繼承了陰遁和陽遁的查克拉，但是因陀羅的後人裏斑和鼬有陽遁查克拉，阿修羅的後人裏，二代有陰遁查克拉，玖辛奈甚至只有陰遁查克拉，沒有陽遁查克拉。
40.小李在【臨之書】和【兵之書】裏忍術能力都是一格，然而在記錄修行三年後實力的【者之書】居然變成了零，不帶這麽欺負人的。
41.後期外掛能力膨脹太嚴重，造成了實力體系一定程度的崩壞現象，例如許多人都覺得疾風傳的寧次從第一部的天才變得泯然眾人了。實際上我們梳理一下寧次的人生履歷會發現他後期的表現依然擔得起「日向家族有史以來唯一的天才」的名號：
12歲以第一名的成績於忍者學校畢業
13歲自創八卦掌回天，八卦六十四掌，成為木葉最強下忍
14歲對戰音隱五人眾中的鬼童丸，同行者中唯一沒有開掛，沒有超水平發揮，且在環境對自己不利的情況下以玉石俱焚的方式擊殺狀態二的對方（從不開掛，天才中的業界良心）
16歲學會八卦空掌（可能是15歲學會的），指揮營救人柱力，跳級成為上忍（營救人柱力為動畫原創，可以無視，跳級成為上忍為原作設定，同樣在和平年代成為上忍的夕日紅晉級時已經28歲）
17歲對戰鬼鮫水分身，找出水牢之術弱點並且成功擊破水分身營救兩名隊友（卡卡西第一部被困在水牢中時束手無策）
18歲戰死
由此可見，寧次戰死時至少應該和上忍中的夕日紅一個水平甚至更厲害，正常情況下最終可以成長到的地步起碼是不開死門的阿凱和單神威的卡卡西那個水準，有可能更強（但無論怎麽努力應該都達不到雙神威的卡卡西的實力）。就連這麽一個角色都讓大家覺得泯然眾人，可以看出後期實力膨脹的程度已經把佐鳴放到了一個吊打忍界的地步，以致於岸本自己都放棄了采用多年的用能力總和判別強弱的體系。
42.日向家族的宗家分家劃分方式十分詭異，例如族長日足的弟弟日差是分家，而這位醬油反而是宗家的。
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11月20日更新
43.都寫到這裏了與其說是找bug不如說是挑刺了，但刺還是要繼續挑下去的。岸本有一個創作矛盾是他前期在訪談裏說過，證明努力比天才重要是他這部作品要表達的一個主題，然而後期發現厲害的人不是血統好有外掛就是有一個頂牛掰的師傅，否則根本出不了頭。唯一一個例外是阿凱，雖然木葉的老師們個個平易近人，但其實出身都不普通，帝室貴胄阿斯瑪，精英之後夕日紅，掛逼二代外加基友贈眼卡卡西，都屬於精英家庭，只有阿凱算是純屌絲一個。於是阿凱開八門那段劇情算是後期一個激動人心的熱血時刻，然而不是預言之子的他還是註定打不過斑爺。鳴人打敗寧次時說自己要改變命運，但最後的結局其實是走在了自己預言之子的宿命之路上。也許是岸本真的變悲觀了，背離了一開始的創作目標。
44.後期無處不在的各種魔幻劇情，前面講解查克拉，八門遁甲，創造再生和螺旋手裏劍等時還會插入各種岸本自創的偽科學講解，卡卡西和二柱移植眼睛也需要醫療條件支持。然而後期斑爺連連表演奪眼絕技，每次都是即安即用，六道給兒子們托夢還能回血送外掛，後面帶土還能結合兩者所長直接托夢送眼睛，卡卡西也由此成為了寫輪眼萬能usb，之前還要花時間才能掌握使用方式，最後現場開須佐還能秀操作調戲boss輝夜，難怪二柱說自己死後要把眼睛給卡卡西。
45.曉組織要捕捉我愛羅居然只派了兩個人行動，這也對他們倆太有自信了。更奇怪的是我愛羅居然孤身對敵，如此看輕自己的生命，不像村長倒像村長保鏢。
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3月14日更新
46.大家都知道長門的輪回眼不是原裝的，而是斑爺送的，然而長門被穢土後居然有輪回眼...
47.血霧之裏存在的時間也很難定位。原作裏初代水影時霧隱村還是開放的國家，二代水影重視人才，也不像讓孩子自相殘殺的人，那麽按理說血霧之裏的政策應該是從三代水影開始，一直持續到帶土操控四代水影的事跡敗露。然而後期漫畫裏四代水影展露出的性格完全不像是會幹這事的人...那假設血霧之裏和三四代水影無關，而是帶土為了報復霧隱村幹的。但前期劇情裏說了再不斬在血霧之裏的忍者畢業考試裏殺了所有考生，而同齡的帶土控制四代水影時再不斬怎麽可能還沒畢業...另外，從琳被殺到被四代水影被控制之間只有短短兩三年時間，矢倉居然就成為了完美人柱力，估計岸本也沒細想這個問題，深入挖掘的話，也許矢倉是火影裏最有天賦的人柱力？
看到這裏大家應該已經發現了，火影的bug大多出現在一二部設定結合或者第二部裏六道仙人出現後尤其是斑爺登場後，單獨的第一部和單獨的六道出現前的第二部的bug是很少的。這可以從一定程度上解釋為什麽許多從第一部看過來的人覺得火影變了，這不是心理作用，而是火影確實變了，從主題到設定都變了。而很多人覺得佩恩是刻畫得最好的一個boss，這是因為從他死後開始，帶土，斑爺，輝夜等人輪番如同俄羅斯套娃般的登場形式註定了這部作品接下來會不斷出現bug，同時讓人產生了各種審美疲勞，最後不得不匆匆完結。岸本和火影給所有作者們的一個啟示就是，故事的一開始不要急著設定太多的東西，除非你已經決定好了整部作品的發展（岸本明顯就沒有），否則你在後期很容易忍不住打破自己前期的設定，從而造成各種各樣的矛盾，而一旦設定好了之後就不要再輕易打破了，盡量做到有始有終。從這個角度來看，當初岸本成名太快太早，導致火影還是一部不成熟的作品，他也是一位不夠成熟的作者。希望岸本在經歷了火影這個高峰之後，將來能有更好更成熟的作品問世。
剩下的想到再更。
補充說明一點：因為題主問的是重大或有趣的bug，在回答有趣的那部份時不可避免的也有吐槽成.分在裏面，題主和大家看得開心就好。.
