心理是腦的機能，心理問題的根源自然是腦出問題了。
當然出問題分為兩種情況，一種是硬體層面的破壞與改變，比如很有名的蓋奇事故。
一搜百度可以看到很多血腥的圖片，為了照顧大家的感受，我這邊就不放了，而這些人大多都會性情大變。
還有一些神經疾病，也會導致很多心理疾病。
當然這些說的是心理疾病，題目問的是心理問題，我個人覺得這主要是軟體層面出問題了。
我們都知道，組成大腦的是一個個神經，很多先天性的東西是無法改變的，比如神經傳導物質的傳輸速度、傳輸效率等決定了你的氣質型別（心理學名詞），但也有很多是可以改變的，主要是改變突觸的連結。
突觸具有可塑性 ，刺激會導致新的突出連結生成。
人總是有 路徑依賴 的，一旦面對刺激，個人做出了一個選擇，如果沒有及時糾正，那麽在之後的日子裏，面對相似的刺激，便會傾向於相似的選擇與反映。
舉個例子，我在幼稚園的時候中午在學校吃飯，那裏的米飯混雜了很多的石子，導致我現在吃東西，一旦吃到骨頭、大塊調料之類的類似於石子的刺激便會產生反胃的感覺。
人一旦這次選擇了逃避，下次依然會傾向於逃避。即使有心想要改變，因為沒有那種突觸連線，大腦會因為陌生感而本能的感到失控、恐慌、緊張。這種情況下，很容易便陷入糾結、沖突的境地。
而小孩子更容易產生新的突觸連結，而成人想要改變就不只是產生新的就可以了，因為之前已經有了類似的連結，所以必須先改變原有的，而這個過程，顯然並不怎麽容易。
當然依然還是可以改變的，只是需要時間，需要決心。
馬爾茨在工作中觀察發現，經歷了整形手術的人通常需要 21 天來適應他們的新面貌；而截肢病人出現的 「幻肢」 體驗往往也需要 21 天才能消退；同樣的，搬新家後，大約經過21天，住戶才會有「家「的感覺。這就是很有名的21天規律養成理論，21天不一定準確，但也可以給我們一個參考。
所以，我認為 心理問題的根源在於建立了錯誤的突觸連結 ，當然實際過程很復雜，不會像上面說的那麽簡單，大家理解意思就行。
一家之言，姑且聽之。
之前也寫過一篇回答，大家有興趣可以看一看。
