員工的體檢費分為兩種情況：1.勞保性質的，如職業病防治和崗位的特殊要求等；2.福利性質。
1.勞保性質的
如因職業病防治和崗位的特殊要求等具有強制性要求的，發生的體檢費屬於勞動保護費，可以全額稅前扣除。
2.福利性質的
福利性質的體檢費，屬於非貨幣性福利，以「職工福利費支出」進行稅前扣除，與其他福利費一起受14%的比例限制。
3.體檢費是否繳納個人所得稅？
（1）勞保性質的體檢費，肯定是不需要繳納個人所得稅；
（2）福利性質的體檢費，按照總局解釋人人享有且不可量化的可以暫不征收個人所得稅。因此，實務中有的地方沒有征收，有的地方有征收，主要是對「不可量化」的理解與執法口徑的寬嚴程度不一致導致。
如果是以「體檢費」的名義給員工發補貼的，則需要按照「薪資薪金所得」扣繳個人所得稅，且應以「薪資薪金支出」進行稅前扣除。
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