雖然說你的這個說法並不完全精確，但是中國絕大多數大型鐵路樞紐，都是符合這個特征的。
先說結論：這是根據火車站客流需求、建設成本綜合考慮下，目前比較完善的建設思路。這種建設思路存在一些問題，但已經能解決絕大部份設計需求，盡可能給旅客最佳體驗了。
下面就是火車站每個部份的設計考慮：
1、鐵路線和月台
首先，既然是火車站，最重要的就是鐵路線。這也是我一開始指出「提問不完全準確」的原因。
鐵路線和月台是可以設定在地面、地底、地上的。以南京南站為例，鐵路線就是設定在高架橋上，也就是所有的月台，都在2樓。而香港西九龍站，所有月台都在地底下。
但是即使有這些特例，鐵路線和月台設定在地面仍然是絕大多數巨型火車站的最佳選擇。
如果有傳統鐵路透過的車站，由於早年間的路線本身就是在地面上的，改造車站的時候，一般就不改變老線的位置，而是在原址改造了。而新加入的路線，也就自然而然的設計和老路線在同一平面上了。典型案例：杭州東站、北京南站。
如果是新修的車站，確實有可能考慮月台放在二樓。但是由於成本等綜合考慮，車站的月台大機率還是會設在地面層，因為建設成本最低。當然，即使是月台、站線在2樓，實際上也只是相當於把車站整體全部擡高了1層，上進下出的整體邏輯還是一樣的。
而一些小車站，就不需要考慮這麽多，更多的可能是考慮路線本身的高度。當然，小車站不在本題討論範圍內。
所以，至少目前確定了，月台、鐵路線，一般都設在地面層。
2、地鐵在哪層？
地鐵，一般設定在地下。因為中國絕大多數地鐵線，都在地下。
這個結論不是胡謅的。如圖，即使是上海這樣很喜愛建造地上地鐵的城市，市區的絕大多數地鐵線也都是在地下的。圖中深藍色部份為地上段，偏灰的藍色是地下段。顯而易見的是，中間市中心一大片全是地下路線，市中心範圍內僅有3號線是在地上的。
當然，地鐵在火車站還有一種方式，也就是和鐵路在同一層。典型例子有：清河（北京）、深圳北、上海（新客站）。但是這種情況下，地鐵線必須與鐵路線平行（否則在同一層垂直的話，就撞車了）。
幾乎不存在第三種可能。因為火車站附近，交通十分復雜，在任何非地下的一層建設地鐵，都會造成對周邊地區的分割。而鐵路已經在1層分割了城市。如果在另一層，再次用地鐵分割城市，基本上這片地區的交通是徹底癱瘓了。
所以，基本上確定了，地鐵只能在：1、地底下；2、和國鐵同一層且平行布局。
3、是否可以使用線上路一側的候車室？
這也是可以的，但是缺點也很明顯——占地面積太大，客流組織太麻煩。
針對巨型的火車站來說，站房候車室設線上路月台的一側或兩側，是非常麻煩且浪費的。
首先是站房，要擠的下這麽多人同時候車，首先至少面積就不會小。如果站房放在鐵路線和月台的上方（甚至下方），就可以不需要額外的土地去建設這樣巨型的候車大樓。
側式站房不是沒想過，而是針對巨型車站來說，在使用過程中發現了問題，最終被淘汰了。
徐州東站就是一個典型案例。徐州東站原本是一個線側站房，站房面積考慮到種種原因，規模就非常小。西側紅色區域，就是老徐州東站的規模。可以發現，如果擴建站房，就會需要更大的土地，而如果減小站房，就會非常擁擠。徐州東站被戲稱為「爆棚東」。而且，所以旅客（一般除1月台外）都需要透過同一個天橋進入月台，高峰期擠到一起、走錯，都是常有的事。
後來徐州東站擴建，也可以增加天橋長度，不增加站房。但這恐怖的客流，狹小的站房實在是承受不住，所以，在擴建時，不得不增加了東側的高架候車室。現在的徐州東，擁擠程度總算比當時是好多了。（也就是藍色框框內，是新建區域）
所以，大型鐵路樞紐，至少目前論證了：線側候車室一定不是最佳選擇。最佳選擇可能是高架候車室，也可能是在月台的下方，這個還需要繼續論證。
4、進出站是否能在同一層？
理論上也可以，但也不適合。
首先我們知道，候車室面積是很大的。其次，到達層的面積也不小。這些面積都是有效的面積，幾乎不存在浪費。最簡單的判斷方法就是：這些地方一般都人滿為患。
設想一下，進出站在同一層會怎麽樣？
以南京南站為例，候車室的寬度（平行於鐵路線方向），大概達到了200公尺。而月台長度大約450公尺。
也就是說，即使把南京南站月台地下全部掏空了，也就只能掏出「450公尺×300公尺的空間」。候車室現在需要至少「200公尺×300公尺」，到達層也需要「200公尺×300公尺」，汽車接送客還需要「50公尺×300公尺」，剩下的出租車通道（一般都是在到達層）、網約車、停車場，交通設施還需要空間。也就是把整個南京南站月台地下全部用盡了，也只能很極限的把所有這些設施都放到地下同一層。而且，出發層的商業，往往放在3樓的夾層（比出發層高一層的地方），現在這個夾層也有一起塞到同一層了，所需空間更大了。
所以，出發到達設計為不同的兩層，顯然是更方便的。
當然，也有特例：深圳北（上進上出）、佛山西（下進下出）。
截至目前，我們確定了：鐵路出發和到達，最好設計為兩個不同的層，且最好分布在鐵路月台的上方或下方。
5、出發和到達，誰上誰下？或能否都在地上？能否都在地下？
都在地上，是可以的。比如鐵路線在1層，到達層是2層，出發層在3層。但是有一個小缺陷——地鐵和誰銜接？之前論證過，絕大多數情況，地鐵都是在地底下的。那麽如果這樣設計，無論是出發還是到達，去地鐵都有很長的步行距離，且由於地鐵站的存在，鐵路底下還是需要挖的，不是不用挖。
都在地下呢？也就是鐵路月台在1樓，到達層和出發層分別在-1和-2樓。可以的，但成本實在是太高了。挖這麽大的空間，成本是非常高的，而且並沒有特別的好處，得不償失。
能不能出發層在地下，到達層在地上？不行。還是成本和地鐵的問題。
首先是，出發層還需要很多商業，出發層的大小實際上是大於到達層的，所以出發層放樓上，可以減少開挖體積，成本少了。
其次，到達層一般是自由行走的，而出發層只能有票才能進（少數虹橋等站除外）。如果地鐵在出發層正下方，那麽到達的旅客，需要透過出發層進入地鐵站，還需要進行一次安檢或者實名制認證，這就變得很麻煩。
而到達層是自由行走的，無論是下地鐵去國鐵出發，還是只坐地鐵然後出站，或者是從站外步行想坐地鐵，都能允許在到達層隨意行走，然後進入地鐵。
所以，一般采用上進下出的策略。
最後，有沒有解決地鐵站去出發層太遠的辦法？
有的。杭州西站就提供了一個完全嶄新的思路。
一般車站的旅客，需要：下地鐵——去到達層——走到車站的一側——上電梯——從候車室一側進站——找檢票口。
這是因為，從地下到地上，需要經過1樓的鐵路層，必須繞開鐵路線才能上樓。比如杭州東，一樓是鐵路線，想從地下上地面，只能從東邊或者西邊走。
而杭州西站，把鐵路線從中間「扒開」，留了一個上樓的電梯。旅客不需要從兩側上樓，而是下地鐵後，直接從中間上樓前往出發層。
