谢邀。这是个漫长的故事。要说里皮和巴乔的矛盾，不能不从巴乔那辉煌的十年说起。那十年也是他和教练、队友矛盾不断的十年。
先总结一下：巴乔有才华，在他呼风唤雨的年代，球队需要他——无论俱乐部和国家队都需要他。性格上，客观地说，巴乔属于「内敛而独善其身」的类型，其实难听一点，就是恃才自傲。这一点，注定了他和教练、队友的矛盾。
当时巴乔基本上在意大利民众之中呼声极高，之于马拉多纳在阿根廷，这是很让教练挠头的事情。教练的排兵布阵需要被尊重，被执行；挑选怎样的球员是教练个人的自由。但巴乔这样的球员，割爱等于砍头，「盲目信任」又带有极大风险。所以教练不喜欢巴乔是情理之中。
国家队方面，1990年以后萨基主政，他把AC米兰的防线和中场搬到国家队，但前锋他没辙，马萨罗之流的才华没法在国际大赛当中主宰形势，他偏爱巴乔是战术需要，也是迫不得已。没想到巴乔影响国家队，一而再再而三长达十年。
@易吟
老师提到了1994年世界杯，当时小组赛对挪威，帕柳卡禁区外手球兼阻挡挪威已经形成单刀的队员8号莱昂哈德森，直接被红牌罚下，萨基只能把替补门将马切吉亚尼换上，这时他换下的是巴乔。
有一个版本是：巴乔被换下的时候嘟囔「肯定是搞错了，竟然把马拉多纳换下」，没想到萨基老爹的回复是「我没搞错」。（这两人不是当场对喷，只不过现场队友、助理教练等等人都听到了，后来采访问这个得到这句，问那个得到那句，于是就出了这个版本）
当时巴乔状态的确不好，对阵爱尔兰表现平平，而且大腿状况一直堪忧，萨基换下他很明智。当场比赛是 迪诺·巴乔 头球致胜，要不然意大利等不到罗伯特·巴乔恢复神勇拯救万民的那一天。（多嘴说一句，八强对西班牙也是 迪诺·巴乔 首开纪录）
至于1992年和1996年欧洲杯巴乔没有参加，一个是巴乔状态不好，伤病原因，另一个是1992年萨基还在搞前场试验田，1996年他和巴乔的矛盾算是半公开化，加上意大利队的更衣室长期是米兰系坐大，对于巴乔的不爽，到处都是风闻的小道消息，但说是虚假新闻也不尽然。
1998年巴乔和老马尔蒂尼的矛盾其实当时人人都懂。老马尔蒂尼出于队伍年轻化和自己的战术用人考虑，只想带皮耶罗，就这么简单。只是冒天下之大不韪不带巴乔，会死得很惨，于是他和巴乔打赌，「你成为意甲本土最佳射手我就带上你」。
结果巴乔剃个大平头，400万美元从米兰贱卖到博洛尼亚（当时有记者采访巴乔问「你屈身小球会，要是老马尔蒂尼不关注你怎么办」，巴乔不爽之下回应记者「要打赌吗」），当赛季「个人血洗」联赛大小队伍，以22个球成为当赛季意大利本土射手，老马尔蒂尼没辙了，又不能当众食言。
法国世界杯不多说了，前三场皮耶罗伤没好，于是巴乔首发，三场比赛两传两射。十六强皮耶罗伤愈，老马尔蒂尼毫不犹豫地让他首发想要证明「他比巴乔强，你们看我目光如炬吧」，结果目光如炬的是意大利的老百姓。
直到法国八强淘汰意大利之后，老马尔蒂尼和他偏爱皮耶罗的做法被意大利民众骂个狗血喷头，意大利足球界很多人出于尊重和马尔蒂尼父子世袭的地位，并没有将不满公开化，但当时很多元老在私下里的确表达了对老马尔蒂尼固执己见的看法。
扛不住压力的老马尔蒂尼辞职了。其他自己也知道，不用巴乔就是这样的结果——巴乔在场上，赢了是巴乔的功劳；巴乔不在场上，输了全是教练的过错。当时没网络，电视台报纸杂志头版都是巴乔的时候，没有几个教练能扛住这样的压力。
随着巴乔年龄偏大，之后的大赛，他再也没有进过国家队，直到退役。从1990年到2000年这十年，巴乔在国家队就是个烫手山芋。
@刘震林
老师说过， 巴乔虽然私生活没有负面新闻，但他的确不会处理公众关系。如果他在尤文肯暂时接受替补命运，和皮耶罗未必不能共存。 这一点非常对。
他和很多队友都很合得来，这是建立在对他没有位置威胁的基础上，事实上前场也没人能威胁到他的位置，除了他自己状态不好或者受伤。但是他功高震主，震的不仅仅是教练，还有那一大批防守球员。每逢国家队名单公布，「带不带巴乔」是第一话题，然后是「其他」，没人愿意被认为是「其他」。
两届世界杯当中，有一个人在更衣室很重要，就是阿尔贝蒂尼。他在米兰属于说不上话，国家队是乖孩子，但缺他也玩不转的球员，而且他在场上的思路和巴乔非常合拍，助推了巴乔的地位。
俱乐部的问题，上面也说到过一些。但国家队的矛盾没有俱乐部那么明显。俱乐部主教练是权威，球员都是棋子，主教练除非真的成绩不好导致下课，否则用谁不用谁他说了算。这种局面下，一个天赋异禀的民意宠儿必然是教练的肉中刺。
里皮在1993-1994年赛季率领那不勒斯获得联盟杯参赛资格之后，入主尤文。随着皮耶罗冒尖，巴乔逐渐被取代，尤文的阵容也进入年轻化的进程，这是很合莫吉的脾胃。里皮第一个拿下的是最大牌的巴乔，其余人更没资格说话。其实当时第一个冒刺的是维亚利，不过他最终认怂了。拿到联赛和欧冠双冠王之后他对里皮感恩戴德。
然后巴乔去了AC米兰，挠头的是卡佩罗——巴乔根本就不是他战术当中的那一块，队里除了巴雷西和马尔蒂尼这些老江湖，还有一个镇队之宝，那就是红星大胡子萨维切维奇（去了米兰以后他刮得很干净，嗯）。贝卢斯科尼可不管，买来「国宝巴乔」之外，还有维阿和「葡萄牙马拉多纳」保罗·富特雷。
巴乔去米兰之后没话语权——必然的，1994-1995赛季一个头球把米兰王朝顶塌了，国家队米兰帮又看他各种不顺眼。好在1995-1996年的米兰实在运气好，爷爷辈球员没足够老，富特雷在米兰纯养伤（后来米兰成了养老院），萨维切维奇一直低迷，不过维阿砍瓜切菜，巴乔好歹出场28次，并保持了高水准，联赛冠军到手之后，和卡佩罗的矛盾也就没人去提了。
最后一轮主场对佛罗伦萨，有一个细节能说明为什么其他人对巴乔会有不满。当时是规定球员脱衣庆祝被罚黄牌的第一个赛季，巴乔罚进点球之后到角旗区脱衣庆祝，裁判无语；而西蒙尼打入第三球之后也到角旗区脱衣庆祝，裁判掏牌。西蒙尼自己都一脸苦笑。
1996-1997赛季，卡佩罗走了，请来了塔巴雷斯，后来是萨基救火。米兰队伍急需年轻化，但当时塔巴雷斯急切间动不了米兰帮，萨基来了以后巴乔干脆开始替补。结果巴乔替补的比赛里，米兰又输多赢少，结果民意又开始倾向于巴乔。直到尤文图斯的维耶里和皮耶罗（此时还没有因扎吉，感谢
@仲尼佩尔蒂
指正）等青年军将米兰6:1屠杀，所有人才明白米兰真的是老了，该动大手术，教练和巴乔都只是其次。
巴乔去了博洛尼亚之后，当值教头乌利维耶里就不爽了。一个这么大牌的国宝，我只是一名小球会的所谓功勋教练，怎么办？结果矛盾还真的爆发了。 巴乔带着博洛尼亚连战连捷之后，因为状态和体能问题，乌利维耶里要他替补，他不干，乌利维耶里干脆不去赛场（不是辞职）（这段可能记忆有误，易吟老师给出的版本更可信：另记得和乌利维耶里的矛盾爆发是在有次客场踢尤文图斯前，主力名单里没有巴乔，巴乔二话不说，直接开车回家）。 最终两人为了彼此的目标，还是达成了暂时共识——巴乔打首发，乌利维耶里教头位置依旧。
事实上，乌利维耶里的不安和别的教练一模一样，生怕权威和更衣室掌控力被一个大明星破坏了。只不过小球会的教头，不安的感觉特别大而已。
至于巴乔和里皮的矛盾，其实当时的报纸说得过于活灵活现。里皮入主国米的时候，急于把尤文的冠军模式复制到国米来，而不是结合国米的实际情况打造队伍，这是他作为冠军教练的自由和底气。他最后的失败，也不过是没拿出适合国米的打法，自己的执教思路和国米不相容罢了。
加上莫拉蒂老爹有米，不差那几个钱，恨不能把整支尤文给他买过来，于是自然而然不可能有巴乔的位置，一个要重建，一个要主力位置，两个人的矛盾激化就这么多。别的，都是锦上添花。至于他不用巴乔的负面影响，和其他教练如出一辙
里皮刚入主国际米兰就找巴乔谈话，让他帮助查清在过去的一年中是哪些球员在故意给俱乐部制造麻烦，巴乔当时就表示：「先生，我一辈子从来不干这种事情，我会尽力帮助你，但你不要指望从我嘴里说出任何人的名字来。」这一段是真事。
从那以后，里皮就把巴乔当作敌人来对待。有一次，巴乔在训练比赛中摆脱防守一个40多米长传给维埃里，维埃里射门成功，转身就向巴乔鼓掌，帕努奇也向巴乔表示祝贺。这时候里皮在场边怒吼：「维埃里，帕努奇，你们他妈的在干什么，你们以为这里是剧场？我们到这里不是为了互相恭维，而是为了工作！」这一段未经考证。
还有一次，在一场比赛前，里皮将巴乔叫住对他说：「你最好是离开国际米兰，在我的队里，你已经没有什么用了。」巴乔没有开口，他双手抱臂，死死盯着里皮的眼睛，里皮又把刚才的话重复了两遍。两人就这样足足对峙了8分钟。这一段言过其实。
当年董希源老师的报道，很真实，是下面这段。
「萨基、安切洛蒂、乌利维耶里、西蒙尼和里皮都有道理，他们用同样的声调说，我太慢了，不适合现代足球的速度，我太软了，不能覆盖全场，我太弱了，不能够从第一分钟就在场上。」于是里皮只给巴乔留下了很有限的15分钟，让这位足球天才去发挥。里皮不愿意提起和巴乔的矛盾，第一是他在国米不成功，但他在尤文、在意大利国家队都成功了，而且他的成功，是没有巴乔的基础上实现的，这说明巴乔并非不可替代。作为一个冠军教练，他觉得没有必要在他的成功履历当中提到巴乔，后者不占据重要地位。这一点，是合理的。
特拉帕托尼从接手国家队开始，不招入巴乔的举动，我尽管视巴乔为一生当中唯一偶像，但一定要说一句 特老头这样做是对的。国家队急需年轻化，急需摆脱巴乔后遗症，必须有人出来做这个艰难的决定。 当然，结果比较讽刺，膝盖中箭的是特拉帕托尼而不是里皮。
第二，里皮不用巴乔，得罪的不是业内同行，而是意大利民众和全球的巴乔迷，他是一个善于处理公众关系的人，肯定不愿意在这件事情上再起波澜。这个决定非常明智。而【南方周刊】作为一家足球领域外的媒体，的确也没有什么资格来指望里皮回答这个问题。
另外，关于以上四段引文当中的第一段，里皮的确做得不是那么高明。球员都是有尊严的，巴乔的尊严尤甚。当他在1999年打进两球，帮助国米力克帕尔马取得冠军杯参赛资格之后，选择转身离去，此时他的尊严，以及和里皮的矛盾被无限放大，他的人格魅力也被神化。
但事实是不能改变的，巴乔的确带给了国米一个冠军杯资格，里皮没把握住。而里皮也的确在没有巴乔的基础上获得了联赛冠军、欧冠冠军和世界杯冠军。不兼容并不妨碍彼此的成功。
