百科中有作者给出了「司令部亦称参谋部」的错误答案，是非常不专业的，注意「司令部」跟「参谋部」绝不是同一个军事机构。我们举个最简单的例子，二战期间德军就同时存在陆军总司令部和陆军总参谋部，从1941年底莫斯科惨败开始，「武装部队最高统帅」兼任了陆军总司令一职，知名不具。为什么小胡子没有直接兼陆军参谋总长呢？因为那不是陆军一号首长。
德国陆军总司令勃劳希奇元帅
而陆军参谋总长有我们熟悉的贝克将军、哈尔德、古德里安等等，是陆军总司令的作战指挥助手，也就是说，陆军总参谋长是陆军的二号首长（大将军衔），他虽然有作战筹谋权，但需要通过陆军总司令（陆军元帅衔）下达作战命令，这是很重要的细节。那么这两者的主要区别在哪呢？这就涉及到「军政」和「军令」的概念之分：司令部是全面的「军政」负责机构，而参谋部是单纯的作战指挥「军令」机构。
一般来说，在早期的战争年代有两种军事指挥模式，即军政和军令合体的司令部制度，以及军政和军令分开、然后直接对最高统帅负责的并列制度。当然，两种模式也可能是动态的，比如1926年建立的「国民革命军总司令部」（后来改称陆海军总司令部），它在组建之初就是「军政军令合一」的指挥机构，一切由那位蒋总司令专断，总司令部下设总参谋长和副总参谋长职务，是总司令的首席和次席作战幕僚。
德国陆军总参谋长贝克将军
但是在1928年以后，总司令部被撤销并成立「军事委员会」，实行主席（最初不叫委员长）和常委负责制，则总司令一职也不复存在，于是原司令部的职能和职权被分拆：军队的军政权力属于「军政部」领导（何应钦一直把持着这个职务），作战指挥权则归属「参谋本部」（学的日本人）。这就是分拆的模式体系了，到抗日战争时期，逐渐发展为军政部、军令部、政治部、军训部等几大部门，其中的「军令部」就是所谓参谋部的职能，徐永昌部长分管作战。
在军事委员会之下设各大战区，每个战区都有「战区司令部」而不再有什么参谋部，但在战区司令长官以下设「战区参谋长」为首席作战幕僚，比如我们熟悉的第九战区司令长官是薛岳，其参谋长为同学吴逸志中将，很明显的上下级关系。战区司令部内设「参谋处」（处长赵子立后来接任参谋长），属于司令部的直辖机关，所以显而易见，简单地认为司令部等同于参谋部，纯粹是外行逻辑。
继任德国陆军总司令
概括起来说，司令部要负责军队所有领域的全面工作，比如军队人事、部队训练、武器装备、后勤补给和作战命令下达等等，无论是和平时期还是战争时期，永远是军队的最高领导机关。但「总参谋部」是专司作战的幕僚机构，在和平时期其权力是有限的，以研究战争、战略和战术为日常工作，最多组织个演习什么的，以保持部队的战备能力。在历史上，关于军政和军令彻底分开最著名的案例，那得算二战时期的日本军队。
二战期间所谓日本陆军的「军部」，其实主要就是指陆军省和参谋本部，前者是最高军政单位，负责陆军的全面工作，包括各级军事主官的任命、部队的动员训练和编制、武器装备的研制和列装等等，但唯一不具备的，就是战争时期的作战指挥权，它归属于最高军令机构「参谋本部」。为了掌握军队的绝对统率权，日本陆军不设「总司令」职务，而以天皇兼陆海军大元帅，陆军省的老大「陆军大臣」、参谋总部的老大「参谋总长」互不隶属，分别对天皇负责。
陆军总参谋长哈尔德大将
日本海军也是如此，分设海军省和军令部（参谋部的意思），性质完全相同，天皇也兼着海军大元帅。在战争期间，日本陆军在所辖各级部队都只设立司令部，比如总军、方面军、军等等，司令官由陆军省提名再由天皇任命，并不存在司令部和参谋部并列的情况，参谋本部是通过各级司令部里面的参谋长、主任参谋、作战参谋和高级参谋等，对军队的作战施加控制和影响，但司令官仍然拥有最后决定权。
比较特殊的情况在于，日军参谋长和参谋们的隶属关系归于上一级参谋长，于是才造成了独特的「参谋体系」：司令官如果在作战时不同意同级参谋长的意见，后者就会通过上级参谋长压下来了。久而久之，参谋长和参谋们就基本把持了作战指挥权，因为司令官最终还是得屈服于上级参谋长的指示，也就逐渐懒得争了，但是要注意，给部队下达作战命令时，仍然得由司令官发布。
参谋总长兼军政部长何应钦
那么在什么样级别的部队才够资格建立司令部呢？在二战及其之前的时间段里，司令部多建于战役级单位以上，战略级当然就更不用说了。所谓战役级单位一般以「师」为标准，也就是各师、各军、各集团军、各战区等等。
因为中国军队的「团」和日本军队的「联队」，都属于单一兵种最大的「战术单位」，这是军界公认的编制，其指挥机关的额定人数、职能分工的细化、合成能力都还不足以称为「司令部」，中国军队最多称为旅部、团部、营部等等。
第九战区司令长官薛岳
日军由于部队编制较大，旅团已经是战役级单位，所以有旅团司令部、师团司令部以及上面的各军、方面军和总军司令部等，1940年前后步兵旅团建制取消后，师团所属的一些特种兵分队被下沉到联队，所以也有称谓「联队司令部」的情况，多少有点名不符实，因为联队级是不设专职参谋长的，这对于日本陆军来说，是很重要的一个指标。
比如战争年代，红军和八路军主要以轻步兵为主，没那么多繁杂的兵种体系、后勤体系和参谋体系，一般也就称为团部。但是在二战以后随着军队合成化的发展，团级已不再是单一兵种的最大单位，许多国家的「团」也已经是诸兵种合成化的部队编制，所以团级司令部的建立已经很常见了。
第九战区参谋长吴逸志
