我目前坐过 新加坡 香港 深圳 北京 纽约 华盛顿 亚特兰大 波士顿等城市的地铁
香港地铁是所有我坐过的 地铁中换乘最方便的 。50%以上的换乘，就在同一层，就是你下车的对面。
香港的地铁是 按需建设的 ，你所说的重复，比如东涌线和机场线的问题，人们去机场要求的是便捷和快速，这就意味着，要尽量少的站，以减少时间的浪费。而东涌线是满足人们日常的出行需求，这样就必须有尽可能多的站来提供给人们方便。另一方面，你说的线路分布不公平，线路没有照顾到的地区实在是经济上欠发达、人口也相对较少，对地铁的需求相对不是那么大。所以，在建地铁的时候，优先级会靠后。
另外，你说的尖沙咀和尖东的 换乘问题 ，问题本身就是有问题的。尖沙咀的站是地铁，而尖东是城铁，城铁的线路不是在地下而是在地上，要想做到无缝换乘几乎是不可能的。还有就是地铁和城铁本来是分属2家不同的公司，大概在3-4年前才合并为一家公司，就是现在的MTR。所以，当初在设计之初，也肯定是存在一定的历史遗留问题。
最后，都说港铁的 盈利模式 或是经营多么厉害，其实不然。这是由于特区政府给予了港铁公司特别的优惠，即港铁公司可以无偿获得地铁站上方的土地所有权（或是经营权）。所以港铁公司，实际又是香港最大的地产商或是商铺经营商之一。反观，港铁不是也参与了北京地铁的某条线路的运营，单是纵然是港铁在管理，如果没有特区政府给的这种优惠条件，没有商铺，没有土地，港铁运营的线路是绝对不可能挣到钱的，还不是得靠政府的补助。这是我之前的答案，我要对此做个修正。同时
@郝帅鹏的答案存在一些误区。
众所周知的是，地铁建设是一项费用高昂投资，如果单凭港铁自己独立投入，会极大的拉高成本，所以就会导致盈利困难。这也是为什么大多数的地铁运营公司都在赔钱的原因。赔钱不是因为运营赔钱，而是因为前期的高额投入。
因为盈利=收入-成本。
港铁做开发和建设的时候，就会引入地产开发商。共同承担铁路建设的成本，而回报就是地铁站上方的地产经营权。所以，港铁的投入就会减少很多，才能够在实现盈利。
而根据
@郝帅鹏的答案，港铁确实是盈利，能看出来运营的收入是大于支出的。但是绝对不能否定地产对港铁盈利的重要意义。
ps 凭记忆作答，可能与事实有些出入，欢迎指正。
请大家看下
@麦原的答案，很多地方更加准确。
http://www. zhihu.com/question/2059 7563/answer/18049179盈利模式部分请参见@郝帅鹏 @楼学的回答，他们的回答结合起来的话最好。
