好腦洞誒！給題主贊一個！
先說結論：理論上來說，有可能，但目前的技術很難實作。
既然說了是平滑玻璃，那咱們就先考慮一下理想狀態下的「平滑」玻璃，那玻璃表面的起伏就是分子級別了，畢竟嘛，玻璃是無機小分子啊（主要是矽酸鈉和二氧化矽）。所以呢，只要兩塊玻璃都是理想光滑狀態，壓緊之後其間的空隙基本就相當於沒空隙。。。
當然啦，理想狀態的「光滑」在現實中是做不到的，不過現實中利用劈尖幹涉（測量表面平整度的一種方法）可以把平整度精確到幾百納米（也就是零點幾微米）的級別。（其實我對玻璃制造工藝並不熟悉哈，劈尖幹涉是測量平整度的，其測量精確度可以達到幾分之一的光波波長，也就是百納米左右，既然能測量到那麽精確，我就預設有工藝能夠把玻璃制造到那麽平整了哈，要是有了解玻璃制造工藝的朋友，請指正。）這個平整度基本可以做到兩個光滑玻璃的間隙小於常見細菌尺寸了。。。
那接下來就只剩壓死的問題了，首先啊，不是說你把兩塊平滑玻璃拿手往一起一壓，就能把之間的細菌都壓死的。。。菌們也沒那麽脆弱。。。畫面請自行想象用雙手擠壓一個小水氣球。。。
那多少壓力能把細菌壓死呢？誒？巧了，有一種食品滅菌方式就叫HPP（High Pressure Process），就是靠高壓把細菌壓死，我在另一個回答裏提到過：
沒想到吧，這問題我也能扯到食品加工。。。
咳咳。。。
高壓滅菌一般要數百MPa的液壓，我粗略查了一下，玻璃能夠承受的壓強大概也是數百到近千MPa，也就是說，如果玻璃能夠完美的把壓力傳導到細菌細胞，是可以把細菌壓死的！然而對細菌芽孢恐怕就無能為力了。。。
總而言之，理論上來說，如果兩塊玻璃的接觸面足夠平滑，而且玻璃能夠把數百MPa的壓力傳導到接觸面，是能夠壓死非芽苞狀態的細菌細胞的。
不過現實中能不能做到。。。嗯。。。那就要看前提條件能不能實作了。。。
嗯
