答案隨時更新，請大家盡量看到最後。
寫在前面：評論區歡迎評論，但是請不要無根據的就回復「我不認可」，既然本人舉例說明日本的更勝一籌，那麽請評論區不同意的也舉例說明一下。而且，本人的答案是客觀數據列舉，主觀的比如「我去旅遊幾天感覺並沒有那麽方便」這種評論請盡量避免。
就不以地鐵規模來看，我還是覺得日本的電車系統更勝一籌。
我們先把世界級怪物東京先放在一邊，來看一下大阪圈的路線。
現在的北京和上海地鐵不僅是規模上只能給人提鞋，更是在很多方面落後於它。
1.列車編組短小，導致高峰期擁擠程度在視覺上和感受上更勝一籌
下面我們舉幾條地鐵（電車）路線來說明。
北京地鐵4號線（2009.9.28開通）6節B車
北京地鐵5號線（2007.10.7開通）6節B車
上海地鐵8號線（2007.12.29開通）6/7節C車
大阪地鐵禦堂筋線（1933.5.20開通）約為10節B車
大阪地鐵堺筋線（1969.12.6開通）約為8節B車
看出什麽問題了嗎？這些路線均是穿越市中心繁華地段，但是北上的列車編組明顯比少了一個數量級，按照國標定員，一輛B車定員240人，2輛就差了480人，現在中國大陸間隔最短的應該是北京地鐵4號線，大約是一小時34班車左右，上下行就是68班車，68*480=32640人，這還只是8B和6B的區別。
由於可能會說找的路線可能偏向我自己的觀點，那麽我把數據全部放出來讓大家看一下。
在東京地鐵裏，最高編組是10B+（一節車20m長2.8m寬），我們將8A約等於10B，可以看到北京只有一條16號線，上海只有1/2號線（未來的14號線）三條路線，而東京地鐵13條線裏，10B+的路線有半藏門線，千代田線，東西線，副都心線，有樂町線，都營新宿線6條，所以總體講起來，北京和上海地鐵在編組上仍然需要追趕東京。
如果我們把眼光放長遠點，就能看到這種情況
註意這些路線可不能隨便排除在「地鐵」之外，橫濱到東京只有28.8km還沒花橋到曹楊路遠，然而後者就可以心安理得地叫地鐵就因為它名字是地鐵？
言歸正傳，國標和慣例坑了不少有地鐵的一二線城市。
關於這一段歷史，可以看一下 @林和 的回答。
2.基建狂魔光挖不考慮未來，大量不應該入地的入地了，導致未來魔改困難
簡單來說，就是地鐵盲目地下化，而且不預留。
城區裏面也就算了，可以理解沒地方造高架鐵路，一些荒郊野嶺，除了農田就是荒地的地方也搞這一套？醒醒，有這點錢還不如地鐵預留一下。
從上一條看來，中國地鐵普遍編組過小（北京僅6/7/16為8A/8B，上海僅1/2號線為8A），我們還可以說還有機會改造，那麽北上到底留了多少改造空間呢？答案是基本沒有。在大阪只有禦堂筋線還是手挖的年代，他們異想天開的準備預留12節，後來因為預算問題砍到8節，這在經濟危機後的日本已經是了不得的舉動，而我們的北上，地鐵基本是在奧運世博前後開通的，在全國經濟發展超出預期的21世紀初，居然還會出現地下束手束腳的局面，我是無法理解。
3.軌域交通種類單一，未分離各種乘客需求
首先是執行公司單一。在日本，有JR，有私鐵，有地鐵，這些都是執行「地鐵」的公司，這些公司為了利益，會在各種感覺有利可圖的地段鋪設鐵路，比如大阪-神戶就有阪急JR阪神三家公司，品川-橫濱就有JR和京急（東急是澀谷始發的）。這些路線在同一路段競爭會帶來幾個好處，比如票價降低，原來的JR品川-橫濱是410日元，為了和京急競爭，特地實行了290日元的特例。小田急和京王多摩中心-新宿則在票價和執行速度上較勁。
其次就是列車執行單一。中國基本依靠的是全線站站停，導致路程遠的乘客不得不浪費時間在無用停站上，路程近的乘客也因為沒有速度分別而和路程遠的乘客擠在一起。
我們來看看日本怎麽做
越右邊的旅速越快，遠郊的坐快車可以節省時間，近郊的坐慢車可以不用和遠郊的人擠，一舉兩得。
最後是座位單一，現在的商務客越來越多，他們不在乎票價，只在乎舒適程度，這樣我們可以加入更加舒適的服務，收取更高的價格。這個時候可以有兩種做法，一種是增掛商務座，比如JR東的Green車，深圳11號線的商務座。另外一個是開行付費特急，比如京成skyliner。
在不影響運力的情況下開通指定席列車或者加掛車廂，同時也可以給營運公司增加外快。
一次更新：
4.支付標準並沒有統一，各地分割情況還是很嚴重
有一說一，中國的掃碼乘坐地鐵的確很方便，這是日本追不上的地方。但是以現在我所看到的情況來看，非現金乘坐地鐵上，各地使用的app五花八門，下面舉幾個例子。
北京：易通行app
上海：大都會app
深圳：深圳地鐵e出行/騰訊乘車碼
廣州：廣州地鐵app
北上廣深各自擁有自己的掃碼app，雖然可以直接繫結支付寶等乘車，但是仍有不便。而且因為app使用情況不一致，在知乎上我看到了不少失敗經歷。地鐵不像超市，超市裏面你碰上支付問題只是稍微耽誤後面的速度，並無大礙，但是地鐵，要求的是效率，耽誤幾秒就可能導致閘機後面大排長龍。
交通聯合這個概念在國內也炒了很久，但是我還是看到了某些不便，比如申城通，上海地鐵不可用，要想在北京用交通聯合還要註意自己的卡是哪個城市的。使用效果還要看所在城市閘機，我見到好幾個刷交通卡蛋疼的。
更何況鐵總推出自己的中鐵銀通卡，使用效果堪比ETC（我以前文章裏有介紹），完全跟市內交通割裂。
反觀日本，2013年將大部份常用路線所用的交通卡實行互聯互通，現在除了發行地區不同，基本就是沒有障礙，從北海道到九州，只要有ic標誌，你手裏的suica pasmo或者icoca等就可以通用無阻。
以上是在營運方面的一些差距，下面是細節上的差距。
二次更新：
5.車站內的各種小細節
為了更直觀表現一些細節，我來到了埼玉縣所澤市的所澤站（也就是我家附近的車站了～）
迎面而來的就是標示牌上的四語，日本很多鐵路公司現在都在推進四語標牌，方便遊客使用。
接下來是售票機
很清楚的顯示了票價數據
這裏還有轉乘票的價格，這樣換乘不同公司的也可以只買一張票（雖然不是全部的轉乘票價）。
（我也是納悶為什麽那麽多人都在吐槽買票難，還有一個居然說售票機上沒有路線圖？轉乘票價圖都給了買一張票就行了，再搞不懂的一張suica走天下）
下來看進站口
雙向閘機，效率大大提高，不用一堆人擠在一個閘機等著出站。上面掛著數個螢幕清晰地顯示了最近的兩班車，下一輛車的停靠站點，如果是慢車還顯示接續站可以換乘什麽種別的車。
所澤站有個好的地方就是地上用圖畫顯示了每個方向的標誌物有哪些。比如1號月台本川越方向畫了個鐘樓，那就是時の鐘，是這個被叫做小江戶的小城最著名的標誌性建築物，2/3號月台畫的高樓代表是去東京方向，4/5號月台西武秩父方向是爬山的好去處，這些都很簡潔明了。
接下來具體介紹一下衛生間，這裏的點字板照顧盲人乘客選擇合適的衛生間，左下角的無障礙衛生間是照顧腿腳不便的殘疾人如廁無障礙。
這是男廁內很普通的一個單間，可以看到垃圾桶，廁紙，馬桶圈消毒液，緊急按鈕，還有溫水馬桶圈一應俱全，這個配備甚至超過了某些路上的衛生間。
這個兒童專用的衛生間同時配備了更衣輔助板（應該是可以把腳搭在上面的一塊板）還有嬰兒換尿不濕的墊子，內部等我能拍攝了再進行介紹。
總之北上不要自大，要虛心學習，做得更加好。
