其實這個看法很早就有了,就是: 病毒宿主很大可能是非中國擁有的馬來穿山甲 ,也就是鐘院士提到的發源問題。
基本上三殺:
First blood純粹生信分析發現馬來穿山甲最有可能,接下來分別從廣東海關和廣西海關抓到的穿山甲身上檢測到了冠狀病毒,其核心區域和2019ncov非常相似,而中華穿山甲卻不感染可以說是double kill和triple kill!
真是非我華夏產,其身可帶毒啊!
還是要聲明: 這依然是一種可能性,除非我們真的找到了那只和人類病毒基本一樣的動物身上病毒。
First blood——1個月前,首篇分析:病毒可能來自馬來穿山甲
這是我1個月前寫的一個草稿,但是我膽子太小,所以就沒敢發出來。
當時這個草稿是想法是來自這篇文章
在文章中,作作者比較石正麗研究員的文章時候發現,盡管這次病毒和蝙蝠相似度極高,高達96% 。但是,spike病毒這個關鍵的東西結構域(S1 Receptor Binding Domain (RBD))卻明顯的不一樣,尤其是在第350-530胺基酸序列,相似度僅有 91% 。
作者懷著懷疑,決定去尋找一個更加接近的中間宿主。辦法當然是生物資訊學了,他們把這次新型冠狀病毒的序列丟到公共數據庫上進行尋找,結果意外發現,這段序列,竟然和穿山甲的病毒庫最像, 高達97%的相似度,遠超過和蝙蝠91%的相似度 。
因此,作者認為,馬來穿山甲很有可能是宿主。
當然,這篇文章被淹沒在了互聯網中,畢竟是專業分析,大部份人看不懂,像我這種看懂了又不敢發~
Doublekill—華南農大發表文章,論證了廣東海關抓到的穿山甲身上有冠狀病毒
2月7日,華南農業大學的沈永義團隊開了個釋出會,會議上介紹
攻關團隊透過分析1000多份宏基因組樣品,釘選穿山甲為新型冠狀病毒的潛在中間宿主;繼而透過分子生物學檢測,揭示中β冠狀病毒的陽性率為70%;進一步對病毒進行分離鑒定,電鏡下觀察到典型的冠狀病毒顆粒結構;最後透過對病毒的基因組分析,發現分離的病毒株與目前感染人的毒株序列相似度高達99%。前兩天,他們的文章也出現在預印本上了,研究使用了2019年3月-12月被廣東省海關和林業部門沒收的29只死亡穿山甲的組織標本,其中4只中國穿山甲和25只馬來穿山甲[2]。
結果是,馬來穿山甲大部份有病毒,但是中華穿山甲都沒有,而且關鍵是,核心區域相似度老高了,如下圖所示(反正你也不看,我湊個數)
Triplekill—管軼發表文章,論證了廣西海關抓到的穿山甲身上有冠狀病毒——————
管軼是大家非常熟悉的人了,如今更是有了一絲神秘色彩。
2月18日,預印本網站bioRxiv發表論文「中國南方馬來穿山甲2019-nCoV相關冠狀病毒的鑒定」[3]
他們從走私的穿山甲中進行檢測,發現了2019-nCoV相關冠狀病毒。穿山甲身上攜帶的冠狀病毒屬於2019-nCoV相關冠狀病毒的兩個亞型,其中一個的受體結合域(RBD)與2019-nCoV非常接近,達 97.4%,比蝙蝠的RaTG13還高。
這些圖你們也別看了,湊數用的
反正到目前為止, 沒發現比馬來穿山甲相似度更高的了。 而馬來穿山甲,不是中國本土的!
下圖黃色區域是馬來穿山甲的生活地方,他們被走私後進入了中國,最後到了武漢。
為什麽要走私呢?因為中華穿山甲被人們幹的瀕危了,屬於國際保護上的極危動物, 幾乎 就要野外徹底滅絕了(CR,Critically Endangered表示該物種所面對的威脅及危機等級為極高,是僅次於滅絕及野外滅絕的評級)。
但是,這裏有個問題難以解釋,就是,為什麽沿途沒有爆發,到了武漢爆發了呢?
而從這個病毒的序列和武漢病毒的一些差別來看,極有可能是,它們在武漢那個地方發生了變異。這也是為什麽我們看到武漢病毒擴散的時候有個mv1[4]
關於病毒發生重組的事情我有點搞混了,請大家見諒。這裏放上病毒學大佬@Vigorous Cooler 的一張圖,這個圖我覺得是概括的非常完美的一個分析。
順便,穿山甲是哺乳動物!
參考文獻就不放了吧
2 KP Xiao Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. 2020
3 Tommy TY Lam Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. 2020
4 WB Yu et al.Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data
最後,謝幾位邀請