題主你這個看番的方法不對。你老是想要補別人口中的神作這太功利了。比如你事先知道clannad史一部賺眼淚的番，然後你帶著這樣的目的去裏面找感動點，這怎麽能找到呢？我當時看clannad的時間網絡還沒那麽發達，我是買的盜版光碟看的，我根本對這個系列，制作背景一點了解都沒有，我在看之前是一張白紙。當時盜版譯名叫做團子大家族，直接用的ED的譯名。當時我就覺得這個OPED都挺好聽，人物也不錯，幻想世界也勾起了我的好奇心就看下去。我覺得這樣才是看動畫最好的狀態。
我不大清楚你這個補的意思，因為日本動畫體系繁雜，如果你想系統地了解欣賞整個日本動畫體系，那我還是給你系統地列一個表。這個表不是透過橫向對比來出最好的幾部，而是考慮了作品制作的時代背景以及給後世帶來的影響進行篩選出在當時條件下比較獨到和有代表性的作品。你可以選擇自己喜歡的系列去看。
先表明一點，我不推薦去補一些很商業化的作品。舉個例子，柯南的劇場版。商業向作品目的就是盡可能地吸引人看，換句話說商業作品通常會飽含大家都喜歡的要素和套路。比如柯南的劇場版裏，有動作，有懸疑，有推理，有情感，有明確的劇情結構和脈絡走向。基本上不會有人說看了非常討厭。但是商業作品的缺點也是相對明顯的就是由於飽含了過多的要素和套路，這個作品難有新的，觀眾不能很快接受的東西，立意主旨也會模糊不清。很多東西浮於表面難以沈澱下來啊。想向吉蔔力這樣做叫座叫好而且本身也非常優秀的動畫對整個制作組要求過高，而且時間周期也過長。
大量圖片
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昭和台柱系列
【魯邦三世】
火了快五十年的漫畫了，出了無數部劇場版和OVA堪稱經典。敘事上屬於小故事拼接的，基本一集或者兩集一個故事。也為日本動畫培養了大批人才，比如宮崎駿。第二季就有他的參與，而起可以看出老宮挺喜歡不二子的。如果你看過宮崎駿早期的劇場版，【卡里奧斯特羅城】就是魯邦三世的一個劇場版。今年出了一部新系列，值得一看。
【宇宙戰艦大和號】；【高達】
這兩部作品開啟了日本動畫的新時代，未來科幻以及宏大敘事的劇本手法。劇情結構簡單易懂，而且前年還出了【宇宙戰艦大和號2199】你可以當作原版的高畫質重制版來看，作為日本動畫史上一大裏程碑值得一看。大和號的各續作和高達一起撐起了80年代的日本動畫。換句話說如果沒有這兩部作品，現在日本動畫大概會完全不一樣。
對於高達的話，正統UC系非常值得一看。時間順序大概如下【機動戰士Gundam 0079】開始，【Z Gundam】，【ZZ Gundam】，【0093夏亞的逆襲】這四部算是主線中的主線，可以大概稱作夏亞阿姆羅時代，除了ZZ，每一部都有劇場版，Z高達的劇場版是新老結合別有風味，但是結局和原作有出入，加上刪了夏亞演講那一段我有一點怨念。除此之外，【0083】，【0080口袋中的戰爭】，【08MS小隊】，【一年戰爭默示錄】，【一年戰爭默示錄】，【重力戰線】等支線作品也非常值得一看，而且非常精彩。
（嗯，其實比起高達我更喜歡戰艦）
早期冒險題材
【城市獵人】，【貓眼三姐妹】
兩部都是北條司的漫畫作品都改編成了動畫。作為Jump上的先驅大師們的作品，值得一看。風格屬於支線故事主線故事穿插交替，和魯邦三世有點像，但是有了相對更為明顯的主線故事，對後來作品影響深刻。
【秀逗魔導士】
不多說就放一張圖
【羅德島戰記】
傳統冒險類輕小說改編動畫，經典RPG的先鋒和奠基者之一。這部動畫是日式傳統RPG一個縮影，象征了一個時代。
早期喜劇類
【逮捕令】【烏龍警察局】
王道漫畫改編
【幽魂白書】
富堅老賊的成名作。典型的王道向漫畫。作為三大民工漫的前輩值得一看。
【死亡筆記】
當年無比火熱的智鬥大戲，少年Jump裏不多見的邪道漫畫。至於第二季為什麽這麽垃圾這個鍋原作者不背。關於一些背景，有興趣可以看一看【暴漫王】，裏面就演繹了這段過程，算是作者的自傳性質的漫畫。
【鋼之煉金術師FA版】
荒川弘老師（我以前以為是個大叔結果是個大美女）所作，劇情結構精彩，人物刻畫優秀。【銀之匙】
也是荒川弘的作品，這部算我的個人推薦。作品本身非常不錯，算是現實勵誌向的了。但是對整個動畫屆影響不算大，不補也是可以的。
架空題材
【銀河英雄傳說】
田中芳樹的難得填完了的坑。不可磨滅的經典之作，人物推動時代，時代雕琢人物。
【阿斯蘭戰記】
這坑田中沒填完，但是動畫重設了，好看。
【星際牛仔】，【最終流放】
上面這兩部動畫可以對比著看。星際牛仔是以男主斯皮克視角描寫世界，後者是縱覽世界描寫裏面人物的關系，性感和成長。最終流放的世界觀設定非常別致，裏面的飛行器，戰艦等的設計也非常用心。整個故事的敘述以及藝術處理非常不錯，相信看了OP就有看下去的沖動。
【奇諾之旅】
講述一個小姑娘騎著她的摩托旅行一路上發生的故事。探討了大量人性和社會。每個不同的國家對映著各種不同的社會現狀。
【十二國記】
這個絕對是經典中的經典，算是架空奇幻類的了，所以非常建議看一看。敘述了一個平庸女高中生落入異世界遊歷諸國的故事。題材是個大家喜聞樂見的穿越題材，但是內容區別卻很大。女主中島陽子在不停的冒險途中，不停地反省自己來讓自己成長，同時也能引起讀者的自我反省。（背景設定很中國風啊）
未來科幻+反烏托邦
【EVA】
EVA是日本動畫的一大裏程碑，不僅是他的敘事手法和故事內容。EVA所創造的明日香傲嬌，綾波麗三無的這些刻板印象引領的全新的一個潮流，為接下來的日本動畫打好了堅實的基礎。它的歷史地位不可動搖，但是同樣不應該過度吹捧他的劇情有多「神」。這是個非常邯鄲學步的事情
【夏娃的時間】
這個本來是網絡放送的動畫，後來改成了劇場版播了，基本就是個高畫質重設。世界觀非常有趣，探討未來智能機器人和人類共處下的社會關系。這題材很早就被電影用過，但是動畫在我印象中是第一部。講了一個非常好的故事，最後做了大量留白而起並沒有套用人物刻板印象捏人物。應該算得上日本動畫的一次創新突破的實驗，可惜由於劇本難度大，效仿的不多，繼續啃老本。
【我家也有外星人】
這部動畫制作於01年。結構談不上優秀，劇情談不上獨到的動畫。但是整部動畫看下來卻給人一種非常特別的感受。和夏娃的時間有異曲同工只秒，但是劇情更詼諧，腦洞也更大。（歌很好聽啊）
【香格裏拉】
和未來水世界一樣生不逢時，叫好不叫座。
【自新世界】
挺壓抑的一部動畫
治愈系
【水星領航員】
我映像中靠幾個妹子賣萌就出了一季又一季番裏的第一部。
ps如果一個人給你推薦aira和輕音，那麽他是個治愈向動畫愛好者。如果一個人給你推薦輕音卻不提aira，那他一定是一個京吹。
人與自然（妖魔鬼怪）類
【蟲師】
看一集就會喜歡上，停不下來的動畫。銀的大叔氣也是迷倒不少姑娘。世界觀設定也非常新穎，加上日式水墨的渲染畫面也好看得不行動畫裏的BGM也非常出彩。兩季動畫op都難得得用了英文歌。
【夏目友人帳】
治愈系。很多人推薦此篇的時候，開頭就是夏目好溫柔，娘口三三好萌。我真是日了狗了。這片子的精華描寫應該是人類和妖怪相遇離別所產生的各種茅盾和感人的故事。夏目只是一個主要敘事人和參與者，單純為了這個人物去看這動畫屬於本末倒置，暴殄天物
【狼與香辛料】
萌狼這個題材和前面的【奇諾之旅】有相似的地方，但是花了大力氣在羅倫斯和赫蘿之間的愛情故事。在後宮漫橫行的今天，作者支倉凍砂用了十七卷不離不棄就寫了這一個女主，多麽難得。
PS自從看了萌狼，我的電腦桌面，各種頭像就再也沒換過，一直用了八年。後來我還為此特地研究了好久花魁語。
意識流
【四疊半神話】，【絕望老師】
後者人氣很高，但是前者更回味，有時間可以兩部都補，作為一類體系至少看一部。
釘宮
【零之使魔】
釘宮作為一個時代的象征，釘宮三萌還是要補一部的。這部比較短，結構也比較簡單，沒時間就看這部，有時間就看【旋風管家】。【夏娜】第三季劇情稀爛，讓人摸不著頭腦，所以個人不推薦補。
棋牌（表人）類
【逆境無賴開司（也叫賭博默示錄）】【鬥牌傳說】
福本申行發在麻將雜誌上的連載漫畫，畫風咋看詭異但是習慣了意外帶感。對人物心理刻畫出神入化。
【棋魂】
發光的圍棋，我就問你厲害不厲害。正經點說，作為Jump上的王道題材漫畫，采用了雙主角的形式展現了不同人在不同環境下各自不同的成長。劇情緊湊精彩，人物關系描寫也比較細膩。而且在運用圍棋為題材背景的條件下，本作還是非常值得補一補的。
光：我不喜歡下圍棋
光：下圍棋（裱人）真特麽開心
【天才麻將少女】
同樣作為麻將題材但是和鬥牌傳說完全不是一個風格。即使你完全不懂日麻甚至麻將，也能愉快地看這部作品。劇情設定想對俗套，但是看著還是很帶感，主角內建各自各樣掛的設定也很有趣。（然而厲害不厲害還是得看小林立的心情啦）
咲： 我不喜歡打麻將
咲： 打麻將（裱人）真特麽開心
兄弟們，看到沒，這都是套路啊兄弟們。這都是無數路人配角用血換來的教訓啊。
三大同人
【海貓鳴泣之時】，【寒蟬鳴泣之時】
寒蟬有完整動畫，可以一看到底。海貓如果你只看動畫，那簡直是個天坑。海貓寒蟬兩部都是同人遊戲改編動畫，出自龍騎士07之手。兩部的角色交相呼應，世界觀也值得玩味和討論。主體劇情都是懸（獵）疑（奇）類。如果想直接玩原作的話，玩海貓會比較好一點，畢竟有高畫質重設，原版畫風簡直慘不忍睹。
【FATE】系列簡直就是近幾年日本動畫的縮影，固步自封，賣人物不賣劇情，把一個套路全部榨幹，此種行徑令人作惡。
百合系列
【輕聲蜜語】，【聖母在上】，【青之花】
作為動畫裏一大類還是有必要看個一部兩部的。而起少女間青澀，禁斷的愛情也是棒棒噠。個人觀感上青之花更好看一點。
動畫的力量三部曲
【空之音】【閃光的夜襲】【世紀末超自然學院】
首推第三彈【世紀末超自然學院】劇情非常有意思。
江戶及幕末題材
【刀語】
西尾維新輕小說改編的動畫。比較特別的年番，一個月一集，一集四十分鐘。畫風莫名帶感。
【浪客劍心】
無數人的回憶。
【江戶盜賊團五葉】
萌豚系列
【天翔少女】
這部應該是小褲褲打飛機的前身，劇情像得不行，唯一失敗點是穿著似乎不如下面那部那麽勾起萌豚心中的湧動。
【強襲魔女】
嗯，小褲褲打飛機真開心
暴力類
【黑礁】
這部一定一定要補，日漫裏為數不多的能用「暴力美」來形容的作品，而且依然沒有丟掉日漫刻畫人物關系和人物情感細膩的有點。非常值得看。（羅特貝爾極大加深了我的女仆情節）
【Hellsing】
（我怎麽會告訴你們當時我去看這部動畫是因為我聽說出了個阿卡多女體化的OVA）
京都系
作為一個純正京黑（曾經的京蜜）我還是把京都單獨分了出來。京都動畫自成一派，出了很多名作神作。比如題主提到的Clannad就是Key的遊戲劇本，京都改的動畫。
【熱帶雨林的爆笑生活】
惡搞中帶著諷刺的名作。應該算得上吐槽+耍寶在動畫裏大量運用的先驅了。
【Clannad】
這個就不贅述了，很多細節非常厲害，值得回味很多遍。主要是歌和BGM都好聽。
【日常】，【幸運星】
看了不後悔，一看停不下。
【涼宮春日系列】
紅極一時的輕改
看完輕音第一季我還非常期待第二季，知道他出了第二季，然後又出了玉子市場。然後我就隨著那張平澤臉成了一個京黑。
奇幻系
奇幻系有別於架空系，並不是創造一個全新的世界，而是在原有世界和社會上補充一些設定。並且以細膩的筆鋒來描繪這個世界，以及這個世界中人物之間的關系。其中Clamp應該是非常有代表性的了。（有同誌我說批評Clamp，我真沒有呀）
【四月一日君尋】（【XXXholic】）【翼年代記】
這兩部應該是完美展現Clamp世界，同時也塑造了一批非常有人氣的角色。
青春系
說到青春群像，第一個閃過我腦子的就是岡媽。集合了愛情成長煽情青春煩惱的大雜匯。說白了就是動畫屆的偶像劇。比如被捧成神作的【未聞花名】。如果喜歡的話可以補一補，不喜歡的話也可以略過。（岡媽筆下的男主真是苦不堪言）
推薦補一部同樣岡媽出品的漫畫改編【放浪息子】
名作之壁系列
名作之壁因為一些作品人氣銷量極高，然而本身沒有特別出彩的地方而被戲稱名作之壁。其特點是大套路加小套路，通篇都是套路，並且大量地用刻板印象捏人物，劇情上賣巧抖機靈。可以看上幾部感受感受套路。
【IS】【刀劍神域】【魔法少女小圓】
動畫電影
動畫電影絕大部份都值得一看。不論是畫面水平，BGM還是劇本結構都不是TV動畫能比的。希望能搜到的都看一看。下面列舉幾部。
漫畫之神手冢治蟲的反烏托邦題材名作【大都會】
今敏的【千年女優】
吉蔔力全系列
押井守的【空中殺手】【攻殼機動隊】
【蘋果核戰記】（原作和攻殼一個人）
細田守的【夏日大作戰】
片山一郎的【古城荊棘王】
其他
【吊帶襪天使】
美漫畫風，日漫劇情，很獨到。
【探索吧!部活】
新技術制作，未來發展方向。
【現視研】
這部作品最主要的目的就是告訴觀眾，你們也配姓「二次元」？
【歡迎加入NHK】
人在做，天在看。退二次，保平安！
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個人癖好
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【公主公主】（作者藏王大誌還畫了一部外傳叫【革命之日】建議你們看看）
【女裝騎士】
上面這些純屬個人癖好強行推薦。至於題材是什麽你們搜來看看就知道了。
最後，動畫只是整個日本ACGN的一部份，反映的其實非常片面。很多優秀的AVG遊戲難以動畫化給大家看。很多優秀的R18遊戲也有非常好的劇本和設定，比如【蘭斯】系列，【戰女神】系列。水平比這些個垃圾輕小說高出不知多少個【刀劍神域】。
