學徒在完成轉錄組實戰任務的時候，出現了一個小bug，自顧自的糾結了一晚上不過來尋求我的幫助。讓我非常生氣，因為確實是很簡單的兩個小技巧，主要是理解全域變量、環境變量。
就是hisat2進行批次比對程式碼失效
範例：當前目錄檔如下：
1.2G 10月 30 10:14 SRR1039510_1_val_1.fq.gz
1.2G 10月 30 10:14 SRR1039510_2_val_2.fq.gz
1.1G 10月 30 10:14 SRR1039511_1_val_1.fq.gz
1.1G 10月 30 10:14 SRR1039511_2_val_2.fq.gz
1.5G 10月 30 10:18 SRR1039512_1_val_1.fq.gz
1.5G 10月 30 10:18 SRR1039512_2_val_2.fq.gz
816M 10月 30 10:12 SRR1039513_1_val_1.fq.gz
820M 10月 30 10:12 SRR1039513_2_val_2.fq.gz
2.1G 10月 30 10:27 SRR1039514_1_val_1.fq.gz
2.1G 10月 30 10:27 SRR1039514_2_val_2.fq.gz
253M 10月 30 10:05 SRR1039515_1_val_1.fq.gz
253M 10月 30 10:05 SRR1039515_2_val_2.fq.gz
131M 10月 30 10:05 SRR1039516_1_val_1.fq.gz
135M 10月 30 10:05 SRR1039516_2_val_2.fq.gz
1.8G 10月 30 10:23 SRR1039517_1_val_1.fq.gz
1.8G 10月 30 10:23 SRR1039517_2_val_2.fq.gz
1.6G 10月 30 10:20 SRR1039518_1_val_1.fq.gz
1.6G 10月 30 10:20 SRR1039518_2_val_2.fq.gz
451M 10月 30 10:07 SRR1039519_1_val_1.fq.gz
458M 10月 30 10:07 SRR1039519_2_val_2.fq.gz
645M 10月 30 10:09 SRR1039520_1_val_1.fq.gz
648M 10月 30 10:09 SRR1039520_2_val_2.fq.gz
856M 10月 30 10:12 SRR1039521_1_val_1.fq.gz
859M 10月 30 10:12 SRR1039521_2_val_2.fq.gz
1.6G 10月 30 10:20 SRR1039523_1_val_1.fq.gz
1.6G 10月 30 10:20 SRR1039523_2_val_2.fq.gz
他首先定義index變量，為ref檔路徑
index=/refdir/server/reference/index/hisat/hg38/genome
然後執行指令碼進行hisat2比對，程式碼如下
for id in {08..23}
do
hisat2 -t -x $index \
-1 /home/project/rna/clean/SRR10395${id}_1_val_1.fq.gz \
-2 /home/project/rna/clean/SRR10395${id}_2_val_2.fq.gz \
-S /home/project/rna/align/SRR10395${id}.sam
done
送出指令碼後出現Exit，也就是說報錯了！
- 此時如何進行故障排查？
迴圈中加echo，檢視指令碼中所執行的真實程式碼
for id in {08..23}
do
echo hisat2 -t -x $index \
-1 /home/data/jjl/project/rna/clean/SRR10395${id}_1_val_1.fq.gz \
-2 /home/data/jjl/project/rna/clean/SRR10395${id}_2_val_2.fq.gz \
-S /home/data/jjl/project/rna/align/SRR10395${id}.sam
done
執行後真實程式碼打印出來如下
"hisat2 -t -x $index \
-1 /home/data/jjl/project/rna/clean/SRR1039508_1_val_1.fq.gz \
-2 /home/data/jjl/project/rna/clean/SRR1039508_2_val_2.fq.gz \
-S /home/data/jjl/project/rna/align/SRR1039508.sam"
發現$id已經成功呼叫08，09，10.......
但是
$index
沒有成功呼叫，echo出來還是
$index
本身，也就是說這個變量並沒有被解析啊！
故障原因：在指令碼中執行的程式碼如果要呼叫變量index， 指令碼外 的環境定義的變量index是 無法被成功呼叫的 。
簡言之： "全域" 定義的變量不能有效覆蓋 "局部" 指令碼內變量的呼叫需求！
- 應該如何解決故障？
必須在 指令碼內 現場定義變量進行賦值index，然後 指令碼內 才能成功呼叫index。
因此調整 指令碼全部的程式碼 如下（即添加下面第一行）
# 添加這一行
index=/refdir/server/reference/index/hisat/hg38/genome
# 後面程式碼不變
for id in {08..23}
do
echo hisat2 -t -x $index \
-1 /home/project/rna/clean/SRR10395${id}_1_val_1.fq.gz \
-2 /home/project/rna/clean/SRR10395${id}_2_val_2.fq.gz \
-S /home/project/rna/align/SRR10395${id}.sam
done
執行成功！
兩個小tips
