好脑洞诶！给题主赞一个！
先说结论：理论上来说，有可能，但目前的技术很难实现。
既然说了是平滑玻璃，那咱们就先考虑一下理想状态下的「平滑」玻璃，那玻璃表面的起伏就是分子级别了，毕竟嘛，玻璃是无机小分子啊（主要是硅酸钠和二氧化硅）。所以呢，只要两块玻璃都是理想光滑状态，压紧之后其间的空隙基本就相当于没空隙。。。
当然啦，理想状态的「光滑」在现实中是做不到的，不过现实中利用劈尖干涉（测量表面平整度的一种方法）可以把平整度精确到几百纳米（也就是零点几微米）的级别。（其实我对玻璃制造工艺并不熟悉哈，劈尖干涉是测量平整度的，其测量精确度可以达到几分之一的光波波长，也就是百纳米左右，既然能测量到那么精确，我就默认有工艺能够把玻璃制造到那么平整了哈，要是有了解玻璃制造工艺的朋友，请指正。）这个平整度基本可以做到两个光滑玻璃的间隙小于常见细菌尺寸了。。。
那接下来就只剩压死的问题了，首先啊，不是说你把两块平滑玻璃拿手往一起一压，就能把之间的细菌都压死的。。。菌们也没那么脆弱。。。画面请自行想象用双手挤压一个小水气球。。。
那多少压力能把细菌压死呢？诶？巧了，有一种食品灭菌方式就叫HPP（High Pressure Process），就是靠高压把细菌压死，我在另一个回答里提到过：
没想到吧，这问题我也能扯到食品加工。。。
咳咳。。。
高压灭菌一般要数百MPa的液压，我粗略查了一下，玻璃能够承受的压强大概也是数百到近千MPa，也就是说，如果玻璃能够完美的把压力传导到细菌细胞，是可以把细菌压死的！然而对细菌芽孢恐怕就无能为力了。。。
总而言之，理论上来说，如果两块玻璃的接触面足够平滑，而且玻璃能够把数百MPa的压力传导到接触面，是能够压死非芽苞状态的细菌细胞的。
不过现实中能不能做到。。。嗯。。。那就要看前提条件能不能实现了。。。
嗯
