关于这个在漫画里其实也有答案了：
佐助一开始是想遵循鼬的「指引」杀掉「最好的朋友」鸣人，以此来获得和鼬抗衡的力量以便进行复仇，但是在后续和鸣人的战斗中，佐助的想法改变了，最后决定「靠自己的方法」来获得力量进行复仇。
在佐助经历了灭族惨案之后，当夜发生的一切以及鼬的话语其实就如同梦魇一样缠绕着他，鼬在佐助的眼中确实是杀害父母屠戮亲族的仇人，但是鼬留下的话也成为了佐助的指引。
可以说为了复仇，佐助已经不惜一切。尤其是在收到了宇智波鼬和音忍四人众的蛊惑之后，佐助的复仇之火重燃，他向宇智波鼬复仇的心情也愈发迫切。
而向宇智波鼬复仇，首先便是需要能 与之抗衡的力量 ，这也是佐助明知道大蛇丸不安好心但是仍然一心前去的主要原因。
而除了大蛇丸这个「外力」之外，佐助同样也需要 「内力」 ，这个内力便是万花筒写轮眼。
而从上一个万花筒写轮眼使用者宇智波鼬那里得知，想要开启万花筒写轮眼，就要杀掉自己最好的朋友。
因此在鸣人质问佐助第七班的伙伴情谊的时候，佐助非常无情的做出了回答：
第七班所做的事情，最大的意义便是让佐助觉得鸣人就是他最好的朋友了。
无论发生什么事（即便是投奔大蛇丸，即便是杀掉自己最好的朋友），我都要获得力量。
PS： 鸣人佐助终末之谷这一段其实可以关注一下佐助回忆/讲述宇智波鼬说的这个开眼条件的片段，宇智波鼬这句话堪称 「古神的低语」
当然鸣人当然不知道这句话的意思，鸣人眼中最好的朋友是可以手拉手唱歌跳舞压马路的，佐助眼中最好的朋友是该被一招捅死让自己开眼报仇的。两人的思维完全就不在同一个水平线上。
之后两人使用千鸟和螺旋丸的第一次交锋也让鸣人明白了佐助对自己的杀心，而在鸣人悲痛之时佐助一心一意想的还都是要怎么高效搞死鸣人。
再然后就是鸣人就被佐助一击捅穿，并且险些被佐助给掐死。
如果佐助在此刻杀死了鸣人，那么他虽然有开启万花筒写轮眼的希望，但是也会因此沦为一个被复仇所控制的傀儡，将无辜之人牵连到自己复仇的漩涡中，佐助从今往后都无法救赎。
PS： 这是宇智波鼬对佐助的计划中最失败的一点，他虽然设计的是弟弟杀死自己为宇智波正名的剧情，但是他并没有考虑过佐助的感受，并且在他的计划中还加上了佐助最好的朋友（不管这个人是不是鸣人）这个牺牲品。 鼬对佐助的好是他认为的对佐助的好。
所以说九尾这时候不光是救了鸣人的命（没有九尾鸣人可能没法顺利躲过佐助袭向心脏的那一击，也没法让虚弱的鸣人从佐助的锁喉中逃脱），也是挽救了佐助的命运。当佐助询问鸣人究竟是什么东西时，鸣人回复了同样的话：
这句话让佐助从复仇中「清醒」了过来，实现了心态的一个转变，所以 后面两人的战斗都是从自身出发的理念的辩论 了（比如我懂你啊！你懂我个瓜皮！这种），
而在战斗中佐助也明白，鸣人不应该成为自己复仇的垫脚石，鸣人在他心中也是十分重要的。
但是作为复仇者，佐助必须要斩断这种情感，佐助已经决意与过去划开界限。
在这个时候佐助对鸣人已经没有什么「杀心」可言了，所以在最后即便鸣人倒地昏迷，虚弱的佐助也只是选择了离开。
过去惨剧的阴霾依旧笼罩在佐助的心头，
但是佐助已经做出了违背指引的决定
虽然佐助最后还是投奔了大蛇丸，虽然鸣人还是未能完成带回佐助的承诺，但是这次战斗其实也让佐助「保持了自我」，他在反抗宇智波鼬控制的路上踏出了正确的一步。
所以说在后面向宇智波鼬复仇之前，佐助其实一直都保存着自己的一份良知，
当然，这份良知，
带恶人大蛇丸是无福享受的
