水面戰艦進出威廉港的同時，鄧尼茨也從他在聖瓦登的 「作戰部門」裏向U艇部隊發出戰鬥的指令。
戰爭爆發時，分別停靠在威廉港和基爾港的 U艇總共只有57艘，但這支部隊很快就贏得了顯著的成功。開戰後沒有多久，從威廉港出航的 U-29就在愛爾蘭外海擊沈了英國航母「勇敢」號，時間是1939年9月17日。由巡洋艦改裝而成的「勇敢」號是英國海軍在二戰中沈沒的第一艘軍艦，這場災難造成576人死亡。
9月28日，華沙宣告投降的日子，希特勒再次造訪威廉港。這次元首的車隊直驅U艇碼頭，他要向U-29艇長奧托·舒哈特上尉頒發一級鐵十字勛章。
在駛過一排 U艇的途中，隨行人員特別向希特勒介紹了其中的U-33。在艇長德雷斯基上尉的指揮下，該艇剛完成41天巡航歸來，此行共擊沈了3艘英國商船。不過，該艇後來於1940年2月12日被擊沈，德雷斯基和24名艇員身亡。
當艇長舒哈特掛上了新勛章後， U-29的全體艇員也都獲得了二級鐵十字勛章，這是第一次向U艇部隊官兵頒發這種勛章。在和興高采烈的艇員們的一小時會見中,希特勒斷言:「U艇在廣大海域中所散布的真實的和心理上的影響，將在世界大戰中取得巨大的和深遠的成果。」U-29確實是幸運的，它直到1945年5月4日才以訓練艇的身份被鑿沈，至於舒哈特本人，則一直活到1990年。
結束了和戰士們的交談，希特勒轉而召開一場由高級主官們參加的會議，到會者包括雷德爾、鄧尼茨、凱特爾等人。事實證明，這次會議所討論的話題具有深遠的影響。
鄧尼茨在會上直截了當地提出要大力加快 U艇的建造速度。基於「能給英國最薄弱之點以致命打擊的有效武器仍然是潛艇」這一判斷，他提出德國海軍「至少需要300艘潛艇」。雖然鄧尼茨堅稱如果有這份實力，「潛艇部隊定能取得決定性的戰果」，但卻沒有得到什麽肯定性的回應。
結果是德國的潛艇建造計劃沒有顯著的改進，交付部隊的效率也沒有有效提高，最終證明了鄧尼茨的判斷 :「今天所耽誤的，即使今後再增產也是無法彌補的……"
頗為得意的U-S0潛艇艇長馬克斯-赫爾曼·鮑爾(左)
從某種意義上來看，
9月28日的威廉港既見證了U艇初戰的成果，又預示了其力不從心的終局。就像英國史學家戰後所評論的:「德國發展潛艇的速度如此之慢，乃英國之大幸也。"
這一論斷，在 1939年還完全看不出端倪。而在10月17日，威廉港再次迎接一位英雄艇長的歸來，他就是普裏恩上尉。由他指揮的、外殼上繪有吐著粗氣的公牛圖案的 U-47，於三天前潛入英國海軍基地斯Kappa灣，並一舉擊沈「皇家橡樹」號戰列艦。這堪稱U艇在二戰期間所取得的最顯赫和最令人吃驚的戰果。
水下作戰不斷給英國海軍造成困擾，但接下來的一段時間裏，德國人反而受到自己魚雷的困擾 --突然有大量攻擊因魚雷失靈而徒勞無功。當大批艦只駛出威廉港入侵挪威的時候，留在港區和聖瓦登的人員則把主要的精力投入了所謂「魚雷危機」。在雷德爾的命令下，魚雷監察長也趕到威廉港參與會商，卻無法得出明確的結論。結果是，高級軍官和技術主官在磁性魚雷與觸發魚雷的優劣之間、以及不同引信方式和不同定深之問爭論不休，造成U艇在形勢對自己最為有利的初戰時光裏白白錯失了許多戰機。
在逐步確立了傾向使用觸發魚雷的指導思想後， U艇重新顯示了它的能力，威廉港的U艇碼頭也再次迎接勝利者的凱旋。
1940年3月2日，經過在英國周圍水域28天的巡航，U-50順利返港，取得了擊沈16089登記噸船舶的戰績。這是艇長馬克斯-赫爾曼·鮑爾上尉的第5次出航，也是最成功的一次。和舒哈特一樣，他贏得一級鐵十字勛章，而他的手下也都獲得了二級鐵十字勛章。
同年 5月8日是熱鬧的一天，盡管在戰時狀態，U艇碼頭還是照常推出「基地開放日」，供當地居民進港參觀。接受圍觀的幾艘U艇中，最值得一提的無疑是 U-30。在艇長蘭普上尉的指揮下，這艘U艇在1939年9月3日擊沈了英國郵輪「雅典娜」號，這被認為是戰時最聳動的海上犯罪行為之一。後來，該艇又在1941年5月9日放棄營救U-110的努力，致使後者的恩奈格瑪密碼機落入英國人之手。
一星期之後， U-37奉命離港駛向大西洋。該艇裝備的是經過改進的觸發引信魚雷，這一武裝被證明是合適的。在其第5次巡航中，U-37在西班牙和葡萄牙外海收獲頗豐，共擊沈了10艘商船。
鄧尼茨在港口迎接U-37潛艇艇長維克托·奧赫恩(右)
6月9日，該艇返回威廉港。它在海上26天共擊沈敵艦船43000總噸位。和每次U艇返回威廉港時一樣，鄧尼茨從聖瓦登趕到港區迎接艇長。這次他和艇長維克托·奧赫恩的交談格外細致，U-37的經歷充分證明了U艇的威力，也表明困擾心頭的魚雷問題不再那麽突出，鄧尼茨是有理由顯得格外高興的。
U-37的返回，差不多也就是威廉港潛艇戰的終點。隨著「大西洋之戰」第一階段的開始，第一艘U艇 U-30於7月7日駛入洛瑞昂港補充魚雷和燃料。之後，更多C艇開始陸續調往比斯開灣。鄧尼茨本人帶著他的「作戰部門」於8月29日正式遷出聖瓦登，先暫時入駐巴黎，然後赴洛瑞昂指揮他的U艇部隊，
那一派 U艇進出的繁忙景象，在威廉港不再上演。
1 943-1945年:保住性命
雖然 U艇作戰基地的定位被削弱，但威廉港造船廠制造U艇的步伐並不曾停歇。1940年1月，這裏就開始建造U-751-29艘VIIC級U艇的第一艘，之後不斷加快建造速度。這自然成為盟軍空中打擊的重要目標，於是，更多更大的轟炸機即將臨空。
1943年1月27日，威廉港成為一個具有歷史意義的地點。美國陸航第8航空隊的91架B-17和B-24從英國的基地出發，展開美軍在二戰中對德國本土的首次空襲。在這次歷史性行動中，有58架轟炸機飛抵威廉港上空並投下137.5噸炸彈。第8航空隊對德國工業目標的白晝大空襲就此拉開序幕，而威廉港也成為在二戰中同時首遭英國和美國飛機空襲的德國城市目標。
美國人的首秀似乎比英國人成功得多，這次空襲摧毀了在建的 U-769和U-770，使其無法成軍。而在此前英國飛機針對U艇建造的空襲中，除了在1941年1月8日至9日夜裏炸傷了 U-757之外，其余行動一無所獲。
但對盟軍來說，繼之而來的便是失望。
英美轟炸機聯手在 2月對威廉港展開了最大規模的空襲。英國飛機連續4次大規模出動，分別是11日至12日夜的177架，18日至19日夜的195架，19日至20日夜的338架，24日至25日夜的115架。美國飛機則在2月26日白天出動。然而,盡管這5次空襲投下了5584噸炸彈，但是破壞效果卻令人吃驚得小。
值得一提的是，在美機的空襲中，美國陸航的戰地攝影師坦南鮑姆中尉在 「傑西·邦斯」號 B-17上，用16公釐彩色底片拍攝了一部戰地宣傳記錄片，取名為【孟斐斯美女號:飛行堡壘的故事】。這部長達45分鐘的宣傳片於1944年上映，以令人難忘的影像和在好萊塢制作的後期音效有力地鼓舞了美國國民的士氣。當時之所以換機拍攝，是因為這天「美女」號正在修理中。而這架B-17後於當年5月成為美國陸航第一架在歐洲上空完成25次任務的重型轟炸機，因而得到回國的機會。
更多的空襲行動相繼展開，同樣都未能取得期盼中的重大戰果。
252架B-17在6月11日空襲U艇碼頭，在遭受8架被擊落、83人陣亡的打擊後，只是證明了一點:在沒有護航戰鬥機隨行、而有大量敵方戰鬥機到場的情況下，要向港口精確投彈是非常困難的。
「傑西.邦斯」號B-17F轟炸機機組人員合影
1944年2月3日，美機展開最大規模的空襲，553架B-17投下1415噸炸彈，但仍未能對U艇制造起到什麽太大的影響。這時，威廉港已完成了VIIC級的建造，轉而為不萊梅和漢堡的船廠提供配件，為在那裏制造的強有力的XXI級U艇提供配套服務。
一個明顯的戰果直到 1945年3月才告取得。經過英美飛機的多輪轟炸，輕巡洋艦「科隆」號宣告沈沒。不過實際上只是艦體浸入碼頭附近的淺水灣中，上面的150公釐主炮塔仍可使用。於是港內守軍便把這當成固定炮台，以備打擊陸上來犯之敵。
在所有這些空襲進行時期，威廉港的裝置損失其微，造船廠更是一直保持著運作。當地的一份戰時報告驕傲地宣稱 :「(生產)停頓最多從未超過1小時。"離奇的是，這並不是吹牛，也不是地方官員邀功，而是事實。
盟軍在針對此地的 82次空襲中總共出動5668架次，投彈19048噸，付出146架轟炸機被擊落、856名機組人員陣亡的代價，卻從未獲取相應的戰果。不僅 U艇制造一切正常，甚至連德國海軍在當地的建築物都安然無恙。聖瓦登的海軍指揮部披有恰當的偽裝，加上當地散布的農場建築，以致得以成功騙過盟軍情報部門的偵察，在戰時從未遭到過轟炸。同樣「幸運」的還有當地高炮部隊的指揮部，它設在威廉港西北郊的一座古老建築裏，那裏也從未掉落過一顆炸彈。
對威廉港來說更重要的是，盡管城區的建築到 1945年4月已被炸毀了近七成，但此地的平民死亡率卻非常之低，總共只有452人身亡，1125人受傷。從統計學的角度看，投向威廉港的炸彈占投向德國炸彈總量的1.2%，以此比例推算，則死亡人數本應該翻上十倍有余。可以再參考另一組統計數位，根據死於空襲人數和投彈總量的換算,在德勒斯登平均每殺死一個人耗費0.2噸炸彈，在科芬特里是0.9噸，在倫敦是2.6噸，在威廉港則是42噸!
威廉港的相對安全有多方面原因。首先，其城區主體建設時間較短 ,建築物多為不易燃燒的磚石結構,這和漢堡等地建築多為木結構的情況截然不同。其次，這裏的消防取水較為方便，而有許多炸彈也都直接扔進了海水裏。
抑制空襲死亡率的另一個重要原因是當地防空掩體群的建設。 1940年10月13日，戈林親自圈定78座城市為新型防空塔的建設優先城市，其中就包括威廉港。從次月開始，這裏就開工建造頂部厚1.4公尺、墻體厚1.2公尺的防空塔。到1941年夏，建設標準提升為頂部厚2.5公尺、墻體厚2公尺，每座塔內可容納700余人。
"科隆"號輕巡洋艦的艦體雖然被盟軍炸沈入水,但艦面以上部份仍然浮在水面上,艦上的炮塔也都可以繼續使用
到美軍展開空襲的
1943年，威廉港已建成了304座大型防空塔，由於此地的常住人口已經從1940年的133000人減至73000人，因此差不多每個人都可以在防空塔裏找到自己的一席之地，值得稱道的是，所有的防空塔都經受住了炸彈的考驗，在戰時無一損毀。這些救命的建築物的總造價相當於四分之一艘「提爾皮茨」號戰列艦的成本，和用於制造武器的開支相比，這樣的花銷才是真正值得的。
1945年5月:投降
威廉港在二戰中後期的日與夜，就是在美英轟炸機的交替來襲中度過的。所幸的是，敵人的來犯也就僅此而已，沒有海上的敵人，也沒有陸上的，直到 1945年戰爭的最後時刻，情況才開始發生質的變化。
戰爭進行到這時，盟軍已可以看到勝利的前景。為了能夠在第一時間控制住德國的港口，盟軍遠征軍海軍司令哈羅德 ·布羅上將下令組建了一批海軍突擊隊，每個都指向一個德國港口，任務是奪取主要港口設施、接受當地海軍部隊投降、清理水雷開辟水道等。
成立於 1945年2月的第1735海軍突擊隊的目標就是威廉港。這支突擊隊由愛德華·康德爾上校指揮，編有130人。4月10日，這支部隊在漢普郡海岸接受了校閱，5天後出發。
與此同時，另有一支地面部隊也正朝威廉港疾進，他們不是英國人，也不是美國人，而是波蘭人和加拿大人。
加軍搭乘「謝爾曼」坦克進軍
1945年4月，蒙哥馬利的第21集團軍群在荷蘭北部和德國西北部迅猛推進，其中位於加拿大第1集團軍戰區的右翼、由蓋伊·西蒙茲中將指揮的加第2軍，準備在奪取不萊梅後即轉向北面，進而奪取埃姆登和威廉港。
4月20日，該軍麾下的波蘭第1裝甲師和加第4裝甲師成功封閉了埃姆登-威廉港半島的南部。21日，康德爾的突擊隊部份人員加入加第4裝甲師的佇列，向威廉港攻擊前進。26日，不萊梅宣告投降。5月4日，加第4裝甲師和康德爾突擊隊進至威廉港東南面35千米處，波蘭第1裝甲師則進至威廉港南面22千米處。
然而，這場盟軍之間的進軍競賽已經不再有意義， 5月4日6時30分，駐荷蘭、德國西北部和丹麥的德軍宣布無條件投降。
負責保衛埃姆登 -威廉港地區的德軍埃裏希·斯特勞伯將軍是樂見此舉的，他的部隊號稱是一整個傘兵集團軍，但卻只包括沒有經驗的新編傘兵部隊、空軍的剩余人員、雜七雜八的海軍地面作戰部隊。在威廉港，他根本沒有野戰炮可用，湊手的只有一批高炮，還有沈掉的「科隆」號的主炮。
德軍宣布停火後，西蒙茲立即在 5日與斯特勞伯就投降細節進行了會晤，並在之後下令波蘭第1裝甲師前往威廉港外圍的耶佛，由加第4裝甲師占領威廉港。不過他在當天晚上11時改變了主意，決定把占領威廉港的榮譽交給波蘭人。
波蘭師長史坦尼斯拉 ·馬切克少將認為這道命令對於自1939年戰鬥至今的波蘭人是一種褒獎，他當即讓第10裝甲旅旅長格魯津斯基上校帶領一個戰鬥群趕往這個港口。6日清晨6時，格魯津斯基拔營出發。
馬切克少將準備全面接收威廉港，但有一個人卻不這麽認為，他就是康德爾上校。改變的命令在 6日淩晨1時送達加第4裝甲師，這讓康德爾覺得非常不滿，接著他覺得自己既然是負有布羅上將的命令，那就可以無視西蒙茲中將的決定。
他立即帶領 4輛吉普，從營地全速趕往威廉港。這些英國人一路與波蘭坦克擦肩而過，接著比波蘭人早一點，於中午之前趕到了威廉港的城區。康德爾一行馬不停蹄，接著前往此行的主要目標--德國海軍指揮部所在地聖瓦登。
不久後，格魯津斯基也趕到了城區，而一個德國投降代表團也在此時出現。天空中飄起了細雨，一場德國人向波蘭人投降的簡短儀式開始了。
在這個歷史性的時刻，投降的是威廉港要塞司令官華瑟 ·穆爾紹上校、威廉港警察總長費迪南·赫斯克、納粹區長官伯恩德·霍斯特曼、市政長官格奧爾格·謝夫；受降的則是格魯津斯基上校、波蘭第2裝甲團團長米夏爾·古托夫斯基少校、偵察營軍官傑茲·瓦西列夫斯基上尉。德國人帶來了一名講英語的轉譯，不過此舉純屬多余，因為格魯津斯基講得一口流利的德語。
威廉港德國軍政要員向波軍投降
波蘭坦克開始向城區和港口開去，這些
「謝爾曼」式坦克幾乎無處不至，唯獨沒有開上威廉皇帝橋因為擔心坦克太重，波蘭人是騎著自由車上去的。德國人沒有想到這些頭戴貝雷帽、身穿英式制服的人是波蘭人，起初產生了不小的恐慌，但事實上波蘭軍人始終表現得訓練有素，有禮有節。
另一方面，康德爾和他的人到達了聖瓦登。在德國海軍北海最高司令部的大門口，還站立著姿勢筆挺的哨兵，康德爾徑直上前要求與此地的最高長官對話。福爾斯特上將並不在場，這時的最高長官是庫特 ·韋耶海軍少將。接到報告的少將正和軍官們共進午餐，他冷靜地用完了餐點，才出來會見英國人。接著，便是另一次簡短的投降儀式……
1945-1948年:肢解
當德國上一次戰敗時，英國就曾計劃全面摧毀威廉港的戰爭潛力，但最終因為種種原因而不了了之。這一次，英國人決心不再覆轍重蹈。
還在 1944年的時候，英國人就申明了要使戰後的德國海軍不再具備開戰能力的「立場，並且對這一點表達了極為強硬的態度。全面裁軍、消除潛在威脅、避免【凡爾賽條約】那樣的錯誤是皇家海軍所一再聲明的。
具體的步驟包括 :收納所有投降的水面艦只和潛艇，將其集中到指定區域，由戰勝國決定如何瓜分或銷毀。不能給德國留下任何可以滋養一支新海軍的資源，這就意味著要摧毀德國的海軍基地和海軍造船廠，其中尤其要加以「徹底摧毀」的便是威廉港和基爾港。
當德國宣布投降後，大小不等的德國水面艦只向威廉港陸續集中，等待命運的裁定，此時保留在港中的還有 14艘U艇。當地的兵營則成了投降的海軍官兵暫時的拘押地。住在自己熟悉的地方，令人感到放心，只是當鄧尼茨遭到逮捕的訊息在5月25日傳來時，才在這些放下武器的人當中引起了一陣不安。
U艇官兵離船上岸，前往臨時拘押所
兩艘大型軍艦在
28日抵達威廉港，它們是此前已經在哥本哈根被英軍解除武裝的「歐根親王」號和「紐倫堡」號。由於沒有攜帶炮彈，並且只載有最少量的燃油，這兩艘巡洋艦在駛入IV號入口時顯得有些奇怪:艦身明顯高出水面很多。
IV號入口也稱「雷德爾之鎖」，雷德爾元帥曾在1942年11月7日主持這裏的啟用儀式。建成時，它是世界上最大的港口水道之一，現在則成為德國海軍再次衰敗的見證者。
德國水兵在等待，戰勝國則在爭執不休，在 1945年7月的波茨坦會議上，英國人再擺強硬態度，提出要鑿沈全部德國艦艇，但蘇聯人表示不同意。經過反復蹉商，最終達成的一致意見是鑿沈大部份U艇，只保留30艘用作技術研究，水面艦只則由英、美、蘇三個戰勝國瓜分。
12月14日，「歐根親王」號最後一次離開威廉港，駛往目的地美國。18日，蘇聯紅軍到港，開始接收屬於他們的軍艦，其中最大的「紐倫堡」號於1946年1月2日離港。當年夏天，英國接收的艦艇最後離開威廉港。
艦艇的處理告一段落，英國人則還有一項大工程要進行，那就是 「徹底摧毀」威廉港的軍事潛力。為了把此地變成一個純粹的商貿港口，英國人擬制了多套復雜方案，最終選定的是其中最為廉價的一種:建造3個水壩截斷多處入口，炸毀大部份制造裝置。
結果，包括 「希佩港」等在內的多處港區被水壩阻斷，形成了不大不小的人工鹽水湖。至於岸上的設施，到1945年底時已經摧毀了一半，盟軍計劃要在18個月內摧毀所有的潛艇和軍艦掩體。
海軍造船廠存在並運作了很短的一段時間，因為要在這裏對即將被拖走的艦只實施修補和維護。當這些工作都完成後，造船廠的裝置被拆裝到 38艘大型貨輪上，啟程運往蘇聯。
最後，英國工兵開始爆破造船廠的廠房以及威廉港的入口。在這裏的四個入口中，只有 1號入口得以保留。III號入口即「提爾皮茨之鎖」甚至被完全填埋掉了。「舍爾港」北岸的U艇碼頭於1948年完全拆除。
這一切全部完成後，借助著納粹德國的對外擴張而再度興盛的威廉港又回到了一戰結束時的原點。無論是港口的情形，還是岸上的景物，都無法再讓人聯想起昔日的德國海軍了。
威廉港岸上設施經盟軍破壞後已面目全非
這時，導致這一切破敗後果的那個人早已經在柏林自殺，而距離這位德國獨裁者最後一次向威廉港民眾發表演說也已經過去了多年的時光。當年那次演講中籠罩港城的嘶啞聲音早已消散，曾經激起民族情緒的演講內容也已被人淡忘，不過，歷史卻仍然記得這樣意味深長的話
:「任何想要評估德國盛衰的人，都請放眼來看看威廉港的發展吧!」（全文完）
