我目前坐過 新加坡 香港 深圳 北京 紐約 華盛頓 亞特蘭大 波士頓等城市的地鐵
香港地鐵是所有我坐過的 地鐵中換乘最方便的 。50%以上的換乘，就在同一層，就是你下車的對面。
香港的地鐵是 按需建設的 ，你所說的重復，比如東湧線和機場線的問題，人們去機場要求的是便捷和快速，這就意味著，要盡量少的站，以減少時間的浪費。而東湧線是滿足人們日常的出行需求，這樣就必須有盡可能多的站來提供給人們方便。另一方面，你說的路線分布不公平，路線沒有照顧到的地區實在是經濟上欠發達、人口也相對較少，對地鐵的需求相對不是那麽大。所以，在建地鐵的時候，優先級會靠後。
另外，你說的尖沙咀和尖東的 換乘問題 ，問題本身就是有問題的。尖沙咀的站是地鐵，而尖東是城鐵，城鐵的路線不是在地下而是在地上，要想做到無縫換乘幾乎是不可能的。還有就是地鐵和城鐵本來是分屬2家不同的公司，大概在3-4年前才合並為一家公司，就是現在的MTR。所以，當初在設計之初，也肯定是存在一定的歷史遺留問題。
最後，都說港鐵的 盈利模式 或是經營多麽厲害，其實不然。這是由於特區政府給予了港鐵公司特別的優惠，即港鐵公司可以無償獲得地鐵站上方的土地所有權（或是經營權）。所以港鐵公司，實際又是香港最大的地產商或是商鋪經營商之一。反觀，港鐵不是也參與了北京地鐵的某條路線的營運，單是縱然是港鐵在管理，如果沒有特區政府給的這種優惠條件，沒有商鋪，沒有土地，港鐵營運的路線是絕對不可能掙到錢的，還不是得靠政府的補助。這是我之前的答案，我要對此做個修正。同時
@郝帥鵬的答案存在一些誤區。
眾所周知的是，地鐵建設是一項費用高昂投資，如果單憑港鐵自己獨立投入，會極大的拉高成本，所以就會導致盈利困難。這也是為什麽大多數的地鐵營運公司都在賠錢的原因。賠錢不是因為營運賠錢，而是因為前期的高額投入。
因為盈利=收入-成本。
港鐵做開發和建設的時候，就會引入地產開發商。共同承擔鐵路建設的成本，而報酬就是地鐵站上方的地產經營權。所以，港鐵的投入就會減少很多，才能夠在實作盈利。
而根據
@郝帥鵬的答案，港鐵確實是盈利，能看出來營運的收入是大於支出的。但是絕對不能否定地產對港鐵盈利的重要意義。
ps 憑記憶作答，可能與事實有些出入，歡迎指正。
請大家看下
@麥原的答案，很多地方更加準確。
http://www. zhihu.com/question/2059 7563/answer/18049179盈利模式部份請參見@郝帥鵬 @樓學的回答，他們的回答結合起來的話最好。
