铁路公安自1949年成立以来，延续了与铁路部门对应的四层三级机构设置体制，尽管在名称和行政级别上有所调整，但总体层级未变。长期以来，关于铁路公安的性质问题一直备受争议，特别是在市场经济体制下，其作为「企业保安」还是国家警察的身份模糊不清，直到2009年底铁路公安转为国家公务员并纳入国家政法体系后才得到解决。铁路公安不同于铁路运输企业，它不是授权性行政主体，而是职权性行政主体，即国家行政机关。身份的模糊主要源于历史体制设置及铁路运输企业在人权、财权上的控制。
根据2009年中央15号文件精神，铁路公安全面从铁路运输企业分离，并纳入国家政法管理体系，7万多名铁路公安民警通过考核和考试被纳入国家公务员管理范围。铁路公安维持原有机构、业务范围和职能不变，实行垂直管理，由铁道部公安局统一领导，中央财政负责经费保障。改革后，铁路公安系统与铁路运输企业在人事和经费上彻底脱钩，并与国家公务员体系完全接轨。所有转制的民警至2010年底完成了身份的转换，与铁路运输企业及相关工程、建筑公司在人事和经费上彻底脱钩。尽管改制顺利推进，转制后的管理问题仍旧引发了一些质疑。
铁路公安作为最早进行转制的部门，整体转出并垂直管理，经费由国家财政支持，进行得相对顺利平稳。转制后几年，除了编制身份和工资结构的变化，工作任务和运行模式基本没有改变，相关配套制度建设仍在磨合阶段。2013年铁道部撤销后，铁路公安的管理关系经过调整，由铁道部公安局更名为铁路公安局，主要业务由公安部领导，党政工作由中国铁路总公司主导。2019年，中办、国办印发【公安部职能配置、内设机构和人员编制规定】，决定组建公安部铁路公安局（原公安部第十局），不再实行双重领导体制，由公安部统一管理。
铁路公安的行业属性造成其治安管理业务与铁路部门职责相交叉，特别是在高铁时代，任务加重，业务范围变得模糊，部分工作甚至涉及铁路职工的职责。转制后，铁路公安由于业务范围的特殊性，仍需执行原铁道部的文件和命令，按照原铁路管理局的要求开展工作，其实际业务范围和工作方式并未因身份转变而改变，依然保留着「铁路职工」的职业特点。随着高铁对安全检查和线路维护要求的提升，铁路公安的治安管理和刑事侦查业务逐渐减少，更多地承担起原本由铁路工人负责的工作，更多地遵从企业管理要求而非法律规范。
尽管铁路公安体制上归属公安部，但公安部尚未根据铁路公安的特殊性进行专门执法规范化建设，现有执法依据仍停留在原铁道部制定的规章制度层面，缺乏规范性。铁道部撤销后，铁路总公司作为企业，无法从法理上继承原铁道部的行政法规，更无权对铁路公安提出新的规章要求。转制后的铁路民警身份认同感未明显提升，国家公务员身份与之前的铁路企业民警相比变化不大。虽然转制前对铁路公安的规格和编制限额进行了摸底与商定，但转制后的岗位职数、内设机构编制等问题未能及时解决，影响了民警的晋升和职业发展。
在全国铁路公安改制前，铁路公安民警的工资福利待遇是根据所属铁路运输企业的效益确定的，效益好的企业工资涨幅和奖金较高，使得全国各铁路公安局之间的工资福利待遇差异明显。改制后，由于七万多名铁路民警转为国家公务员，工资福利标准本应统一，但选择哪一地区的标准作为依据成为难题。如果统一标准，部分地区民警收入可能提升，而另一些地区的民警收入则会大幅下降，容易引发行业震荡。改制的最终方案采用了折中的方法，以铁路公安局、处所在城市的公务员工资标准来确定铁路公安民警的工资福利待遇。
铁路公安作为行业警种，在计划经济时代由于特定的体制设置需求，被置于一个在法治时代看起来不符合法理的位置。随着国家经济的市场化进程和铁路运输企业的特征日益明显，政企不分的问题逐渐突出，这一点在铁路公安转制过程中表现得尤为明显。通过从地方铁路企业彻底剥离并纳入政府行政管理，铁路公安的职权性行政主体地位得以强化，更加符合国家权力运作的规律。尽管改革过程中还存在一些未解决的问题，铁路公安的整建制保留及转制后的体制调整无疑增强了我国政法体系的合理性。
