宏观层面上，主办侦查员制度不仅完善了刑事司法责任体系，贯彻落实了全面推进依法治国的要求，还在网络媒体高度发达的时代背景下，通过促进公安执法规范化建设，加强了人权保障，有效避免了冤假错案的发生。在大数据技术的支持下，主办侦查员带领协办侦查员全程负责案件侦办，将大小案件均视为「专案」，既整合了警力资源，又提高了办案质量。而从侦查员个体层面来看，主办侦查员制度通过「全程负责」、「终身负责」的机制，督促侦查员树立责任意识，提升其办案能力与执法水平，并赋予与其责任相匹配的职业保障，提升待遇，完善激励机制，拓宽晋升渠道，促进了侦查队伍的职业化稳定发展。
主办侦查员与主任检察官制度的核心是办案责任制，强调权力与责任的对等。侦查权与检察权虽同属司法体系，但属性各异，其中侦查权兼具行政与司法双重特性，既作为刑事诉讼的首要环节体现司法属性，又因其主动性和管理性展现行政色彩。在司法体制改革中，主办侦查员制度虽多被探讨其司法属性，但实施中却面临行政管理体系的挑战。公安机关侦查人员作为制度主体，深受行政机关管理影响，内部行政色彩浓厚，主办侦查员的权益保障易受领导态度及人事变动影响。因此，推进主办侦查员制度时，不仅需公安机关领导支持，还需与政府决策部门协调，以克服行政权属性带来的阻碍。
司法体制改革是一场全面综合、触及根本的自上而下改革。例如，最高检通过发布指导意见明确检察官办案责任制的「双轨制」，并推广至全国，上海市普陀区检察院据此制定实施办法，成效显著。然而，现行主办侦查员制度在顶层设计层面较为模糊，缺乏明确的主办侦查员地位、职权、员额标准、遴选程序、办案组织形式、案件适用类型、归责路径、追责机制、豁免规则及责权利边界。同时，现行法律法规限制主办侦查员的权力，影响其侦查效率。虽有学者建议赋予主办侦查员更多权力，但这也带来了追责问题，可能导致负责人与主办侦查员相互推诿，成为逃避担责的工具。
侦查工作相较于检察工作，其工作难度、风险及压力均较大。侦查工作需要从无到有地全面收集案件线索，获取犯罪证据，分析案件事实，并依法制作证据材料和文书卷宗，将案件事实移送检察院审查起诉。侦查工作既受案件客观条件限制，又受主观因素影响，难度较大。而主任检察官的工作则主要是静态的、片段式的证据判断活动，难度相对较小。侦查工作涉及多个环节和多种行为，每个行为都是主办侦查员面临的潜在风险点，一旦案件出现问题，主办侦查员将承担全程负责、终身负责的责任，且难以规避风险。相比之下，主任检察官可以通过多种方式提高案件质量，规避自身风险。
主办侦查员相较于主任检察官，承担着更大的压力。在侦查阶段，主办侦查员不仅需与控诉阶段相衔接，还需直接面对人民群众，承受来自被害人及其家属、犯罪嫌疑人及其家属、知情人以及社会公众和媒体舆论等多方面的压力。被害人及其家属因权益受损，情绪激动，迫切希望案件得以侦破，但案件侦破受多种因素影响，难以迅速解决，易引发对侦查人员办案能力及廉洁性的质疑，甚至通过媒体寻求舆论支持，给主办侦查员带来巨大压力。而主任检察官在控诉阶段，主要接触侦查人员、法官等群体，所承受的压力相对较小，远低于主办侦查员所面临的复杂环境和多重压力。
为了优化主办侦查员制度，需深入贯彻责权利相一致的原则，不仅要细化主办侦查员的办案责任，明确责任认定与豁免规则，平衡追责与免责，同时明确权力清单，放权与控权相结合，提高待遇保障以激发工作积极性。要健全主办侦查员制度的运行机制，包括理顺与行政领导的关系，确保主办侦查员能够独立行使侦查权，同时加强内外部监督，建立责任倒追机制，保障侦查工作的质效。完善管理制度，通过动态员额制选拔招录主办侦查员，建立办案档案，制定培养计划，科学设定考核指标，实施奖惩机制，并采取申请退出和强制退出相结合的方式管理主办侦查员队伍，确保制度可持续改进。
