开个坑，虽然多半没人看。
1.千手一族成功获得村子支配权，然而死得只剩纲手一个，被打压的宇智波一族反而人丁兴旺，挂逼倍出。敢情还是躲在角落里生孩子好啊。也有人说千手一族死于忍界大战死于九尾来袭等等，但岸本没说只能视作脑补。个人理解是，岸本创作初期压根没想那么多（他说过自己一开始只考虑了前八话的剧情），最初他确实是把三代设定为最强火影（被自己神打脸），初代和二代的故事压根没想碰，连纲手的名字最初也是纲手姬（三忍原型出处【儿雷也豪杰物语】里的名字），千手家族是后来强行增加的设定，出现bug也就在所难免。
贴一张曾经的千手家族的图（二代好帅）。
2.既然是新增设定，那bug也不止这一个，例如千手家族的仙人体就让我很费解，因为千手家族只有初代一人具有仙人体，这个仙人体家族也太名不副实了吧（二代要有仙人体就不会是以水遁宗师和禁术专家的名号著称了，纲手亲口承认过自己没有仙人体），反观隔壁的漩涡家族，个顶个的小强。如果光是名不副实也就算了，但这样的家族是如何做到在战国时代和宇智波家族分庭抗礼的…
3.六道俩儿子的设定是哥哥因陀罗才能优秀处处压弟弟阿修罗一头，阿修罗借助众人的力量变得强大，他们的转世也是一样。不一样啊岸本桑！！！从初次见面到终结谷全是初代压斑爷一头，初代是依靠自身能力强大的，借助他人力量强大的反而是斑爷。
4.综上，因陀罗和阿修罗真正的设定是弟弟是个笨蛋加深柜GAY，哥哥是外表高冷实则极度仰慕弟弟的倒贴GAY。好了，bug解除。
5.斑爷复活时是个年轻人…
6.缺一只眼用不出须佐的带土和缺两只眼还用得66的斑爷…有评论质疑说须佐是查克拉的具现化，所以开过的须佐的都能再用，但佐助在武士桥对卡卡西动手时有一段因为视力下降导致须佐消失的剧情，在漫画484话/动画435话。
7.同样被更改了设定的还有再不斩，初期登场时被卡卡西说成死于自己野心的阴谋家。结果后来的设定是再不斩的造反对象是血雾之里的首领，而六代水影长十郎视其为偶像，活脱脱一个雾隐英雄的形象。岸本又打自己脸。
8.再不斩逃离雾隐村时白还是个小孩，而之前的剧情却说白在雾隐当过追忍，如果用天资聪颖勉强还能解释，但为毛衣服居然还能合身…
9.第二部出现尾兽和人柱力的概念并把我爱罗强行拖入这个系统成为人柱力后，用第一部的剧情来看，不能自由借助尾兽力量，还要分出力量防止尾兽暴走的我爱罗堪称最惨人柱力，难怪被抽走尾兽后我爱罗反而变强了，心疼…
10.鸣人这个预言之子名不副实，他就干了两件事，和尾兽和解以及安定忍界。和尾兽和解的事，奇拉比我爱罗一先一后也能办得到，至于安定忍界…与其说是鸣太子功劳盖世还不如说是长门那套知晓痛楚的哲学实现了…壮哉我真·预言之子长门！
11. 自来也教四代的时间问题，剧情里自来也在妙木山一直修行到收到预言，收到后又马上旅行到二战爆发，二战中又收养了弥彦等…所以，你到底是啥时候教的比弥彦年长的四代的啊…
12.猪鹿蝶三家的后人都是世代组队，也就是说，三家的孩子都要同一年从忍者学校毕业。神奇的是，鹿久这一代居然做到了！鹿丸这一代也做到了！鹿代这一代还是做到了！逗我呢，你们是有保证能怀上的秘药么？我看你们还能再玩几代。
13.三代火影最强火影这个设定被吐槽了无数次，我来帮岸本说两句，如果去掉所有的仙术，禁术，秘术，血继限界，血继淘汰，血继网罗的话，三代还真成最强火影了。不信？你让初代不用木遁和仙术跟全盛时期的三代打一架试试。然而这并没有什么卵用。
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14.晚饭后又想到几条，剧情里说鸣人在忍者学校的毕业考试失败了三次，然而他最后却和同龄的佐助鹿丸等人参加了同一场毕业考试。难道九小强全部考了三次？或者鸣人天赋异禀，提前考了两次？
15.此条在评论中被指正，不算了。
16.香磷的回忆中二柱在死亡森林的考试里使用了狮子连弹轻松自如地击倒了一只熊。然而第二场考试刚开始没一会大蛇丸就袭击第七班并且给二柱留下了咒印导致二柱不能正常使用查克拉，二柱在第三场选拔考试里使用狮子连弹之后给身体造成极大负担，让二柱意识到这招不能常用。这算前后矛盾吧…有评论质疑说这段是动画组原创剧情，实际上原作里是有这段的在漫画482话。
其实我挺心疼香磷这个角色的。
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11月10日更新
17.大蛇丸被佐助干掉的消息传到晓组织时鬼鲛说大蛇丸脱离晓有十年了，其他人没有表示反对。但鼬加入晓才八年，蛇叔还在晓组织里袭击过鼬。
18.四代作为完美好男人，最大的缺点不是偶尔犯傻以及给招式取一些又长又中二的名字，而是写得一手烂字….
19.开挂最狠的绝对不是佐鸣两个表主角，而是带土这个暗线主角。12岁开万花筒秒杀一群雾隐中忍上忍，同龄的鸣人二柱还在被小李狂虐。14岁无师自通幻术水平达到忍界巅峰，足以控制九尾袭击木叶，还同时控制三尾及其人柱力，而16岁的二柱只能反弹虚弱状态下蛇叔的幻术，对奇拉比使用幻术时还被八尾解除失败了，即使是最后获得六道之力的佐鸣二人，单挑也未必是成为十尾人柱力的带土的对手。更可怕的是带土开挂的不止是能力，连思想性格也一样开挂了，处于中二期的年龄却能冒充斑把年长自己五六岁已经成年而且阅历丰富的长门骗得玩弄于股掌之中。所以，说卡卡西和他比是弱鸡的别再苛责卡卡西了，不是卡卡西无能，而是实在斗不过作者亲儿子啊。
20.血继限界在第二部引入查克拉属性的概念后被重新定义为两种查克拉属性的混合，这样可以解释白的晶遁（风＋水），却解释不了宇智波的写轮眼，辉夜一族的尸骨脉和左右近的连体，于是岸本加了条设定为一些身体变异也算血继限界，典型的岸本式强行更改设定。这样强行改设定的后果就是，本来等级高于血继限界的血继淘汰优势却并不明显，甚至还有万花筒写轮眼这种比血继淘汰还厉害得多的血继限界，岸本你的锅。
21.接下来几条都是关于日向这个bug家族的。最初在中忍考试时岸本挖了写轮眼出自白眼以及日向天忍的坑，结果在第二部的主题变成柱间和斑爷的宿命再变成六道俩儿子的轮回之后，日向家族这个对主题没有鸟用的坑就被弃了，因为写轮眼祖先直接就成了六道仙人，不是出自白眼。大概是心里过意不去，岸本在最后又填上了这个坑，说辉夜有白眼，并且由次子羽村继承。结果填坑填歪了，又说轮回眼和写轮眼是辉夜吃神树果实长出来的，也就是说，白眼和写轮眼除了曾经长在同一个人身上，并没有其他联系...而日向天忍这个坑则是直接和宁次这个天忍转世一起被抛弃了。
22.在挖出写轮眼出自白眼这个歪坑后，岸本又多次让剧中角色强调日向家族是木叶最古老的一族。但第二部的设定是，木叶村是由千手一族联合宇智波一族的人建立的，而最先加入木叶的也是猿飞一族。即使从家族历史来看，羽衣的两支后人分别成了千手和宇智波，羽村的两支后人是日向和依然保留大筒木姓氏的月球一族，日向应该和千手以及宇智波历史相当，岸本设想的日向家族历史长于宇智波家族的最初设定又被自己第二部加入的六道仙人一族推翻了。
23.岸本填坑填歪了之后又把日向一族从坑里拖出来在剧场版【The Last】里鞭了尸。剧中舍人将月球一族和日向一族的能力融合之后居然搞出了祖宗羽村和老祖宗辉夜都没有的超级外挂——转生眼...日向家族真是不按常理出牌的一族，难怪现在还诞生了博人和向日葵这两个新生代挂逼。不过日向家族挺可怜的，宁次有句介绍是日向家族有史以来唯一的天才，结果还被岸本写死了…
24.三代的回忆里他在年少时就被初代和二代任命为了火影，而团藏死前的回忆却是二代牺牲前选中了一心为了同伴的三代。这些如果是bug还好，要是三代的回忆属实的话，那二代和三代真是俩影帝加心机婊。
25.岸本说自己一开始是打算把鼬写成坏人的，但后来喜欢鼬的人太多，于是决定把他写成好人，这样一来bug又出现了...最典型的就是鼬在保护下佐助的同时又让他去寻求力量，直接导致了佐助投奔大蛇丸，鼬对大蛇丸的目的不可能不清楚。大家都知道，如果不是几位小强外加砂忍三姐弟拼死拖住音隐五人众，二柱当时就被蛇叔夺走身体了。作为正常的哥哥最起码也要在暗地里出手拖一把时间，而鼬这个把弟弟看得比村子还重要的弟癌居然什么都没做，表示不能理解鼬的动机，不用说鼬早已料到小强们刚好能把时间拖到大蛇丸憋不住换身体为止，鼬不是上帝。
26.宁次讲述宗家和分家的故事时，提到云隐村来和木叶签订同盟的首领在掳走雏田时被日向日足击杀，造成两国间的外交紧张的事。云隐村的首领理论上就应该是雷影了，然而当时岸本画的角色无论是外貌还是事迹都无法和二三四代雷影对得上。也有地方说此人只是一个外交使者，为此我专门找来了原版日文漫画，这里的「忍头」二字指代的应该是首领而非外交使者，又一个前后矛盾。
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11月12日更新
27.兵之书里提到木叶村建立于当时剧情的六十年前，也就是纲手出生前十年，四战爆发前六十四年。而木叶是忍界第一个忍者村，之后被纷纷模仿，然而设定书里提到大野木和无作为岩隐村使者被斑爷暴打一顿是在四战爆发的六十六年前，当时连木叶都没有，更不用说岩隐，但斑爷和大野木清清楚楚地戴着木叶和岩隐的护额。按年龄大野木当时是13岁，但我不想吐槽这张脸...
28.木叶的名称是斑爷取的，而火影则是柱间取的，这个称号也同样被其他四大国用了去。然而我们可以在大野木更年幼，也是在六十六年更之前的剧情里看到岩隐村已经诞生并且使用了土影的称号。
29.剧情里斑爷在和柱间提出绝交之后便离开了木叶，但大野木二人被斑爷暴打时斑爷自称代表木叶，并且戴着木叶的护额，而从语气上看已经同柱间决裂，略矛盾。
30.忍者学校在第一部的设定书里写着是二代创立的，但在第二部里却说是初代的理念。如果按照第一部里二代创立的剧情再结合第二部里提到的二代是在初代死后继位的设定，那么初代在忍者学校创立之前就已经去世，而按照兵之书里忍者学校创立于五十多年前的说法，纲手当时还没有出生，但第二部里柱间不但在生前就看到了纲手出生，甚至还知道纲手继承了自己的好赌。
31.兵之书里的前期设定和后期不相符的也不止这一处，例如经常得到别国委托的雨隐村。而我们知道，后来的设定是，从半藏时期开始，雨隐村就一直是个与世隔绝的地方。
32.获得初代细胞的人都拥有着极为恐怖的查克拉量，例如各种大招随便放打架几百场不喊累的带土，一手写轮眼用来浪费的团藏（长门和卡卡西使用不是自身的瞳术时对查克拉和自己身体的损耗极大，唯独团藏没有这样的副作用），还有复活后狂用须佐收服九大尾兽不带喘气的斑爷，只有大和是个例外，在陪鸣人修行和重建木叶时两次出现查克拉枯竭的情况，完美遵从了正面角色不如反面角色时髦的热血漫定律。
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11月15日更新
33.影分身之术的设定是将查克拉平均分给每个分身，因而宁次说过即使用白眼也无法看出哪个是本体，也导致这招对施术者风险太大而被定为禁术。如果以上描述为真，那么影分身绝对是一个风险超高的的禁术。然而剧情里经常是鸣人随随便便就分出几十个影分身来，按照剧情里常态鸣人查克拉量是卡卡西四倍的设定，如果分出四十个，那么每个分身的查克拉量只是卡卡西的十分之一，理论上几乎不足以用出任何厉害的招式，还会极大地削弱本体，按照鸣人那种一通乱揍的打法必然浪费大量查克拉，然而剧情里这似乎对鸣人毫无影响...更可怕的是，波之国的剧情里，卡卡西在和再不斩大战之后居然还弄出了几十上百个影分身，所以，告诉我这个术的风险在哪...
34.鸣人创造螺旋手里剑之后被纲手列为S级禁术，并说越厉害的术风险也越大。而鸣人后来分别将仙术查克拉和尾兽查克拉融入螺旋手里剑时，招式的威力大增，风险却反而消失了。
35.关于蛋疼的结印问题...岸本前期说得好好的每个忍术都有对应的结印步骤，例如卡卡西和二柱每次用千鸟时都有结印，但这个设定后期经常莫名其妙地消失。有人说是岸本没画或者动作太快，然而武士桥之战时，二柱用右手捏住左手手臂，左手掌心直接就出现了雷光，OMG这真是因为动作太快？大蛇兜在和佐鼬兄弟对决时，一瞬间用出了水遁大瀑布之术，而这个术上一次是在卡卡西和再不斩的对决里出现的，那次可是结了几十个印...
36.这也是由上一个bug引发的连锁效应，武士首领三船号称忍术对其无效，因为他的出招速度极快，可以在对方结印完成之前进行打断。然而对于这么一帮结印完全不需要时间，甚至不结印的外星忍者，你确定能打断？
37.六道多次被提及时都被描述为创造了所有忍术的人，但是火影里又有各种「XXX的独创忍术」的台词，例如卡卡西的雷切，二代的秽土转生等等。当然也有一个可能是六代确实创造了所有的忍术，但后人没有继承完全，于是又有人独立发明了这些招式，例如宁次自创的和日向家的宗家绝学一模一样的回天和八卦六十四掌。然而即使是这样也依然槽点满满啊，我实在无法想象使用色诱之术的六道老爷子...
38.每个人只能和一种类型的动物签订契约进行通灵（畜生道可以不订契约来召唤，属于特殊个体），这是剧情里提过的，佐助在万蛇死后和鹰签订了契约，并在和团藏对决时用过。在这场连续对战里佐助的眼睛瞎掉了，之后接受了移植鼬的眼睛，移植完成后立刻卷入了四战。但是再之后的新三足鼎立的剧情里，佐助的通灵兽赫然变回了青蛇。
39.六道仙人的两支后人分别继承了阴遁和阳遁的查克拉，但是因陀罗的后人里斑和鼬有阳遁查克拉，阿修罗的后人里，二代有阴遁查克拉，玖辛奈甚至只有阴遁查克拉，没有阳遁查克拉。
40.小李在【临之书】和【兵之书】里忍术能力都是一格，然而在记录修行三年后实力的【者之书】居然变成了零，不带这么欺负人的。
41.后期外挂能力膨胀太严重，造成了实力体系一定程度的崩坏现象，例如许多人都觉得疾风传的宁次从第一部的天才变得泯然众人了。实际上我们梳理一下宁次的人生履历会发现他后期的表现依然担得起「日向家族有史以来唯一的天才」的名号：
12岁以第一名的成绩于忍者学校毕业
13岁自创八卦掌回天，八卦六十四掌，成为木叶最强下忍
14岁对战音隐五人众中的鬼童丸，同行者中唯一没有开挂，没有超水平发挥，且在环境对自己不利的情况下以玉石俱焚的方式击杀状态二的对方（从不开挂，天才中的业界良心）
16岁学会八卦空掌（可能是15岁学会的），指挥营救人柱力，跳级成为上忍（营救人柱力为动画原创，可以无视，跳级成为上忍为原作设定，同样在和平年代成为上忍的夕日红晋级时已经28岁）
17岁对战鬼鲛水分身，找出水牢之术弱点并且成功击破水分身营救两名队友（卡卡西第一部被困在水牢中时束手无策）
18岁战死
由此可见，宁次战死时至少应该和上忍中的夕日红一个水平甚至更厉害，正常情况下最终可以成长到的地步起码是不开死门的阿凯和单神威的卡卡西那个水准，有可能更强（但无论怎么努力应该都达不到双神威的卡卡西的实力）。就连这么一个角色都让大家觉得泯然众人，可以看出后期实力膨胀的程度已经把佐鸣放到了一个吊打忍界的地步，以致于岸本自己都放弃了采用多年的用能力总和判别强弱的体系。
42.日向家族的宗家分家划分方式十分诡异，例如族长日足的弟弟日差是分家，而这位酱油反而是宗家的。
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11月20日更新
43.都写到这里了与其说是找bug不如说是挑刺了，但刺还是要继续挑下去的。岸本有一个创作矛盾是他前期在访谈里说过，证明努力比天才重要是他这部作品要表达的一个主题，然而后期发现厉害的人不是血统好有外挂就是有一个顶牛掰的师傅，否则根本出不了头。唯一一个例外是阿凯，虽然木叶的老师们个个平易近人，但其实出身都不普通，帝室贵胄阿斯玛，精英之后夕日红，挂逼二代外加基友赠眼卡卡西，都属于精英家庭，只有阿凯算是纯屌丝一个。于是阿凯开八门那段剧情算是后期一个激动人心的热血时刻，然而不是预言之子的他还是注定打不过斑爷。鸣人打败宁次时说自己要改变命运，但最后的结局其实是走在了自己预言之子的宿命之路上。也许是岸本真的变悲观了，背离了一开始的创作目标。
44.后期无处不在的各种魔幻剧情，前面讲解查克拉，八门遁甲，创造再生和螺旋手里剑等时还会插入各种岸本自创的伪科学讲解，卡卡西和二柱移植眼睛也需要医疗条件支持。然而后期斑爷连连表演夺眼绝技，每次都是即安即用，六道给儿子们托梦还能回血送外挂，后面带土还能结合两者所长直接托梦送眼睛，卡卡西也由此成为了写轮眼万能usb，之前还要花时间才能掌握使用方式，最后现场开须佐还能秀操作调戏boss辉夜，难怪二柱说自己死后要把眼睛给卡卡西。
45.晓组织要捕捉我爱罗居然只派了两个人行动，这也对他们俩太有自信了。更奇怪的是我爱罗居然孤身对敌，如此看轻自己的生命，不像村长倒像村长保镖。
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3月14日更新
46.大家都知道长门的轮回眼不是原装的，而是斑爷送的，然而长门被秽土后居然有轮回眼...
47.血雾之里存在的时间也很难定位。原作里初代水影时雾隐村还是开放的国家，二代水影重视人才，也不像让孩子自相残杀的人，那么按理说血雾之里的政策应该是从三代水影开始，一直持续到带土操控四代水影的事迹败露。然而后期漫画里四代水影展露出的性格完全不像是会干这事的人...那假设血雾之里和三四代水影无关，而是带土为了报复雾隐村干的。但前期剧情里说了再不斩在血雾之里的忍者毕业考试里杀了所有考生，而同龄的带土控制四代水影时再不斩怎么可能还没毕业...另外，从琳被杀到被四代水影被控制之间只有短短两三年时间，矢仓居然就成为了完美人柱力，估计岸本也没细想这个问题，深入挖掘的话，也许矢仓是火影里最有天赋的人柱力？
看到这里大家应该已经发现了，火影的bug大多出现在一二部设定结合或者第二部里六道仙人出现后尤其是斑爷登场后，单独的第一部和单独的六道出现前的第二部的bug是很少的。这可以从一定程度上解释为什么许多从第一部看过来的人觉得火影变了，这不是心理作用，而是火影确实变了，从主题到设定都变了。而很多人觉得佩恩是刻画得最好的一个boss，这是因为从他死后开始，带土，斑爷，辉夜等人轮番如同俄罗斯套娃般的登场形式注定了这部作品接下来会不断出现bug，同时让人产生了各种审美疲劳，最后不得不匆匆完结。岸本和火影给所有作者们的一个启示就是，故事的一开始不要急着设定太多的东西，除非你已经决定好了整部作品的发展（岸本明显就没有），否则你在后期很容易忍不住打破自己前期的设定，从而造成各种各样的矛盾，而一旦设定好了之后就不要再轻易打破了，尽量做到有始有终。从这个角度来看，当初岸本成名太快太早，导致火影还是一部不成熟的作品，他也是一位不够成熟的作者。希望岸本在经历了火影这个高峰之后，将来能有更好更成熟的作品问世。
剩下的想到再更。
补充说明一点：因为题主问的是重大或有趣的bug，在回答有趣的那部分时不可避免的也有吐槽成.分在里面，题主和大家看得开心就好。.
