狗子在幼犬期形成的有些心理陰影是不可逆的，它也許會記一輩子。如果是針對單一事物的情況，把那件東西從它的身邊剔除，然後再給它足夠的時間，多少能緩解一些。
題主家這個情況下，影響狗子的因素有三：脖圈、籠子、人。
不排除邊牧這種狗子能把「人讓它進籠子」和它在籠子裏「叫天天不應叫地地不靈」的慘痛經歷聯系起來，進而對人不信任。可人這個因素又是不可能剔除的，所以只能是重建信任：保持環境安靜、被動互動（狗主動找人玩人再跟它玩兒）、不得已需要移動狗子動作要輕柔（推開或抱起）、註意人與狗無關的行為不要驚嚇到狗子（器具碰撞、跌倒、大聲喊叫）等。
脖圈，能不帶就不帶，非要帶，有這樣的：
軟質的，不會叮叮梆梆地撞哪都響，穿戴也舒服，購買前記得量好尺寸。
對於籠子，題主既然自稱已經做過「功課」，想必思想上是被荼毒過了。狗其實不需要籠子，它們又不是穴棲動物！是人需要，同時人得給狗找借口，就有了「安全感」之說。狗與人一起生活，人是領導者，它的安全感應該跟人這兒找，所謂「粘人「。同時如有困難（饑餓、傷痛、被困），它的第一反應也應該是找人（叫人）求助。家，本應是人和狗共享的空間，把狗關了籠子，反而增加了不必要的隔膜。
當然，各家的條件不同，人的想法也不一樣。家裏有老人孩子，真的是迫不得已；覺得家具電器地磚墻紙比狗重要的，也大有人在，我不爭競這些事兒。
如果非要選擇讓狗進籠子，那籠子擺哪屋得稍微調整一下吧。主人臥室是唯一的正確選項，即便在籠子裏，也得讓它知道它跟人是一夥兒的。籠子盡量要大，讓它在裏面騰挪得開。退一步的還有個圍籠可以考慮。拉近人與狗的距離，即使有限也要給它盡量大的空間，註意這些個細節都會有助於狗子社會化的過程。
我知道籠養和便溺是有些養狗的人想不明白的事兒，之前寫過關於狗子便溺的回答，有需要可以看這裏：
養狗訓狗，很多時候「不做什麽「比「做什麽」更重要。幼犬期就那麽幾個月，等著、追在它屁股後面收拾、陪著它玩兒，想的再多能做的也就這麽多。
祝好！
