抗生素頻繁使用除了本身容易導致病菌產生抗生素耐藥之外，對於宿主本身的影響主要在於對腸道菌群的影響。
正常人機體內腸道有一個微生物穩態系統，主要是由很多「益生菌」組成的腸道菌群，人體頻繁使用抗生素，尤其是口服抗生素，則有可能對這個穩態造成破壞，比如殺滅很多對人體有益的菌群，或者導致部份類別的菌群出現耐藥性而形成生長優勢等。
總之腸道菌群穩態的破壞，導致腸道微生物菌群生長的破壞以及菌群生長代謝的改變，就有可能破壞腸道免疫系統。
腸道本身是人體非常重要的免疫屏障，腸道粘膜免疫可以抵禦非常多的病菌侵害，如果腸道免疫系統發生紊亂，則有可能導致腸道疾病的頻發，比如腹瀉、腸炎等。
俗話說，「遇事不決，量子力學；機制難尋，腸道菌群」事實上腸道菌群本身和人體很多機能有直接或間接的關系，而腸道菌群的破壞很可能導致機體很多機能的失調，也會進而影響身體健康，導致免疫系統不能很好行使功能。
