宏觀層面上，主辦偵查員制度不僅完善了刑事司法責任體系，貫徹落實了全面推進依法治國的要求，還在網絡媒體高度發達的時代背景下，透過促進公安執法規範化建設，加強了人權保障，有效避免了冤假錯案的發生。在大數據技術的支持下，主辦偵查員帶領協辦偵查員全程負責案件偵辦，將大小案件均視為「專案」，既整合了警力資源，又提高了辦案質素。而從偵查員個體層面來看，主辦偵查員制度透過「全程負責」、「終身負責」的機制，督促偵查員樹立責任意識，提升其辦案能力與執法水平，並賦予與其責任相匹配的職業保障，提升待遇，完善激勵機制，拓寬晉升渠道，促進了偵查隊伍的職業化穩定發展。
主辦偵查員與主任檢察官制度的核心是辦案責任制，強調權力與責任的對等。偵查權與檢察權雖同屬司法體系，但內容各異，其中偵查權兼具行政與司法雙重特性，既作為刑事訴訟的首要環節體現司法內容，又因其主動性和管理性展現行政色彩。在司法體制改革中，主辦偵查員制度雖多被探討其司法內容，但實施中卻面臨行政管理體系的挑戰。公安機關偵查人員作為制度主體，深受行政機關管理影響，內部行政色彩濃厚，主辦偵查員的權益保障易受領導態度及人事變動影響。因此，推進主辦偵查員制度時，不僅需公安機關領導支持，還需與政府決策部門協調，以克服行政權內容帶來的阻礙。
司法體制改革是一場全面綜合、觸及根本的自上而下改革。例如，最高檢透過釋出指導意見明確檢察官辦案責任制的「雙軌制」，並推廣至全國，上海市普陀區檢察院據此制定實施辦法，成效顯著。然而，現行主辦偵查員制度在頂層設計層面較為模糊，缺乏明確的主辦偵查員地位、職權、員額標準、遴選程式、辦案組織形式、案件適用類別、歸責路徑、追責機制、豁免規則及責權利邊界。同時，現行法律法規限制主辦偵查員的權力，影響其偵查效率。雖有學者建議賦予主辦偵查員更多權力，但這也帶來了追責問題，可能導致負責人與主辦偵查員相互推諉，成為逃避擔責的工具。
偵查工作相較於檢察工作，其工作難度、風險及壓力均較大。偵查工作需要從無到有地全面收集案件線索，獲取犯罪證據，分析案件事實，並依法制作證據材料和文書卷宗，將案件事實移送檢察院審查起訴。偵查工作既受案件客觀條件限制，又受主觀因素影響，難度較大。而主任檢察官的工作則主要是靜態的、片段式的證據判斷活動，難度相對較小。偵查工作涉及多個環節和多種行為，每個行為都是主辦偵查員面臨的潛在風險點，一旦案件出現問題，主辦偵查員將承擔全程負責、終身負責的責任，且難以規避風險。相比之下，主任檢察官可以透過多種方式提高案件質素，規避自身風險。
主辦偵查員相較於主任檢察官，承擔著更大的壓力。在偵查階段，主辦偵查員不僅需與控訴階段相銜接，還需直接面對人民群眾，承受來自被害人及其家屬、犯罪嫌疑人及其家屬、知情人以及社會公眾和媒體輿論等多方面的壓力。被害人及其家屬因權益受損，情緒激動，迫切希望案件得以偵破，但案件偵破受多種因素影響，難以迅速解決，易引發對偵查人員辦案能力及廉潔性的質疑，甚至透過媒體尋求輿論支持，給主辦偵查員帶來巨大壓力。而主任檢察官在控訴階段，主要接觸偵查人員、法官等群體，所承受的壓力相對較小，遠低於主辦偵查員所面臨的復雜環境和多重壓力。
為了最佳化主辦偵查員制度，需深入貫徹責權利相一致的原則，不僅要細化主辦偵查員的辦案責任，明確責任認定與豁免規則，平衡追責與免責，同時明確權力清單，放權與控權相結合，提高待遇保障以激發工作積極性。要健全主辦偵查員制度的執行機制，包括理順與行政領導的關系，確保主辦偵查員能夠獨立行使偵查權，同時加強內外部監督，建立責任倒追機制，保障偵查工作的質效。完善管理制度，透過動態員額制選拔招錄主辦偵查員，建立辦案檔案，制定培養計劃，科學設定考核指標，實施獎懲機制，並采取申請結束和強制結束相結合的方式管理主辦偵查員隊伍，確保制度可持續改進。
