「程式正義比實質正義更重要」是一個非常有誤導性的觀點，盡管這種觀點在很多時候是正確的，但是絕大多數使用這句話的人只是人雲亦雲，重復一些空話和套話罷了。坦白說絕大多數法學院老師和學生的法理學知識都是零，根本沒有仔細考察過法律的運作和正義之間的復雜關系。
地圖炮開完正經回答題主。將程式/實質，正義/非正義兩兩組合並且進行總結和比較最早馬克斯·韋伯提出的。韋伯將程式非正義而實質正義的法律稱為卡迪法，而將程式正義而實質非正義視為資本主義法律的特征。韋伯認為這種程式正義而實質非正義的法律和資本主義強調「可預見性」和理性計算的精神是高度吻合的，但是韋伯從來沒有說過程式正義比實質正義更重要。韋伯的原話是這樣的：
總之，法的形式性質的發展，由此而顯示出獨特的各種對立的特征。在營業的交易安定性有所要求於法的情況下，法律是嚴格的形式主義、且依附於可以感知的要件上的；當法律取決於對當事人的意圖做合邏輯的意義詮釋時，為了營業交易上的誠實，法律是非形式的。——韋伯【法律社會學】
這個問題之前有個問題已經涉及了，回答的質素要比這幢樓的高，雖然我並不贊同其中的某幾個答案，但是高票答案都值得一讀
為了結果正義，是否可以放棄程式正義？ - 法律------------------------------
最後補一句，主張「程式正義比實質正義更重要」反對的主要是以下兩種很常見的觀點：
1. 主張在一切司法審判中體現實質正義，並認為如果法律程式不能夠實作實質正義，那麽法律程式應該讓步或者做修改。
2. 把大眾輿論視為實質正義，並認為司法審判必須滿足大眾輿論的呼聲。
所以法律從業者使用「程式正義比實質正義更重要」一般表達的含義是，司法程式有其獨立且重大的價值。司法審判應當遵守實體法和程式法的各項規定，不能因為大眾輿論的呼聲肆意扭曲司法審判的結果。在司法審判的結果和大眾輿論不一致的情況下，應當尊重司法審判的結果。這個結論總的來說是非常正確的，但是主張「程式正義比實質正義更重要「的人很可能提出以下幾種觀點：
1. 法律不保護實質正義；
2. 司法審判無法保護實質正義；
3. 實質正義本身就是不存在或者無法探求的東西。
4. 透過追求程式正義，可以保護實質正義。
這幾種觀點如果進行仔細的精煉和推敲，的確包含了一些有價值和值得思考的部份，但是絕大多數的人在使用上述一種或多種觀點的時候，並沒有仔細反思這幾條觀點的含義（我看到不少人既主張程式正義優先於實質正義，同時主張惡法非法，而完全沒有意識到這兩種觀念背後的緊張關系）。相反，隨著「程式正義比實質正義更重要」的觀點深入人心，上面這幾種觀點似乎也變成不言自明了起來，這也是為什麽我在文首說「程式正義比實質正義更重要」是極為誤導性的。
最後正面說明一下，大多數人對實質正義的理解僅僅停留在實作「個案正義」，或者更直白的說讓個案的審判結果和自己原有的未經精煉和反思的（很有可能也是破綻百出和自相矛盾的）的直覺相符。當然這種訴求的確包含了某種對實質正義的追求，但對於實質正義的追求遠遠不止於此。
就我個人的觀點， 保護每一個公民的基本權利與自由，使社會中的每個公民都有機會追求和實作美好的生活 才能稱得上是一項實質正義的追求，同時也是現代司法制度以及其他各種社會制度的目標（當然我對於實質正義的概括顯然是粗略的、可供討論和商榷的，但是實質正義無論如何都應該在這個高度被討論和反思）。盡管這一目標並不是在每一個具體情境中都可以得到實作；盡管在很多時候我們並不清楚哪種手段可以更好的實作這一目標；盡管在一些場合，我們會發現公民的基本權利與自由會發生無法調和的沖突，但是這些困難都不應該成為我們放棄嘗試追求和實作實質正義的理由。相反，在這個過程中，用一句內容含混不清的「程式正義優先於實質正義」或者「實質正義優先於程式正義」逃避這些困難是愚蠢和道德上的不負責任。
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另外，雖然我對科斯定理的理解不算深，但是之前
@姜偉Ernst運用科斯定理來解釋這個問題應該是錯誤的。因為：
1. 產權配置的效益不是法律保護的唯一價值，相反法律高度關心權利的初始配置問題。順便對科斯定理的實證研究也證明權利很可能會「粘在」初始分配的位置，而不如理論預測的那樣可以自由交易。
2. 法律爭端解決機制不是權利的交易市場，相反在法律爭端解決機制中，權利很可能是不允許交易的，比如故意殺人或者強奸罪的犯罪人不能用花錢的方法解決訴訟。
