在中國眾多與軍事相關的部門中，國防部和國防動員部的名稱聽起來很相似，容易被人混淆。
然而，這兩個機構的性質和職責實際上大相徑庭。
首先，兩者的性質截然不同。國防部作為國務院的直屬部門，自1954年第一屆全國人大會議成立以來已近70年，與其他行政機關如發改委、教育部並列。而國防動員部則成立較晚，至今僅有7年歷史，是在2016年1月隨著四總部的撤銷並重組升格而來，成為軍委下屬的15個職能部門之一，與聯合參謀部、後勤保障部等屬於軍事性質的機關。
其次，兩者在機構狀態上也存在明顯區別。目前，國防部在功能上更多是作為軍委對外的標識，名存實亡，無固定的專職人員，主要目的是為了符合國際常規和便於進行國際交流。相對而言，國防動員部則是一個具體運作的實體機構，負責國防動員和後備力量的組織與建設，管理著眾多的省軍區（警備區）。
在領導架構上，國防部只設部長一職，而未設副部長。而國防動員部則設定了部長和政委兩個正職，以及多位副部長。
在機構內設方面，國防部沒有獨立的內設機構或專職人員，其職責主要由軍委的其他職能部門承擔。例如，以國防部新聞局為例，其由「局長（正師職大校）、副局長（副師職大校）」兩位新聞發言人組成，負責釋出軍事資訊，這兩位大校原本是總參外事辦（現在的國際軍事合作辦公室）的現役軍官。另外，國防部征兵辦公室每年釋出征兵通知，但實際上這些任務是由國防動員部的動員征集局執行的。
相比之下，國防動員部則具備多個下屬機構，如動員征集局、辦公廳、民兵預備役局等，其現役軍官數量較多。
最後，就部長的情況來看，國防部部長通常由國務委員、軍委委員擔任，兼具國家和軍隊領導職務，通常是上將軍銜。而國防動員部作為副戰區級單位，部長是部門主官，擁有中將軍銜。
