這是個很典型的好問題， @黃銜 回答已經很好，但分散在不同答案裏了。同時，答主將更新最近的治療方法，最後送上福利。
乙肝小三陽是比大三陽還要難治療嗎？
理論上不是，但實際確常常如此。要解決這個問題，我們一步步看，下圖是丁香醫生總結的大小三陽區別：
如果題主對大小三陽的概念比較模糊，答主將在括弧部份詳細解釋。如果很懂的話，可以直接略過此部份。
-----------------括弧開始 ：(要想解釋清楚大小三陽區別，還得從乙肝病毒結構說起：
乙肝病毒包括核心（DNA）和衣殼（蛋白質），核心主要復制產生下一代病毒，而衣殼主要起保護作用。絕大多數病毒只有一層衣殼，而乙肝病毒同時包括內衣殼和外衣殼，導致病毒結構非常堅硬。
內外衣殼將病毒分割成三部份，對應著三種抗原：表面抗原(HBsAg)，e抗原(HbeAg)和核心抗原(HBcAg)。註意，抗原指的是可誘發免疫反應的物質，它來源於病毒。我們可以看剖面圖:
表面抗原 ：乙肝病毒的外殼蛋白，因不含DNA而不具有傳染性；
e抗原 : 乙肝病毒內核的一種主要結構蛋白，乙肝e抗原陽性是具有傳染性的標誌；
核心抗原 ：乙肝病毒內部的抗原，被雙重衣殼保護，不易檢測。所以，乙肝兩對半檢測並沒有核心抗原。
既然有抗原，那麽機體免疫系統 相應的產生了三種抗體 : 表面抗體(HBsAb, -HBs),e抗體(HBeAb, -HBe)和核心抗體(HBcAb, -HBc)。具體如下：
表面抗體: 抗體最為特殊，無法與抗原共存。而在抗體滴度檢查中，其參考值為10，抗滴度越高，代表保護能力越強。
e抗體: 正常值是0-0.2PEIU/ml，乙肝e抗體高於正常值為陽性。單一的 乙肝e抗體陰性 對乙肝檢測 沒有多大 的指導意義，它需要和其他的檢查結果綜合在一起，才能確定乙肝病情的發展狀況。
核心抗體 ：永遠的標誌，只要曾經感染過乙肝病毒，該抗體將持續存在。
註意，一種抗體針對同種抗原，即表面抗原vs表面抗體(一對)、e抗原vs e抗體(一對)、核心抗原vs核心抗體(半對)。由於核心抗原不易檢測，所以醫學實際只能檢測兩對半，因此乙肝兩對半只能檢測體內是否存在相應的抗原和抗體。) 括弧結束------------------------
透過括弧部份，小三陽與大三陽的根本區別：前者存在e抗體(有益)、後者存在e抗原(有害)。在上世紀70年代給乙肝命名的時候，原意也是「大三陽」較「小三陽」危害大。 但到了90年代 另一項檢測技術HBV DNA的問世，發現一部份「小三陽」病毒 依然能繼續復制 。因此，大/小三陽已經沒有 太大的臨床意義 。
實際上，乙肝治療只用看三個指標：HBV DNA（到底有多少乙肝病毒），谷丙轉氨酶(ALT、到底病毒會不會影響身體健康)水平糊肝硬化(纖維化)
e抗原陽性 患者: HBV DNA≥10^5，ALT≥2倍正常值上限
e抗原陰性 患者: HBV DNA≥10^4，ALT≥2倍正常值上限
肝硬化或肝纖維化
從中，我們可以看到，大小三陽 根本無法決定 是否進行治療，當然也不能直接比較到底是小三陽治療難、還是大三陽治療難。只能說，理論上小三陽是乙肝相對沒有大三陽那麽嚴重的一個'小訊號'，而且這個小訊號還有可能是錯誤的，因為病毒依然可能復制。再加之，傳統觀念認為小三陽比較輕，從而掉以輕心，忽視真正的乙肝指標。用一句話概括：
小三陽可能沒有那麽嚴重，但實際會讓人掉以輕心，最終導致更嚴重後果
大三陽可能更嚴重，但讓人更加小心，反而可能讓人平安
只提乙肝兩對半，而舍本逐末不談HBV DNA和肝功能檢測，統統都是耍流氓。
得了e抗體陰性慢性乙肝是不是真的就沒辦法治療了？
不是，真得是有辦法治療。
病人治療取決於疾病狀況，每一位乙肝患者的病況不一，醫治的輕重程度也就不一樣
•乙肝病毒並沒有造成患者肝功能的損傷，那麽並不需要用特殊方式進行治療。
•轉氨酶超過正常水平兩倍時，HBVDNA≥2.0×104 ，應考慮進行抗病毒治療。
堅持替諾福韋或恩替卡韋：
替諾福韋和恩替卡韋是首推一線藥物。這兩種藥物在億友公益幫助下，已經成功納入國家醫保，現階段比二線藥物（拉米夫定、替比夫定、阿德福韋酯等）便宜且有效，並且耐藥性小。
切忌服藥數月後，隨意停止吃藥或者更換藥物，造成疾病的反彈。
中途私自的換藥以及停藥、將會影響對疾病的控制，加深耐藥性
飲食：
•患者少食辛辣性的食物和罐裝加工食品。
•適量地補充高蛋白的食物。
•不要盲目信任一些民間的偏方，以免錯過最佳的治療時機。
就只能等待肝硬化和肝癌嗎？
依照上面具體治療方法後，題主基本不用擔心乙肝會惡化成肝硬化甚至肝癌。實際上，一般攜帶者變成肝癌如下：
總結一下：
•肝硬化：從乙肝攜帶者到肝硬化，大概2.4%-5%
•肝癌：從乙肝攜帶者到肝癌，大概0.14%-0.75%
只要題主定期檢測肝功能和HBV-DNA，完善肝硬化和肝癌監測手段，就能有效避免肝硬化和肝癌。
福利：
實際上，乙肝患者的定期檢查比治療更重要。只有有效的檢查，題主才能避免不及時治療或者盲目治療。具體檢查方法，以幫助題主整理、作為福利：
億友公益已經做過說明：
此處，我再具體補充。
肝功能檢查：血液的生化檢驗最能直接反映肝臟狀況
•谷丙轉氨酶(ALT)、谷草轉氨酶(AST)和膽紅素最能直接反映肝臟狀況。其中,ALT和AST正常範圍為0-40
•ALT越高，肝臟的炎癥越嚴重。長期監測ALT對評估病情有重大意義
•AST越高，肝細胞損害程度越大，當AST升高的振幅超過ALT升高的振幅，預示肝臟病變程度嚴重
•膽紅素：直接和間接膽紅素，根據兩種膽紅素升高的程度，可判斷患者發生黃疸的原因，醫生進而采取不同的治療方案。
肝功能異常提示肝臟受到了損傷，應當立即引起重視並及時就醫。肝功能建議3-6個月檢查一次，而且肝功能全套檢查，大概也只用50元（兩段飯錢不到）。
乙肝病毒DNA：檢測體內乙肝病毒的數量（10^4）、病毒的復制情況和傳染性強、弱程度等。
肝穿刺活檢 ：受檢者是否有並行癥。如丙肝、酒精性肝炎、脂肪肝、肝硬化。該檢測直觀了解肝臟病變程度，有利於藥物篩選和判斷治療效果
血常規：對於幹擾素治療的患者。治療過程中，如果白細胞總數和血小板降低，患者需要調整用藥劑量和治療方案。
肝硬化/肝癌檢測
超聲/CT/磁共振:
•肝臟的質地、大小和形態，幫助判斷肝臟有無腫塊和硬化，有利於肝硬化和肝癌的診斷和篩查
•腹部超聲是目前套用最廣泛的一種初步篩查肝臟疾病的方法，對肝囊腫、脂肪肝及肝血管瘤具有確診意義。
•腹部超聲提示早期肝癌的患者，需要進行CT和磁共振檢查，以進一步確診。
甲胎蛋白：
•肝癌的特異性標誌物: 甲胎蛋白水平會隨著病情加重而升高。
•早期肝癌的確診，還需要結合影像學檢查。
肝臟彈性檢測：
•瞬時彈性成像技術來評估肝臟的硬度值；彈性數值越大，肝組織硬度值越大。
•隨著肝纖維化、肝硬化程度的加重，肝臟的硬度也隨之增加。
題主要對中國醫療有信心。無論是【我不是藥神】的公映，還是乙肝藥物納入醫保、國家投資新藥、公共衛生建立等。中國醫療最近幾年都得到國際尤其是世衛認可，並且答主堅信中國醫療會取得更長足發展，題主也不要放棄哦。
題主也要對中國公共衛生醫療體系有信心。自非典以來，中國公共衛生已經得到世界認可（禽流感、埃博拉、MERS、塞卡等）。
圖片來自網絡，侵權刪圖。
參考資料：
大於50篇文獻/網頁，暫時就不一 一列出來，有興趣知友可就具體問題詢問參考來源。
