看了一圈，發現發部份答題的好像都沒創過業，只有一個匿名回答的比較靠譜（居然還匿了？）很多人是回答的是『留不住人』，『離職』的問題，而題主的問題是『怎麽防止單幹』，這不是一回事。
大部份人想的都是分配問題（分股份、分成、薪金、獎金）；也有想是管理問題（同學關系、公司氛圍、認同感、控制欲等等），當然還有一些看到『背叛』兩個字就要聲討一下題主。
這些因素的確都和公司發展有關系，但是和題主提問的背叛（或是單幹）沒關系。我相信題主在工作中的確也有很多不足，但這並不是導致出現出現『單幹』的核心原因。真正的原因就是『你或是公司沒有核心價值』，或者說沒有建立起自己的門檻。
提高待遇包括分股票什麽的不能解決這個問題，如果公司本身沒有核心價值，那麽看明白的人就會考慮是否離開自己做。你就算分給他50%的股票，他也可以選擇離開拿100%的利潤。我們總不能指望大家都是聖人吧？在這種情況下，人品好的反而吃虧，差的反而得益，這種局面就是逼良為娼啊！
看看比較明顯的例子，比如說騰訊，為什麽IM團隊的骨幹不會跳出去單幹，為什麽微信的團隊不會跳出去單幹？當然不是因為大家都忠於小馬哥，而是因為QQ、微信本身有其核心價值，跳出去也帶不走，反而讓自己離開了這個具有非凡價值的平台。離開原團隊創業的人會有，但是會去創別的業，而不是挑戰原有的團隊的業務。
如果我們用的是一些資訊不對稱、市場先行優勢把事情做起來，卻沒有形成自己的門檻的話。那麽團隊中看明白的人就可能會選擇出去單幹，你留住A，也留不住B。這也是我為什麽不鼓勵在校學生創業的緣故，在校學生創業很難形成門檻，往往都是靠資訊不對稱（很多挖掘商機都是如此，比其他人快一步，但是無法阻止別人抄襲），或是靠自己勤勞苦幹。這樣的確能賺錢，但是不長久，上升空間很有限，不如讀好書打好基礎來的更有前途。（曠世巫師不在此列）
如果我們用資訊不對稱作為門檻，那就最好控制一個很小的團隊規模甚至是一個人單幹；如果我們用人脈作為門檻，所有重要客戶的資訊就得掌握在自己手裏；如果我們用技術作為門檻，就得把技術藏的嚴實；如果我們用資金作為門檻，就要期盼資本對這行投資熱度不高。這些都很辛苦，只有那些以品牌、使用者流量做門檻的舒服的多，可口可樂、BAT都是如此。復制品諸如XX可樂、騰訊soso、網易泡泡、來往什麽的可以說都毫無威脅，就算原BAT團隊的人跳出去做這些也難成氣候，形不成威脅。
回到本提問，題主只有考慮清楚公司最具有價值的地方在什麽，才能解決問題，或是接受現狀。
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評論裏有同學問關於『核心價值』這個詞，是否和『核心競爭力』一樣？我認為是差不多的，但是我認為『價值』這個詞更切帖一些。舉幾個身邊發生的例子吧。
我東北有一個親戚，做汽車皮具生意，也就是給買來的車座位什麽的套上真皮。生意做得不錯，結果手下一個水平很好的師傅琢磨了一下，就自己出去單幹了，還帶走了他的徒弟，就在我親戚一條街上開的店鋪。我那位親戚帶人就去把店給砸了。徒弟一看不好就拜拜跑路，師傅投了錢開了店不可能就這麽退縮，報了警，然後繼續開，結果又被砸了一次，從此關業大吉。
後來我這位親戚來廣東做生意，我印象很深的一次是去機場，他開車送我（90年代，開的某日本車，牌子身為車盲的我不知道），精神煥發，神采飛揚，說等我結婚送我一套家具。沒多久，我就聽說他做生意被人騙的很慘，欠了一大筆錢，他老婆到處借錢才把人贖出來，然後人就跑回汪清去了。
我這位親戚生意的核心價值顯然不在技術、流量、資金這方面，而是他在當地能黑白通吃，讓一般人根本沒法跟他搶生意。到了廣東，核心價值就不存在了，又沒有建立起新的價值，難免落得個敗走珠江口的下場。
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我工作的時候，有一個搞技術的朋友來找我，想拉我一起做專案，說的天花亂墜：他有一個朋友，拉了一個政府的專案，刨去行銷費用（你懂的），還能收幾百萬，專案技術上不難，我們倆帶幾個人花幾個月怎麽都能做出來。我聽了一下表示沒興趣，因為做這個事情的價值根本就不在技術上，我們發揮的不過就是外包的作用而已，真正有價值的是那個能拿到單的人，事情做完了我們又能分到多少？就算那個拿單的朋友非常仗義，多給我們分一些，再往後呢？他遲早會明白過來（而且我不覺得別人就會那麽傻...）
後來有些朋友看到『綠壩』驚呼這麽個東西能賣4170萬，他們覺得給自己10萬就能做出來。我說：『你們說的對，綠壩技術價值10萬，行銷價值4160萬』。
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我之前工作是通訊行業，有一些同事看到這行真的很賺錢，比如智能網上那些業務，開發起來很容易，但是一個單子下來隨便就是幾百上千萬，還可以收後期維護費用。於是出去創業還是不少的，我認識的一個人就去了杭州拉了個團隊，我看了看，沒去湊這些熱鬧：智能網開發起來的確不難，問題是賣起來難啊！原先大家在華為、中興這樣的企業裏面，做好了根本不愁賣。銷售的同事給力，電信部門的人也給面子。在公司開發產品的時候，負責某個省銷售的大姐過來給我們拍胸脯：只要你們做的出來，我們明年至少給你們賣1個億。我當時還覺得她有點吹，結果做出來以後人家果然就賣出去1個億。有一次我們器材出現故障，電信局長親自到論壇發帖安撫使用者，說實話我還是挺感動的。還有一個電信局，給省裏打報告一定要用我們的器材...
我自己出去創業的同事呢？哪有這麽好的待遇，出去求爺爺告奶奶，搭上不知道多少難以走賬的行銷費用，還獲贈酒精肝一副，公司也就是慘淡經營。他有時候郁悶的說：『我是在給員工打工』。當然，後來他應該賺到錢了，因為杭州的房價漲了五六倍。
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這都是一回事，看上去是一個技術專案，實際上技術本身不是核心價值，前兩者的核心價值都是關系，這些屬於『關系驅動型』的公司。想追求技術發展的同學，就不要去這種公司，出不了頭，只會覺得老板很傻B，怎麽這麽對骨幹人員？實際上，那些老板都聰明得很。
判斷『核心價值』不是看『沒有這塊行不行』，專案都是有機整體，當然少了誰都不行（就算是綠壩也得要程式設計師吧？），而是看『取代成本』如何。像關系驅動型的公司，取代技術人員的成本不高，但是取代那些能夠拿單子的人成本很高，所以公司的核心價值就在這些人（他們往往是公司的控制者，不然就自己單幹了）。而像我親戚那樣的，核心價值就在『黑白關系』上，那個手藝好的師傅沒想明白，當然，我親戚自己也不太明白。
