抗生素频繁使用除了本身容易导致病菌产生抗生素耐药之外，对于宿主本身的影响主要在于对肠道菌群的影响。
正常人机体内肠道有一个微生物稳态系统，主要是由很多「益生菌」组成的肠道菌群，人体频繁使用抗生素，尤其是口服抗生素，则有可能对这个稳态造成破坏，比如杀灭很多对人体有益的菌群，或者导致部分类别的菌群出现耐药性而形成生长优势等。
总之肠道菌群稳态的破坏，导致肠道微生物菌群生长的破坏以及菌群生长代谢的改变，就有可能破坏肠道免疫系统。
肠道本身是人体非常重要的免疫屏障，肠道粘膜免疫可以抵御非常多的病菌侵害，如果肠道免疫系统发生紊乱，则有可能导致肠道疾病的频发，比如腹泻、肠炎等。
俗话说，「遇事不决，量子力学；机制难寻，肠道菌群」事实上肠道菌群本身和人体很多机能有直接或间接的关系，而肠道菌群的破坏很可能导致机体很多机能的失调，也会进而影响身体健康，导致免疫系统不能很好行使功能。
