司令礁位于南华礁的东南方，与榆亚暗沙的距离仅为25海里。司令礁的外形是长条的环礁，其独特的环状结构中藏有一个无出口的潟湖，像是一个封闭的世界，等候勇士的发现。潟湖中央有一个沙洲，高约0.6米，巧妙地把潟湖分成两半，如同司令礁的瞳孔闪闪发光。整个礁石的形状非常独特，仿佛一副巨大的眼镜，展示了大自然的神奇造作。
从地图上观察，司令礁的面积相当大，其长度为16公里，总面积达到了27.5平方公里。这片广阔的地带是我国渔民传统的捕鱼区，也是他们生存的依靠。司令礁的外围，地形陡峭，水深骤增至2000米。这样的水深，成为了各类海洋生物的栖息地，如马蹄螺、海参和砗磲等珍稀物种在此繁衍，吸引了众多渔民前来捕捞。
司令礁处于南沙群岛东部与南华礁南侧，地理位置极为关键。
首先，司令礁的位置可以威慑位于巴拉望岛的美菲军队。美菲军事基地设在巴拉望岛，这里是其重要的军事据点之一，部署了众多武器装备，用以监控中国南海。巴拉望岛与司令礁的距离不超过200公里，夺回司令礁后可进行填海作业，不仅可以控制和监视附近的海上通道，也让美菲感到如鲠在喉，不敢轻举妄动。
其次，司令礁可以与其他岛礁互为支撑。司令礁位于南沙群岛第二大岛礁的密集区内。在200海里的范围内散布着数十座岛礁，分别被其他国家占据，如无乜礁、六门礁、南华礁被越南占领，以及南海礁、光星仔礁、榆亚暗沙、簸箕礁、弹丸礁等被印尼占有。如果对司令礁进行填海，那么周围的岛礁都将处于其影响范围内。填海完成后，此礁可用于军事基地的建设，司令礁周围的海域深远且广阔，是核潜艇的理想藏身地，这里可成为我国南海边缘的核潜艇基地，增强整个南沙海域的防御能力。
最后，司令礁具备填海造陆的自然条件。其宽阔的礁盘如同天然避风港，能够抵抗南海的狂风巨浪。这样的环境无疑为建设港口和人工岛提供了极佳的条件。即使仅填海一半，它也将超过美济礁，成为南沙最大的岛屿。如果在司令礁建设一座现代化的港口，将能够停泊大型船只，为我国的南海航行提供便利。而人工岛的建设，不仅能增加我国的领土面积，还能为我国的南海战略布局提供坚实的支持。
