在我国众多与军事相关的部门中，国防部和国防动员部的名称听起来很相似，容易被人混淆。
然而，这两个机构的性质和职责实际上大相径庭。
首先，两者的性质截然不同。国防部作为国务院的直属部门，自1954年第一届全国人大会议成立以来已近70年，与其他行政机关如发改委、教育部并列。而国防动员部则成立较晚，至今仅有7年历史，是在2016年1月随着四总部的撤销并重组升格而来，成为军委下属的15个职能部门之一，与联合参谋部、后勤保障部等属于军事性质的机关。
其次，两者在机构状态上也存在明显区别。目前，国防部在功能上更多是作为军委对外的标识，名存实亡，无固定的专职人员，主要目的是为了符合国际常规和便于进行国际交流。相对而言，国防动员部则是一个具体运作的实体机构，负责国防动员和后备力量的组织与建设，管理着众多的省军区（警备区）。
在领导架构上，国防部只设部长一职，而未设副部长。而国防动员部则设置了部长和政委两个正职，以及多位副部长。
在机构内设方面，国防部没有独立的内设机构或专职人员，其职责主要由军委的其他职能部门承担。例如，以国防部新闻局为例，其由「局长（正师职大校）、副局长（副师职大校）」两位新闻发言人组成，负责发布军事信息，这两位大校原本是总参外事办（现在的国际军事合作办公室）的现役军官。另外，国防部征兵办公室每年发布征兵通知，但实际上这些任务是由国防动员部的动员征集局执行的。
相比之下，国防动员部则具备多个下属机构，如动员征集局、办公厅、民兵预备役局等，其现役军官数量较多。
最后，就部长的情况来看，国防部部长通常由国务委员、军委委员担任，兼具国家和军队领导职务，通常是上将军衔。而国防动员部作为副战区级单位，部长是部门主官，拥有中将军衔。
