虽然说你的这个说法并不完全精确，但是中国绝大多数大型铁路枢纽，都是符合这个特征的。
先说结论：这是根据火车站客流需求、建设成本综合考虑下，目前比较完善的建设思路。这种建设思路存在一些问题，但已经能解决绝大部分设计需求，尽可能给旅客最佳体验了。
下面就是火车站每个部分的设计考虑：
1、铁路线和站台
首先，既然是火车站，最重要的就是铁路线。这也是我一开始指出「提问不完全准确」的原因。
铁路线和站台是可以设置在地面、地底、地上的。以南京南站为例，铁路线就是设置在高架桥上，也就是所有的站台，都在2楼。而香港西九龙站，所有站台都在地底下。
但是即使有这些特例，铁路线和站台设置在地面仍然是绝大多数巨型火车站的最佳选择。
如果有既有线通过的车站，由于早年间的线路本身就是在地面上的，改造车站的时候，一般就不改变老线的位置，而是在原址改造了。而新加入的线路，也就自然而然的设计和老线路在同一平面上了。典型案例：杭州东站、北京南站。
如果是新修的车站，确实有可能考虑站台放在二楼。但是由于成本等综合考虑，车站的站台大概率还是会设在地面层，因为建设成本最低。当然，即使是站台、站线在2楼，实际上也只是相当于把车站整体全部抬高了1层，上进下出的整体逻辑还是一样的。
而一些小车站，就不需要考虑这么多，更多的可能是考虑线路本身的高度。当然，小车站不在本题讨论范围内。
所以，至少目前确定了，站台、铁路线，一般都设在地面层。
2、地铁在哪层？
地铁，一般设置在地下。因为中国绝大多数地铁线，都在地下。
这个结论不是胡诌的。如图，即使是上海这样很喜爱建造地上地铁的城市，市区的绝大多数地铁线也都是在地下的。图中深蓝色部分为地上段，偏灰的蓝色是地下段。显而易见的是，中间市中心一大片全是地下线路，市中心范围内仅有3号线是在地上的。
当然，地铁在火车站还有一种方式，也就是和铁路在同一层。典型例子有：清河（北京）、深圳北、上海（新客站）。但是这种情况下，地铁线必须与铁路线平行（否则在同一层垂直的话，就撞车了）。
几乎不存在第三种可能。因为火车站附近，交通十分复杂，在任何非地下的一层建设地铁，都会造成对周边地区的分割。而铁路已经在1层分割了城市。如果在另一层，再次用地铁分割城市，基本上这片地区的交通是彻底瘫痪了。
所以，基本上确定了，地铁只能在：1、地底下；2、和国铁同一层且平行布局。
3、是否可以使用在线路一侧的候车室？
这也是可以的，但是缺点也很明显——占地面积太大，客流组织太麻烦。
针对巨型的火车站来说，站房候车室设在线路站台的一侧或两侧，是非常麻烦且浪费的。
首先是站房，要挤的下这么多人同时候车，首先至少面积就不会小。如果站房放在铁路线和站台的上方（甚至下方），就可以不需要额外的土地去建设这样巨型的候车大楼。
侧式站房不是没想过，而是针对巨型车站来说，在使用过程中发现了问题，最终被淘汰了。
徐州东站就是一个典型案例。徐州东站原本是一个线侧站房，站房面积考虑到种种原因，规模就非常小。西侧红色区域，就是老徐州东站的规模。可以发现，如果扩建站房，就会需要更大的土地，而如果减小站房，就会非常拥挤。徐州东站被戏称为「爆棚东」。而且，所以旅客（一般除1站台外）都需要通过同一个天桥进入站台，高峰期挤到一起、走错，都是常有的事。
后来徐州东站扩建，也可以增加天桥长度，不增加站房。但这恐怖的客流，狭小的站房实在是承受不住，所以，在扩建时，不得不增加了东侧的高架候车室。现在的徐州东，拥挤程度总算比当时是好多了。（也就是蓝色框框内，是新建区域）
所以，大型铁路枢纽，至少目前论证了：线侧候车室一定不是最佳选择。最佳选择可能是高架候车室，也可能是在站台的下方，这个还需要继续论证。
4、进出站是否能在同一层？
理论上也可以，但也不适合。
首先我们知道，候车室面积是很大的。其次，到达层的面积也不小。这些面积都是有效的面积，几乎不存在浪费。最简单的判断方法就是：这些地方一般都人满为患。
设想一下，进出站在同一层会怎么样？
以南京南站为例，候车室的宽度（平行于铁路线方向），大概达到了200米。而站台长度大约450米。
也就是说，即使把南京南站站台地下全部掏空了，也就只能掏出「450米×300米的空间」。候车室现在需要至少「200米×300米」，到达层也需要「200米×300米」，汽车接送客还需要「50米×300米」，剩下的出租车通道（一般都是在到达层）、网约车、停车场，交通设施还需要空间。也就是把整个南京南站站台地下全部用尽了，也只能很极限的把所有这些设施都放到地下同一层。而且，出发层的商业，往往放在3楼的夹层（比出发层高一层的地方），现在这个夹层也有一起塞到同一层了，所需空间更大了。
所以，出发到达设计为不同的两层，显然是更方便的。
当然，也有特例：深圳北（上进上出）、佛山西（下进下出）。
截至目前，我们确定了：铁路出发和到达，最好设计为两个不同的层，且最好分布在铁路站台的上方或下方。
5、出发和到达，谁上谁下？或能否都在地上？能否都在地下？
都在地上，是可以的。比如铁路线在1层，到达层是2层，出发层在3层。但是有一个小缺陷——地铁和谁衔接？之前论证过，绝大多数情况，地铁都是在地底下的。那么如果这样设计，无论是出发还是到达，去地铁都有很长的步行距离，且由于地铁站的存在，铁路底下还是需要挖的，不是不用挖。
都在地下呢？也就是铁路站台在1楼，到达层和出发层分别在-1和-2楼。可以的，但成本实在是太高了。挖这么大的空间，成本是非常高的，而且并没有特别的好处，得不偿失。
能不能出发层在地下，到达层在地上？不行。还是成本和地铁的问题。
首先是，出发层还需要很多商业，出发层的大小实际上是大于到达层的，所以出发层放楼上，可以减少开挖体积，成本少了。
其次，到达层一般是自由行走的，而出发层只能有票才能进（少数虹桥等站除外）。如果地铁在出发层正下方，那么到达的旅客，需要通过出发层进入地铁站，还需要进行一次安检或者实名制认证，这就变得很麻烦。
而到达层是自由行走的，无论是下地铁去国铁出发，还是只坐地铁然后出站，或者是从站外步行想坐地铁，都能允许在到达层随意行走，然后进入地铁。
所以，一般采用上进下出的策略。
最后，有没有解决地铁站去出发层太远的办法？
有的。杭州西站就提供了一个完全崭新的思路。
一般车站的旅客，需要：下地铁——去到达层——走到车站的一侧——上电梯——从候车室一侧进站——找检票口。
这是因为，从地下到地上，需要经过1楼的铁路层，必须绕开铁路线才能上楼。比如杭州东，一楼是铁路线，想从地下上地面，只能从东边或者西边走。
而杭州西站，把铁路线从中间「扒开」，留了一个上楼的电梯。旅客不需要从两侧上楼，而是下地铁后，直接从中间上楼前往出发层。
