鐵路公安自1949年成立以來，延續了與鐵路部門對應的四層三級機構設定體制，盡管在名稱和行政級別上有所調整，但總體層級未變。長期以來，關於鐵路公安的性質問題一直備受爭議，特別是在市場經濟體制下，其作為「企業保安」還是國家警察的身份模糊不清，直到2009年底鐵路公安轉為國家公務員並納入國家政法體系後才得到解決。鐵路公安不同於鐵路運輸企業，它不是授權性行政主體，而是職權性行政主體，即國家行政機關。身份的模糊主要源於歷史體制設定及鐵路運輸企業在人權、財權上的控制。
根據2009年中央15號檔精神，鐵路公安全面從鐵路運輸企業分離，並納入國家政法管理體系，7萬多名鐵路公安民警透過考核和考試被納入國家公務員管理範圍。鐵路公安維持原有機構、業務範圍和職能不變，實行垂直管理，由鐵道部公安局統一領導，中央財政負責經費保障。改革後，鐵路公安系統與鐵路運輸企業在人事和經費上徹底脫鉤，並與國家公務員體系完全接軌。所有轉制的民警至2010年底完成了身份的轉換，與鐵路運輸企業及相關工程、建築公司在人事和經費上徹底脫鉤。盡管改制順利推進，轉制後的管理問題仍舊引發了一些質疑。
鐵路公安作為最早進行轉制的部門，整體轉出並垂直管理，經費由國家財政支持，進行得相對順利平穩。轉制後幾年，除了編制身份和薪資結構的變化，工作任務和執行模式基本沒有改變，相關配套制度建設仍在磨合階段。2013年鐵道部撤銷後，鐵路公安的管理關系經過調整，由鐵道部公安局更名為鐵路公安局，主要業務由公安部領導，黨政工作由中國鐵路總公司主導。2019年，中辦、國辦印發【公安部職能配置、內設機構和人員編制規定】，決定組建公安部鐵路公安局（原公安部第十局），不再實行雙重領導體制，由公安部統一管理。
鐵路公安的行業內容造成其治安管理業務與鐵路部門職責相交叉，特別是在高鐵時代，任務加重，業務範圍變得模糊，部份工作甚至涉及鐵路職工的職責。轉制後，鐵路公安由於業務範圍的特殊性，仍需執行原鐵道部的檔和命令，按照原鐵路管理局的要求開展工作，其實際業務範圍和工作方式並未因身份轉變而改變，依然保留著「鐵路職工」的職業特點。隨著高鐵對安全檢查和路線維護要求的提升，鐵路公安的治安管理和刑事偵查業務逐漸減少，更多地承擔起原本由鐵路工人負責的工作，更多地遵從企業管理要求而非法律規範。
盡管鐵路公安體制上歸屬公安部，但公安部尚未根據鐵路公安的特殊性進行專門執法規範化建設，現有執法依據仍停留在原鐵道部制定的規章制度層面，缺乏規範性。鐵道部撤銷後，鐵路總公司作為企業，無法從法理上繼承原鐵道部的行政法規，更無權對鐵路公安提出新的規章要求。轉制後的鐵路民警身份認同感未明顯提升，國家公務員身份與之前的鐵路企業民警相比變化不大。雖然轉制前對鐵路公安的規格和編制限額進行了摸底與商定，但轉制後的崗位職數、內設機構編制等問題未能及時解決，影響了民警的晉升和職業發展。
在全國鐵路公安改制前，鐵路公安民警的薪資福利待遇是根據所屬鐵路運輸企業的效益確定的，效益好的企業薪資漲幅和獎金較高，使得全國各鐵路公安局之間的薪資福利待遇差異明顯。改制後，由於七萬多名鐵路民警轉為國家公務員，薪資福利標準本應統一，但選擇哪一地區的標準作為依據成為難題。如果統一標準，部份地區民警收入可能提升，而另一些地區的民警收入則會大幅下降，容易引發行業震蕩。改制的最終方案采用了折中的方法，以鐵路公安局、處所在城市的公務員薪資標準來確定鐵路公安民警的薪資福利待遇。
鐵路公安作為行業警種，在計劃經濟時代由於特定的體制設定需求，被置於一個在法治時代看起來不符合法理的位置。隨著國家經濟的市場化行程和鐵路運輸企業的特征日益明顯，政企不分的問題逐漸突出，這一點在鐵路公安轉制過程中表現得尤為明顯。透過從地方鐵路企業徹底剝離並納入政府行政管理，鐵路公安的職權性行政主體地位得以強化，更加符合國家權力運作的規律。盡管改革過程中還存在一些未解決的問題，鐵路公安的整建制保留及轉制後的體制調整無疑增強了中國政法體系的合理性。
