柯南裏出現的日本執法部門大部份是警察體系裏的人員。還有一些比較冷門的執法單位很少有人註意到，例如在【名偵探柯南：遠海的偵探】出現的海上保安廳。
兩名海上保安官與目暮警官一起登上海自的護衛艦，他們的身份顯示其隸屬於若狹海上保安部，現實中沒有這個海上保安部，若狹海域的治安警備任務由日本海上保安廳第八管區敦賀、舞鶴海上保安部負責。
但現實中的海上保安廳確實有警備課和刑事課兩個單位，隸屬於警備救難部。警備課負責海上安全、反恐、偵查間諜船與可疑船只。刑事課負責對海上罪案進行調查取證、拘捕目標、打擊非法捕撈、應對海上犯罪。在各管區本部以及下屬執法機關同樣設有警備、刑事調查部門。
日本海上保安官銜與警銜等級的對應關系，其中，海上保安廳長官銜對位的是警視總監，警察廳長官銜不屬於正式警銜：
| 日本海上保安官銜 | 日本警銜 |
|---|---|
| 長官 | 警視總監 |
| 次長/海上保安監 | 警視監 |
| 一等海上保安監·（甲） | |
| 一等海上保安監·（乙） | 警視長 |
| 二等海上保安監 |
| 三等海上保安監 | 警視正 |
| 一等海上保安正 | 警視 |
| 二等海上保安正 | 警部 |
| 三等海上保安正 | 警部補 |
| 一等海上保安士 | 巡查部長 |
| 二等海上保安士 | |
| 三等海上保安士 | 巡查 |
| 日本內閣 |
|---|
| 內閣府 | 國土交通省 |
| 國家公安委員會 | 海上保安廳 |
| 警察廳 | 11個海上保安管區 |
| 負責東京治安的警視廳、各地區警察本部 |
根據日本法律的規定，海上保安官是特別司法警察職員，擁有海上警察權。海上保安官與警察一樣擁有刑事調查、逮捕的權力（海保廳表示他們是「海の警察官」），可以配備槍支彈藥。海上保安廳管轄日本領海。日本海保廳的人數遠少於警察系統，但他們裝備的火力比日本警察強。
整個海上保安廳只有1萬多人，警察系統光是警視廳就有好幾萬。
在【名偵探柯南：地平線上的陰謀】最後搭乘海上保安廳塗裝直升機出現的救援人員：
這些救援人員的臂章和身上標識顯示其隸屬於國土交通省海上保安廳的 特殊救難隊 （SRT，Special rescue team），現實中該部成立於1970年，目前總人數超過30人，分成6個救援小隊。特殊救難基地位於羽田機場，與第三管區羽田航空基地共用設施（ 這個航空基地就是今年1月撞毀飛機的那個海保廳單位 ）。
海上保安廳特殊救難隊：
1948年4月27日，日本頒布了【海上保安廳法】，1948年5月1日，不法入國船舶監視本部與海上踩地雷機關整合成保安局，與水路局（最早負責水路測量，後來逐步擴充）、燈台局（分管航線沿路的海岸燈塔、航標）一起合並為 海上保安廳 。海上保安廳的上級機關是運輸省。
1949年6月1日，海上保安廳下屬的保安局撤編，改組成保安部與警備救難部，同時，其他內部廳局全部啟用「部」制稱呼，警備救難部的歷史由此開始。
原本由保安局負責的海上踩地雷工作由警備救難部門接管，在警備救難部下設海上踩地雷機關負責海上踩地雷任務。
1950年2月6日，日本政府授權海上保安廳除了清除戰爭殘余水雷、沈船和航道障礙物之外，還要負責處理海底的遺留爆炸物與陸地踩地雷任務。
1950年6月1日，保安部被改組為海事檢查部，同時設定新的船舶技術部與航道清理部門，原警備救難部下屬的海上踩地雷機關劃歸航道清理部門。
1952年2月，海上警備隊在海上保安廳的框架內成立，同年8月，海上警備隊和踩地雷機關劃歸新成立的保安廳，這倆後面改組成海上自衛隊。
1960年1月，【新日美安保條約】簽訂，從20世紀60年代開始，日本海上保安廳負責美軍船艦、核潛艇出入駐日軍港時的警備任務。
1970年10月，日本海上保安廳派遣兩名執法官員前往琉球協助成立海上保安機關。1971年9月，在琉球通商產業局體系內設立了琉球海上保安廳，此時的琉球海上保安廳人數不超過60人，主要任務是海上救援與交通維護，沒有執法權。海上治安警備任務仍然由琉球警察管轄。
1972年1月，日本海上保安廳水路部增派一名官員前往琉球群島，協助琉球海上保安廳組建水文氣象情報部門。2月1日，日本海上保安廳開始著手準備成立第11管區。
1972年5月15日零點，美國將琉球的管轄權移交給日本，變成了沖繩縣。港口內的船只拉響汽笛，升掛起日本國旗與海上保安廳的藍底16芒羅盤星旗幟，琉球海上保安廳改變為海上保安廳第11管區。至此，日本海上保安廳的架構基本成型。
海上保安廳負責日本領海警備巡視、反海盜、海上消防救援任務，同時作為日本海洋監視體系的成員，負責海上警備情報、地理水文情報的收集。
海上保安廳本廳下設直屬的行政機關，在地區派駐11個海上保安管區，各管區下設多個海上保安部、海上保安署。各型巡視船艇由各管區的海上保安部/署指揮。
海上保安廳在各管區部署「海上保安航空基地」與「航空基地」，前者除了固定翼飛機與直升機外，還會配備巡視船艇，主要執行海上監視、執法警備任務。而航空基地只配備固定翼飛機和直升機，更側重於海上救援行動，也有部份監視任務。航空單位與各管區的海上保安部/海上保安署互不統屬。
海上保安航空基地：| 關西機場·海上保安航空基地 | 隸屬於第五管區。配備固定翼飛機2架，直升機2架，巡視船艇2艘。 |
| 中部機場·海上保安航空基地 | 隸屬於第四管區，配備直升機2架，巡視船艇1艘。 |
海上保安廳與日本警察一樣，設定有防暴單位與戰術突擊單位。特殊警備基地設定在第五管區，此基地作為海上保安廳的戰術單位SST駐地使用，SST的行動範圍不局限於第五管區的轄區。
除了SST之外，每個管區派駐有特別警備單位（特別警備隊）作為海上防暴警察使用，每支特別警備單位分為機動小組，單個機動小組人數不超過10人。
特別警備單位作為SST的支援單位使用，SST的隊員從特別警備隊挑選精幹的海上保安官組成，這些人從SST退下警備一線後，回到特別警備單位繼續發揮作用。
單個海上保安部的規模不等，除了直屬行政機關和巡視船艇外，一些比較大的海上保安部也會下設海上保安署。不同的海上保安部/海上保安署下屬巡視船艇在數量、型號上有所差異。
其中，第三管區橫濱海上保安部除了海上保安署之外，還增設一個海上防災基地，海上保安廳第三管區本部/橫濱海上保安部本部/海上防災基地駐地合並使用。
