萬歷皇帝的早期教育問題很大，李太後、張居正、馮保對他的管教過於嚴苛，影響了他今後的人格。甚至他之後怠政，也可以從他的童年找到影子。
李太後對萬歷帝管教之嚴，在歷代帝後中都是出了名的。萬歷帝即位後，李太後以天子年幼，需要照料為由，搬進乾清宮，由她親自照料萬歷帝的起居，培養他的德行。李太後和萬歷帝同居一個房間，兩張床並排擺放，使得萬歷帝平時不敢說一句非禮的話，做一件逾矩的事。隔三差五的，就把萬歷帝叫到跟前，諄諄教導一番，不是說些「親賢臣、遠小人」的話，便是要說「聽納忠言、從善如流」的話。經常萬歷帝走到哪，她就跟到哪，守著跟著，督促兒子向學勤政。
有時萬歷帝懶勁上來了貪玩，她就把他叫來，長時間罰跪，直到他一邊哭泣一邊保證下次不敢時，才讓他站起來。每次萬歷帝經筵結束以後，回到宮中，她總是少不得要考問一下,讓他照著講官的樣子,把所學的內容再復述一遍。
李太後管教兒子，還有一個辦法，就是經常拿張居正來嚇唬他，每當兒子做錯一件事，在教訓兒子時,她總有一句口頭禪:要是讓張先生知道了，看你怎麽辦？無形中張居正成了權威和魔鬼的化身。
遇到上朝的日子,不論天寒地凍，刮風下雨，總是早早地喊他起床,動作稍有遲緩,就讓太監們把他從床上拖起來。而她自己為了給兒子樹立一個榜樣，每次總是起得比兒子還早，督促太監、宮女們給兒子漱洗、穿戴，兒子去皇極殿上朝或在文華殿聽講官們講經論史時，她也開始坐下來念她的佛經。
萬歷八年(1580)十一月的夜晚，北風呼嘯，寒氣襲人，正是冬至方過，小寒將至的節氣。為了度過漫長的寒冷之夜，也是為了尋歡作樂，萬歷帝來到西城喝下了幾杯酒。興許是多喝了幾杯，興頭上要擺一下皇帝的派頭，總覺得有酒無曲少了些興致，就叫了幾個小內侍來唱些小曲,可是唱來唱去就那幾支舊曲,便叫他們改唱個新的、一連叫了幾個都說不會,於是一怒之下,拔出劍來,抓住兩個小內侍就要砍,經左右的人勸解,萬歷帝割去了兩人的頭發以充首級。
不料，事情馬上就傳到了李太後的耳中。第二天，李太後通知張居正上疏勸諫，並讓他代萬歷帝起草了罪己手劄。同時又派人把萬歷帝叫到慈寧宮，令他長時間地跪著，把他重重地數落了一番，直到萬歷帝一把鼻涕一把淚地保證今後一定改正，才讓他起身回宮。
回到乾清宮，萬歷帝越想越氣，一個十八歲的青年，正是血氣方剛的年紀，怎能受此奇恥大辱，是誰這麽快地向太後報告訊息的呢？顯然只有一個人，那就是大伴馮保。對於馮保，朱翊鈞有著一種極為復雜的感情，打從他記事起，馮保就一直隨侍在他的左右，是他最貼身的保護人。
登基後，他十分寵信馮保，任用他為司禮監掌印太監、司禮監秉筆太監，成為與內閣首輔對柄機要的內相。然而,隨著年齡的長大，萬歷帝漸漸發現，馮保只忠於太後，只對太後負責，而且他與張居正有一種特殊的默契，很多事情他們兩人都是一唱一和，互通資訊，內外聲援。在他的眼裏，萬歷帝只是個沒長大的小孩，仗著有太後的寵信，張居正的支持，經常弄得朱翊鈞很難堪。有一次，翰林院內抓到一只白燕，張居正派人送來給他玩，馮保卻說「主上沖年，不可以異物啟玩好」，使自己的童年生活枯燥乏味。
而張居正對萬歷帝的管教之嚴絲毫不亞於李太後。有次日講，是張居正當班，要講的內容是【論語】中的「鄉黨」篇。張居正讓萬歷帝先把課文朗讀一遍，一不留心，他把「色勃如也」讀作「色背如也」。頓時只聽得站在身旁的張居正厲聲說道：應該讀作勃！
朱翊鈞嚇了一跳，他覺得有些委屈，不就是念錯一個字嗎？我從小到現在，不論春夏秋冬，經筵、日講從不間斷，回宮以後還要溫習課文、練字，接受母後的檢查，歷史上有幾個像我這樣用功的皇上，難道你不知道。當他委屈地把眼光從【論語】轉向先生時，心裏不禁又打了一個冷顫，但見張先生一副凜凜不可侵犯的神態，他隨即心中又閃過這樣一個念頭:難道這是做臣子的對君主說話的口氣和神態嗎？
不滿的種子一旦種下，要想抹去真是太難，何況類似的事情隨時都在發生。萬歷帝經常感到，張居正經常會否定自己的意見，而他張居正的意見總是正確的。
就比如說萬歷六年（1578）三月，遼東傳來捷報，明軍在長定堡一戰，殺死內犯的韃靼四百余人，萬歷帝非常高興，吩咐內閣大行恩裳。可是，事情過去將近半年，張居正卻提出其中有詐，說被殺的韃靼人，不是來進犯的，而是來投降的，於是所有發出的恩賞全被革除，弄得他好不狼狽，在臣民面前丟盡了臉面。
又比如萬歷七年（1579）四月，萬歷帝想加封自己的嶽父為永年伯，這是一件再平常不過的事，前朝也有很多先例。比如正德二年（1507），正德皇帝加封他的嶽父為慶陽伯；嘉靖二年（1523），嘉靖帝加封他的嶽父為泰和伯。可是到了自己這裏，張居正總想拖住不辦，後來雖然勉強同意了，卻又提出只能以榮終身，不能世襲罔替，一件原本挺喜慶的事，最後鬧得很不愉快。
在萬歷帝面前，張居正總是以師者自尊，婆婆媽媽的，不是講些治國理政的大道理，就是傳授些為人處世的經驗，好像他是一個無可挑剔的正人君子一樣。恐怕也不盡然。
萬歷二年（1574），張居正的長子張敬修參加科舉考試落榜，張居正非常生氣，竟想停止開科五年。無奈阻力太大，又沒有充足的理由，而且次子張嗣修也要參加科考，方才作罷。
萬歷五年（1577）,張嗣修成功中得探花,他依然還不滿足。萬歷八年（1580）,他的三子張懋修與前兩科落第的長子張敬修一同參加科舉考試。兩位主考官都是張居正一手提拔起來的故舊,考試的結果沒有意外,張懋修、張敬修果然都榜上有名,張懋修還被點為頭名狀元。但是，張懋修這個狀元得來卻很不光彩。據說張懋修初始只為第三名，張居正不滿意，以乞休來向朝廷和萬歷帝施加壓力，萬歷帝不得已才點張懋修為狀元。
生活上，張居正也是極盡奢華。據說張居正有一頂特別的轎子，這頂轎子約有五十平米，兩旁設有走廊，有客廳、臥室以及洗手間，配置可謂非常豪華，需要三十二個人擡。在明朝，乘坐轎子是有規定的，四品及以下不得乘轎，只能騎馬騎驢；三品及以上才能乘轎，且只能由四個轎夫擡；就連皇帝的轎子也才十六個人擡。張居正此舉可以說是僭越，為他後來的結局埋下了伏筆。
在吃上，張居正也十分講究。張居正到了晚年，嘴巴越來越刁鉆，一般的菜品都看不上眼。平時吃飯，桌子上菜品無數，還覺得沒有自己喜歡吃的，無處下筷子。但是他特別鐘情一道菜：雞舌羹。顧名思義，就是用雞舌頭做的菜。雞舌頭雖然不名貴，但是一只雞就那麽一點點，想湊成一道菜，那得殺多少雞。對此，他毫不掩飾地跟親信們說：千裏來做官，只為吃和穿；想保吃和穿，做好這個官。
而且張居正妻妾成群，有名分的妻妾有七人，除此之外還有一些侍女。為了能應付這龐大的「後宮」，他不得不經常食用各種補品。比如「膃肭獸」，也就是海狗，據說吃了大補，渾身發熱，數九寒天的時候都不能戴帽子。據說戚繼光為了巴結張居正，也給他進獻過美女和海狗。
隨著萬歷帝的長大，張居正朝堂上的一本正經和生活上的奢靡無度形成的反差，讓萬歷帝越來越不滿。心中的不滿積蓄太深，勢必就要流露和發泄。
萬歷十年（1582）六月，張居正逝世，享年五十八歲。張居正死後，他的喪葬、贈官、謚號都是按最高規格。然而，一切都是暫時的。就在他屍骨未寒之際，一場巨大的陰謀，在萬歷帝的自導自演下，席卷朝野。厄運開始降臨他的子孫、門生、故舊、同鄉。
張居正死後，彈劾張居正的奏章向雪片一樣飛向萬歷帝的案頭。萬歷帝考慮到形勢還未完全成熟，下了一道很微妙的聖旨：朕虛心委任張居正，對他寵待甚隆他不思盡忠報國，而怙權行私，深負朕望。念他受先皇托付，侍候朕於幼年，有十年的輔佐之功，姑且不予問罪，以全始終。廷臣不必再追提以往的事。
這道聖旨，看似在為張居正說話，實則對張居正進行了全面否定。這等於是向大臣們發出了搞臭張居正的總攻令。萬歷帝這套欲擒故縱、掩耳盜鈴的把戲，大臣們自然心領神會，越來越多的人加入了打到張居正的行列，彈劾的內容，有真有假，真真假假，真假難辨。在萬歷帝的支持和操縱下，反張運動不斷地升級和擴大化。
萬歷十二年（1584），經過將近兩年的輿論造勢和反攻倒算，萬歷帝感覺時機成熟了，他給張居正羅列十四條罪名，剝奪了張居正所有的官職和頭銜。張居正在北京、荊州的家產被查抄，因封門被困在家中餓死的有數十人。由於抄家結果沒有達到期望的數目，錦衣衛對張家人嚴刑拷打，張居正長子張敬修不堪受辱自殺身亡，次子張嗣修兩次自殺未遂，被發配充軍，其他幾個兒子都被削籍為民。
張居正的去世，使萬歷帝真正開始了親政，這時他的年齡已屆二十，系統接受皇家正統儒學的熏陶也已逾十年，更主要的一點，就是他要迅速擺脫張居正的陰影，發泄胸中久受壓抑的情欲,不受任何拘束地實作權柄自操,威福任情。
親政之初，萬歷帝的心頭纏繞著兩種情愫，一種是逆反心，另一種是虛榮心。受逆反心態的驅使,他決定要清算張居正,要藉沒他的家產,讓世人盡知張居正欺君誤國；而虛榮心的作祟，也使他竭力想證明，離開張居正，另行一套做法，同樣能使天下大治,自己輕而易舉地成為一代為人稱道的守成之主。
然而，萬歷帝親政之處的這股熱情，很快便萎靡了下去。他發現，處理國事真的是太累了，而且就算自己再勤政，好像也沒有得到期望的報酬，國勢依舊如此，甚至還不如張居正輔政時期。本性使然加上繁重的事務，讓萬歷帝逐漸懈怠下來，深藏於宮中，不上朝、不批奏章、不接見大臣、不參加經筵、不親自郊祭天地、不親自祭祀宗廟。
萬歷十一年(1583)十二月初一，是例定上朝視事的日子，然而時已人冬，白日與美人共飲，夜晚擁美人同眠，其樂融融，萬歷帝便不想起早冒冷上朝，受那份罪，於是就給鴻臚寺下了一道旨：朕偶感風寒，尚須靜攝，暫免朝講數日。這是萬歷帝第一次推說有病而不上朝。皇上因身體不適而不能上朝,這是合情合理的事情,做臣子的除了向皇上請安,祈盼皇上早日康復外,也提不出其他的什麽意見來。自此,為與妃嬪、內侍在後宮作樂，而推說有病，不上朝理政，不開經筵、日講，便成了他屢試不爽的借口。
萬歷十三年（1585）三月十九日，又到了上朝的日子，文武百官早就到齊等待召見，盼了半天，只見傳旨的太監出來，說是聖躬違和，有旨傳免，引來百官一片嘩然。
為了減少大臣的煩擾，唯一的辦法就是裝病。其實，說全是裝病也不盡然，晝夜長飲，縱欲嗜酒過度，每酒必醉,每醉必怒,對身體肯定是有害的。於是,萬歷帝不得不透過內閣,向群臣們描述自己的病情。萬歷十四年(1586)九月，朱翊鈞又傳諭內閣，解釋近來暫免朝講郊廟祭祀的原因是由於頭暈眼黑，力乏不興。這種掩耳盜鈴的舉措，更表露了他生活起居的荒唐。
隨著時間的推移，萬歷帝越來越沈湎於酒色中無法自拔，病痛不斷，不能上朝理政。萬歷十五年（1587）二月十五日，是萬歷帝主持祭祀的日子，按照禮制，這樣的活動是不便遣代的，但萬歷帝還是派恭順侯吳繼爵前往代祭，同時讓太監傳達口諭：聖體偶因動火，服涼藥過多，下註於足，搔破貼藥，朝講暫免。閣臣們例行公事地上了一道短章，奏請萬歷帝節慎起居，以迎春氣。
這種和風細雨、體貼入微的勸諫，朱翊鈞自然是無話可說，他做出一副很高興的樣子,表示接受他們的意見,而在實際生活中恣肆縱欲的程度卻更加嚴重。不僅日常的朝講停了,連大臣們也不接見了。萬歷十六年(1588)十二月,吏科都給事中李沂彈劾東廠太監的不法行為,豈料,這也成了他不上朝的理由,說是被李沂氣壞了身子,連次年元旦例行的朝賀也免了,並且從此以後元旦都不再朝賀。到次年七月止,一日都沒有上朝。閣臣王家屏、王錫爵進入內閣三個月了,竟連皇帝的面都未見到。這一年他只朝見大臣兩次，其中一次還是接受群臣為李太後祝賀生日。
王家屏、王錫爵還算好的。內閣首輔沈一貫輔政十三年，前後只見過皇帝三次，其中兩次還是因為萬歷帝出席午門獻俘儀式，才得以匆匆一見，君臣間沒能說上兩句話。沈一貫屢屢上疏，請求陪侍，賜面對，朱翊鈞不答應，再請上朝視事、下發章奏、考選科道，都不予理睬。
萬歷十七年(1589)三月的一天，已常年托病不上朝聽政的萬歷帝，派內使給內閣下了一道口諭：奏對次數太多,不耐勞劇。明確表示了對朝政的厭倦,他已不想再繼續維持一副心有余而力不足的假相,他已不再想做守成的明君,他只想沈溺於溫柔鄉中，一味地嗜酒、戀色、貪財。
萬歷中葉以後，朱翊鈞朝講不禦、郊廟不親、章奏不批、缺官不補，創造了28年不上朝的記錄，使外廷癱疾，形同虛設。萬歷三十年(1602)時,兩京缺尚書三人,侍郎十人;科道九十四人,地方上缺巡撫三人,布、按、監司六十六人,知府二十五人。三年以後,兩京尚書侍郎缺大半,督撫重臣經年虛席,藩臬缺至五六十人,知府缺至四五十人。到萬歷三十七年(1609),內閣僅大學士葉向高一人獨相數年,九卿中在朝供職的,只有都禦史一人和侍郎二人,余則或因缺未補,或杜門不出。
